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- PDB-8w84: HLA-DQ2.5-alpha2 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w84
タイトルHLA-DQ2.5-alpha2 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02
要素
  • (DQN0344AE02 Fab ...) x 2
  • HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
  • MHC class II HLA-DQ-beta-1 - alpha2 gliadin peptide chimeric protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / CELIAC DISEASE / ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / endocytic vesicle membrane / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-beta-1 / HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.105 Å
データ登録者Irie, M. / Tsushima, T. / Teranishi-Ikawa, Y. / Takahashi, N. / Ishii, S. / Okura, Y. / Fukami, T.A. / Torizawa, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Characterizations of a neutralizing antibody broadly reactive to multiple gluten peptide:HLA-DQ2.5 complexes in the context of celiac disease.
著者: Okura, Y. / Ikawa-Teranishi, Y. / Mizoroki, A. / Takahashi, N. / Tsushima, T. / Irie, M. / Harfuddin, Z. / Miura-Okuda, M. / Ito, S. / Nakamura, G. / Takesue, H. / Ozono, Y. / Nishihara, M. / ...著者: Okura, Y. / Ikawa-Teranishi, Y. / Mizoroki, A. / Takahashi, N. / Tsushima, T. / Irie, M. / Harfuddin, Z. / Miura-Okuda, M. / Ito, S. / Nakamura, G. / Takesue, H. / Ozono, Y. / Nishihara, M. / Yamada, K. / Gan, S.W. / Hayasaka, A. / Ishii, S. / Wakabayashi, T. / Muraoka, M. / Nagaya, N. / Hino, H. / Nemoto, T. / Kuramochi, T. / Torizawa, T. / Shimada, H. / Kitazawa, T. / Okazaki, M. / Nezu, J. / Sollid, L.M. / Igawa, T.
履歴
登録2023年8月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DQN0344AE02 Fab heavy chain
B: DQN0344AE02 Fab light chain
C: HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain
D: MHC class II HLA-DQ-beta-1 - alpha2 gliadin peptide chimeric protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7326
ポリマ－95,2904
非ポリマー4422
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12500 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area35250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.86, 138.707, 201.928
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 1 chain / DC-1 alpha chain / DC-alpha / HLA-DCA / MHC class II DQA1


分子量: 21396.939 Da / 分子数: 1 / Mutation: C47S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01909
#4: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1 - alpha2 gliadin peptide chimeric protein


分子量: 25836.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O19712

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抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 DQN0344AE02 Fab heavy chain


分子量: 24573.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DQN0344AE02 Fab light chain


分子量: 23483.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 / 非ポリマー , 2種, 169分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 80 mM di-Sodium malonate (pH4.0), 9.6 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 25 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.105→114.332 Å / Num. obs: 39315 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 9.02 % / CC1/2: 0.999 / CC1/2 anomalous: -0.156 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.0277 / Rrim(I) all: 0.0829 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.765 / Baniso tensor eigenvalue 1: 47.8 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 2: 43.1 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 3: 142.7 Å2 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho1: 1 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho3: 1 / Aniso diffraction limit 1: 2.105 Å / Aniso diffraction limit 2: 2.126 Å / Aniso diffraction limit 3: 3.384 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 1 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 1 / Net I/σ(I): 17.13 / Num. measured all: 354515 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 93.3 / % possible ellipsoidal: 93.4 / % possible ellipsoidal anomalous: 93.3 / % possible spherical: 58.1 / % possible spherical anomalous: 57.5 / Redundancy anomalous: 4.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalous% possible ellipsoidal% possible ellipsoidal anomalous% possible spherical% possible spherical anomalousRedundancy anomalous% possible all
7.046-114.3328.660.029652.711702517025196519651-0.4020.0110.03170.73399.999.899.999.899.94.8899.8
5.544-7.0469.650.042940.631897818978196619660.999-0.0930.01480.04550.7931001001001001005.18100
4.822-5.5449.710.042339.731907419074196519650.999-0.1130.01460.04480.7671001001001001005.16100
4.368-4.8229.260.044437.041822418224196719670.9990.0510.01590.04730.7951001001001001004.88100
4.05-4.3689.090.053231.131787117871196619660.9990.0010.01920.05670.7741001001001001004.78100
3.805-4.059.770.070125.621919919199196519650.999-0.1160.02430.07430.7910099.910099.91005.1199.9
3.611-3.805100.087621.391964519645196519650.999-0.030.02960.09260.77899.910099.910099.95.23100
3.451-3.61110.130.106218.361992819928196719670.9980.0380.03540.11210.8161001001001001005.28100
3.313-3.45110.220.142715.222008320083196619660.9970.0070.04710.15050.7899.899.899.899.199.25.399.8
3.191-3.3139.270.177712.021821618216196519650.996-0.0250.06170.18830.7899.899.899.893.594.54.8199.8
3.075-3.1919.330.22319.961833218332196519650.994-0.010.07710.23630.7799.799.799.787.188.14.8299.7
2.967-3.0758.720.27088.171713517135196619660.991-0.0160.09710.2880.78698.398.298.379.980.74.598.2
2.862-2.9678.650.31157.021700617006196719670.985-0.0040.11190.33140.75495.595.495.57272.94.4795.4
2.761-2.8628.610.38995.591692216922196619660.979-0.0080.14080.41490.73592.992.892.964.765.44.4492.8
2.667-2.7618.430.45354.651657216572196519650.96-00.16590.48330.7619392.99359.660.14.3492.9
2.576-2.6678.360.5443.911643416434196519650.925-0.010.19990.580.75192.692.592.654.254.84.3192.5
2.483-2.5768.250.6813.131622716227196719670.8980.020.25260.7270.74487.98887.946.146.24.2588
2.389-2.4837.980.78492.661569315693196619660.8440.0060.29710.840.74885.385.585.339394.1185.5
2.29-2.3897.90.9782.041552615526196519650.78-0.020.3721.04740.70683.583.983.531.931.64.0883.9
2.105-2.298.351.42121.531642516425196619660.5520.0070.52271.51570.73361.761.461.713.212.94.3361.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
autoPROCdata processing
XDSJan 31, 2020データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
STARANISO2.3.63データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7VG1

7vg1
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.105→114.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU R Cruickshank DPI: 0.449 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.441 / SU Rfree Blow DPI: 0.324 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.331
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3251 1916 -RANDOM
Rwork0.2603 ---
obs0.2634 39315 58.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5194 Å20 Å20 Å2
2---1.1718 Å20 Å2
3---2.6912 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.105→114.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6220 0 28 167 6415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086420HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.018788HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2052SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1080HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6420HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion862SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4656SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.7
LS精密化 シェル解像度: 2.105→2.22 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3824 48 -
Rwork0.3084 --
obs--8.11 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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