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- PDB-8w9h: Crystal structure of anti-human CLEC12A antibody 50C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w9h
タイトルCrystal structure of anti-human CLEC12A antibody 50C1
要素
  • anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Heavy chain
  • anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / C-type lectin receptor / inhibitory antibody / 50C1
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mori, S. / Nagae, M. / Yamasaki, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H00505 日本
引用ジャーナル: Int.Immunol. / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of the complex of CLEC12A and an antibody that interferes with binding of diverse ligands.
著者: Mori, S. / Nagae, M. / Yamasaki, S.
履歴
登録2023年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Light chain
H: anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Heavy chain
A: anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Light chain
B: anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,66510
ポリマ－95,1914
非ポリマー4746
水13,908772
1
L: anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Light chain
H: anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9126
ポリマ－47,5962
非ポリマー3164
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
2
A: anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Light chain
B: anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7544
ポリマ－47,5962
非ポリマー1582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.440, 110.440, 76.242
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Light chain


分子量: 23694.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 anti-human CLEC12A antibody 50C1 Fab Heavy chain


分子量: 23900.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-tris (pH 5.5), 0.2 M ammonium sulfate, 25% (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41.45 Å / Num. obs: 62029 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 28.12 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 4536 / CC1/2: 0.637 / Rpim(I) all: 0.501

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→36.81 Å / SU ML: 0.2293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.7995
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 2974 4.8 %
Rwork0.189 59011 -
obs0.1911 61985 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6628 0 27 772 7427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00296815
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62959271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04371021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00851188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6304929
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.27281360.24742755X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.070.32411360.2412826X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.110.31811380.24052767X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.150.25511530.23452788X-RAY DIFFRACTION99.97
2.15-2.190.27211280.23272809X-RAY DIFFRACTION99.97
2.19-2.240.30711550.2232798X-RAY DIFFRACTION99.97
2.24-2.290.2951390.22592805X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.350.27141260.22462825X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.410.26031450.2132768X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.480.27541310.222841X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.560.3011410.22592783X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.650.2621540.2192805X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.760.27231470.212793X-RAY DIFFRACTION99.93
2.76-2.880.27631450.21012801X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.040.24631480.19932808X-RAY DIFFRACTION99.97
3.04-3.230.23981160.18732834X-RAY DIFFRACTION99.9
3.23-3.480.23331610.17642813X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.820.19291420.15712828X-RAY DIFFRACTION100
3.83-4.380.17331470.14972806X-RAY DIFFRACTION100
4.38-5.510.18411550.13882848X-RAY DIFFRACTION99.97
5.52-36.810.18591310.18732910X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.1230941238 Å / Origin y: 13.5352053773 Å / Origin z: 17.2851147223 Å
111213212223313233
T0.210535964962 Å20.0115686303116 Å20.0127082547405 Å2-0.19299848269 Å2-0.0101317273571 Å2--0.221015618221 Å2
L-6.23160770822E-5 °20.114897818424 °20.0318375055691 °2-0.032709480771 °20.00699110838109 °2--0.321447252705 °2
S0.0167017735427 Å °-0.0155541713291 Å °0.0111432574833 Å °0.023266951773 Å °-0.00802769622174 Å °-0.0555832804003 Å °0.0187931819724 Å °0.0342751653237 Å °-0.00775882296603 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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