PDB-8w97: De novo design protein -PK16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w97

タイトル

De novo design protein -PK16

要素

De novo design protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / De novo design protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Wang, S. / Liu, Y.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2024
タイトル: De novo protein design with a denoising diffusion network independent of pretrained structure prediction models.
著者: Liu, Y. / Wang, S. / Dong, J. / Chen, L. / Wang, X. / Wang, L. / Li, F. / Wang, C. / Zhang, J. / Wang, Y. / Wei, S. / Chen, Q. / Liu, H.

履歴

登録	2023年9月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月7日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w97.cif.gz	78.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w97.ent.gz	49.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w97_validation.pdf.gz	419.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w97_full_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示
XML形式データ	8w97_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	8w97_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k7mC 8k7oC 8k7zC 8k83C 8k84C 8k8fC 8k8gC 8k8iC 8ka6C 8ka7C 8kacC 8kc0C 8kc1C 8kc4C 8kc5C 8kc8C 8kcjC 8kckC 8kdqC 8wwcC 8wx8C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: De novo design protein

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.948, 93.948, 70.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	De novo design protein 分子量: 16105.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.05 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 20% w/v PEG 10000 0.1M Hepes ph7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→35.28 Å / Num. obs: 7519 / % possible obs: 72.75 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 59.32 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.99
反射シェル	解像度: 2.9→3.004 Å / Num. unique obs: 296 / CC_1/2: 0.62

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_4788	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→35.28 Å / SU ML: 0.1392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.3409
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2547	303	5.02 %
R_work	0.2378	5728	-
obs	0.2388	6031	72.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→35.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1054	0	0	0	1054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0098	1061
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2882	1419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0669	176
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	171
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.8335	140

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-3.63	0.2866	110	0.3175	2099	X-RAY DIFFRACTION	55.41
3.7-35.28	0.2456	193	0.2155	3629	X-RAY DIFFRACTION	93.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.24216680236	0.546012281238	0.998599715713	2.59063607745	2.37010058977	2.29397933753	0.229916532306	0.0966398881889	-0.994120317791	0.32316723488	0.218300575842	0.358959463216	0.830162593588	0.0937496593757	-0.149507226998	0.424022677675	-0.19129099635	-0.170735777523	0.0412790521048	-0.0497191015281	0.472031438368	40.8268670939	-37.2583569405	-17.2880086353
2	2.21140083316	0.00815854798382	-0.420276223204	0.53552192979	0.24141224872	0.429424892816	0.125321912918	0.652392174755	-0.0129942285275	-0.142943711636	0.485812792211	0.0211272342001	0.226684088129	-0.340148193747	0.145386673769	0.608991693306	-0.373170349286	-0.344832505188	1.57819907765	0.353148203166	1.21476182808	24.7153796115	-30.9210530062	-30.1234609912
3	1.6650213521	0.161753356421	-0.699619705325	2.0528275055	-0.425966986971	0.357204870285	0.21695155078	0.553745565576	0.136948037092	-0.107833453977	0.185996354122	0.765961901567	-0.145550838665	-0.5067949926	0.125972122179	0.130406100521	0.132076721358	0.0217518824934	0.825410308469	-0.139397250487	0.557134391587	28.8148578048	-25.2506074087	-17.1722145212
4	1.46708873785	-0.693321175608	3.6011137168	7.13818760966	-2.52647863414	8.94990662306	0.162858060345	-1.35423202518	1.00968121113	1.06785233893	-0.428141984942	0.244582027836	-0.524391959706	-1.85784788026	0.0934296037541	0.298884970015	-0.194768981944	-0.039918850411	0.801595276466	-0.194748824525	0.369206255572	34.4176301362	-28.8808397151	-9.26291568134
5	2.15405999371	0.436152853417	2.85374520954	1.3434706295	1.42318534088	4.33952106655	-0.430950169134	-0.190449402883	-0.132811747158	-0.272207505555	0.137740896903	0.992142622551	-0.0262780649968	-0.122579529158	0.374200135167	0.48794579402	-0.357166447633	-0.12206250423	1.25226506913	0.140108317163	0.967794516684	26.1322275122	-32.8634813015	-15.17987187
6	6.09946072701	0.678717693458	0.653567166128	9.6787320398	1.21630260385	4.67349145727	0.0592352675674	-0.185158615502	0.385959163559	-0.351084863218	-0.54200084975	0.313277446424	-0.339015814502	-0.219620903226	0.480365178505	0.387442894809	0.0673686992161	0.00520368063735	0.188491811743	-0.0057452201106	0.273372107373	43.0100921729	-28.678070707	-7.74835024213
7	2.69715137492	0.542648698938	1.29893762224	1.99366977538	-1.54695220839	4.62242766074	0.476718960524	0.501729386882	-0.0169655349597	-0.617939380753	-0.360273490623	0.24884689403	0.5058923797	-0.808654387044	-0.0496660277052	0.199831434223	-0.000277118778839	0.0255541739908	0.207201371269	-0.0215403591407	0.327874824396	38.9442074843	-32.4655675527	-24.7553004136
8	6.81179508391	-1.99573683993	-0.485549805893	5.25678116741	1.43510377416	4.10628119756	-0.132080238934	-0.143959182935	0.628654657831	0.184181669388	0.297228876583	-1.03151128902	-0.285266935552	0.414777128655	-0.175321907213	0.326837213185	0.245472693443	0.0600372944836	0.127198460078	-0.0813745995694	0.150356919843	47.1555657382	-28.2203856896	-19.7373679021
9	1.60360156951	-1.6775527486	0.949330827359	2.22235788182	-1.01707845184	2.41672879601	-0.213896219264	0.225831643859	0.177391746892	-0.143486012056	0.258572465672	-0.42722260406	0.222499098178	-0.202249053699	0.181380700943	0.124460296683	0.145162479326	0.0795595987781	0.442876130606	0.0729185281657	0.360232301071	47.7919100976	-28.3570860096	-26.0212964388

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 24 )	1 - 24	1 - 24
2	2	chain 'A' and (resid 25 through 36 )	25 - 36	25 - 36
3	3	chain 'A' and (resid 37 through 46 )	37 - 46	37 - 46
4	4	chain 'A' and (resid 47 through 55 )	47 - 55	47 - 55
5	5	chain 'A' and (resid 56 through 63 )	56 - 63	56 - 63
6	6	chain 'A' and (resid 64 through 76 )	64 - 76	64 - 76
7	7	chain 'A' and (resid 77 through 102 )	77 - 102	77 - 102
8	8	chain 'A' and (resid 103 through 125 )	103 - 125	103 - 125
9	9	chain 'A' and (resid 126 through 135 )	126 - 135	126 - 135

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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