PDB-8w8l: Crystal structure of bacterial prolyl-tRNA synthetase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w8l

タイトル

Crystal structure of bacterial prolyl-tRNA synthetase in complex with inhibitor PAA-38

要素

Proline--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa 148 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.824 Å

データ登録者

Luo, Z. / Zhou, H.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Development of potent inhibitors targeting bacterial prolyl-tRNA synthetase through fluorine scanning-directed activity tuning.
著者: Luo, Z. / Qiu, H. / Peng, X. / Tan, Q. / Chen, B. / Gu, Q. / Liu, H. / Zhou, H.

履歴

登録	2023年9月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w8l.cif.gz	259.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w8l.ent.gz	196.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w8l_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w8l_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8w8l_validation.xml.gz	56.2 KB	表示
CIF形式データ	8w8l_validation.cif.gz	77.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/8w8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/8w8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w8jC 8w9iC 8ytkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Proline--tRNA ligase

B: Proline--tRNA ligase

ヘテロ分子

131 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.484, 103.060, 194.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Proline--tRNA ligase 分子量: 64194.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa 148 (緑膿菌) 遺伝子: proS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I502

-
非ポリマー , 5種, 833分子

#2: 化合物	ChemComp-W20 / (2~{S})-~{N}-[5-(4-azanyl-8-fluoranyl-quinazolin-7-yl)-2-fluoranyl-phenyl]sulfonylpyrrolidine-2-carboxamide 分子量: 433.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₇F₂N₅O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→97.05 Å / Num. obs: 132338 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.82→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 18059 / CC_1/2: 0.866 / R_rim(I) all: 0.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.824→97.048 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 3.892 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.125 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	6624	5.009 %
R_work	0.2112	125617	-
all	0.213	-	-
obs	-	132241	99.022 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.033 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.029 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.061 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.824→97.048 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8681	0	132	807	9620

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	9057
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	8562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.047	1.649	12287
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.376	1.575	19697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.473	5	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.049	5	66
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.588	10	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.278	10	391
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.072	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	8177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	4427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4730
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	671
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.03	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.09	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.032	2.737	4585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.031	2.737	4585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.725	4.915	5742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.725	4.916	5743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.104	2.805	4472
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.104	2.805	4473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.857	5.113	6541
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.857	5.113	6542
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.51	26.177	10064
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.393	25.606	9882

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.824-1.871	0.324	433	0.316	8406	0.316	9796	0.91	0.915	90.2307	0.282
1.871-1.922	0.316	485	0.29	8726	0.291	9506	0.905	0.925	96.8967	0.256
1.922-1.978	0.295	456	0.269	8778	0.27	9239	0.923	0.934	99.9459	0.232
1.978-2.039	0.289	470	0.261	8553	0.262	9024	0.924	0.941	99.9889	0.224
2.039-2.106	0.251	433	0.245	8302	0.246	8738	0.944	0.95	99.9657	0.213
2.106-2.18	0.309	421	0.243	8028	0.247	8452	0.924	0.951	99.9645	0.214
2.18-2.262	0.257	371	0.227	7807	0.228	8181	0.948	0.959	99.9633	0.201
2.262-2.354	0.255	392	0.222	7478	0.224	7871	0.949	0.962	99.9873	0.197
2.354-2.459	0.253	344	0.213	7211	0.215	7559	0.953	0.966	99.9471	0.192
2.459-2.579	0.253	368	0.214	6892	0.216	7261	0.95	0.966	99.9862	0.197
2.579-2.718	0.245	376	0.209	6479	0.211	6857	0.96	0.968	99.9708	0.193
2.718-2.883	0.223	321	0.202	6221	0.203	6543	0.961	0.971	99.9847	0.191
2.883-3.082	0.246	307	0.201	5835	0.204	6148	0.958	0.972	99.9024	0.195
3.082-3.328	0.248	279	0.213	5462	0.215	5744	0.957	0.971	99.9478	0.211
3.328-3.645	0.211	303	0.209	5000	0.209	5304	0.974	0.975	99.9811	0.212
3.645-4.075	0.22	274	0.182	4543	0.184	4820	0.967	0.979	99.9378	0.192
4.075-4.704	0.189	197	0.154	4092	0.155	4293	0.981	0.985	99.9068	0.171
4.704-5.758	0.226	155	0.177	3486	0.179	3642	0.972	0.985	99.9725	0.197
5.758-8.129	0.239	150	0.209	2727	0.21	2878	0.973	0.98	99.9653	0.229
8.129-97.048	0.191	89	0.204	1591	0.203	1691	0.983	0.971	99.3495	0.258

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