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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8w84 | ||||||
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Title | HLA-DQ2.5-alpha2 gliadin peptide in complex with DQN0344AE02 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / CELIAC DISEASE / ANTIBODY | ||||||
Function / homology | ![]() MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...MHC class II receptor activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Irie, M. / Tsushima, T. / Teranishi-Ikawa, Y. / Takahashi, N. / Ishii, S. / Okura, Y. / Fukami, T.A. / Torizawa, T. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Characterizations of a neutralizing antibody broadly reactive to multiple gluten peptide:HLA-DQ2.5 complexes in the context of celiac disease. Authors: Okura, Y. / Ikawa-Teranishi, Y. / Mizoroki, A. / Takahashi, N. / Tsushima, T. / Irie, M. / Harfuddin, Z. / Miura-Okuda, M. / Ito, S. / Nakamura, G. / Takesue, H. / Ozono, Y. / Nishihara, M. ...Authors: Okura, Y. / Ikawa-Teranishi, Y. / Mizoroki, A. / Takahashi, N. / Tsushima, T. / Irie, M. / Harfuddin, Z. / Miura-Okuda, M. / Ito, S. / Nakamura, G. / Takesue, H. / Ozono, Y. / Nishihara, M. / Yamada, K. / Gan, S.W. / Hayasaka, A. / Ishii, S. / Wakabayashi, T. / Muraoka, M. / Nagaya, N. / Hino, H. / Nemoto, T. / Kuramochi, T. / Torizawa, T. / Shimada, H. / Kitazawa, T. / Okazaki, M. / Nezu, J. / Sollid, L.M. / Igawa, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8w83C ![]() 8w85C ![]() 8w86C ![]() 7vg1 S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 2 molecules CD
#3: Protein | Mass: 21396.939 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C47S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#4: Protein | Mass: 25836.053 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Antibody , 2 types, 2 molecules AB
#1: Antibody | Mass: 24573.516 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 23483.055 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Sugars / Non-polymers , 2 types, 169 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Sugar | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 80 mM di-Sodium malonate (pH4.0), 9.6 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 25 %v/v Ethylene glycol as cryoprotectant |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 8, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.105→114.332 Å / Num. obs: 39315 / % possible obs: 93.4 % / Redundancy: 9.02 % / CC1/2: 0.999 / CC1/2 anomalous: -0.156 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.0277 / Rrim(I) all: 0.0829 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.765 / Baniso tensor eigenvalue 1: 47.8 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 2: 43.1 Å2 / Baniso tensor eigenvalue 3: 142.7 Å2 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho1: 1 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 1 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho2: 1 / Baniso tensor eigenvector 2 ortho3: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho1: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho2: 0 / Baniso tensor eigenvector 3 ortho3: 1 / Aniso diffraction limit 1: 2.105 Å / Aniso diffraction limit 2: 2.126 Å / Aniso diffraction limit 3: 3.384 Å / Aniso diffraction limit axis 1 ortho1: 1 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 1 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho2: 1 / Aniso diffraction limit axis 2 ortho3: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho1: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho2: 0 / Aniso diffraction limit axis 3 ortho3: 1 / Net I/σ(I): 17.13 / Num. measured all: 354515 / Orthogonalization convention: pdb / % possible anomalous: 93.3 / % possible ellipsoidal: 93.4 / % possible ellipsoidal anomalous: 93.3 / % possible spherical: 58.1 / % possible spherical anomalous: 57.5 / Redundancy anomalous: 4.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7VG1 ![]() 7vg1 Resolution: 2.105→114.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU R Cruickshank DPI: 0.449 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.441 / SU Rfree Blow DPI: 0.324 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.331
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Displacement parameters | Biso mean: 52.44 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.41 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refine LS restraints |
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