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- PDB-8w7h: Purine Nucleoside Phosphorylase in complex with MMV000848 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w7h
タイトルPurine Nucleoside Phosphorylase in complex with MMV000848
要素Purine nucleoside phosphorylase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Protein binding / TRANSFERASE-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / inosine catabolic process / uridine catabolic process / guanosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase ...Pyrimidine salvage / Pyrimidine catabolism / S-methyl-5'-thioinosine phosphorylase / purine nucleotide catabolic process / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / inosine catabolic process / uridine catabolic process / guanosine phosphorylase activity / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine ribonucleoside salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-XUH / Purine nucleoside phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Chung, Z. / Lin, J.Q. / Lescar, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Identification and structural validation of purine nucleoside phosphorylase from Plasmodium falciparum as a target of MMV000848.
著者: Chung, Z. / Lin, J. / Wirjanata, G. / Dziekan, J.M. / El Sahili, A. / Preiser, P.R. / Bozdech, Z. / Lescar, J.
履歴
登録2023年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3036
ポリマ－27,7911
非ポリマー5115
水3,063170
1
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,81536
ポリマ－166,7476
非ポリマー3,06930
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
A: Purine nucleoside phosphorylase
ヘテロ分子


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 28.3 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3036
ポリマ－27,7911
非ポリマー5115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
単位格子
Length a, b, c (Å)95.610, 95.610, 138.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D3 (2回x3回 2面回転対称))
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

NA

21A-304-

NA

31A-420-

HOH

41A-476-

HOH

51A-483-

HOH

61A-556-

HOH

71A-568-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Purine nucleoside phosphorylase


分子量: 27791.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PNP / プラスミド: pNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8I3X4

-
非ポリマー , 5種, 175分子

#2: 化合物 ChemComp-XUH / (2R)-1-(9H-carbazol-9-yl)-3-(cyclopentylamino)propan-2-ol


分子量: 308.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: Nitrogen gas / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→33.17 Å / Num. obs: 20977 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 27.17 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0743 / Rpim(I) all: 0.01689 / Rrim(I) all: 0.07623 / Net I/σ(I): 30.42
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.9243 / Mean I/σ(I) obs: 3.73 / Num. unique obs: 2065 / CC1/2: 0.953 / CC star: 0.988 / Rpim(I) all: 0.2069 / Rrim(I) all: 0.9475 / % possible all: 99.32

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→33.17 Å / SU ML: 0.2082 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.3595
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1767 1048 5.02 %
Rwork0.1726 38164 -
obs-20951 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1767 0 34 170 1971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00891872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15042535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0695291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3315697
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.34541400.32992701X-RAY DIFFRACTION97.56
1.9-1.950.33371450.3052723X-RAY DIFFRACTION99.58
1.95-20.29811440.24712709X-RAY DIFFRACTION99.93
2-2.070.24351450.22752733X-RAY DIFFRACTION99.86
2.07-2.140.22221460.20912689X-RAY DIFFRACTION99.82
2.14-2.230.20951460.20492743X-RAY DIFFRACTION99.83
2.23-2.330.25011450.2082727X-RAY DIFFRACTION99.27
2.33-2.450.20561440.17662715X-RAY DIFFRACTION99.79
2.45-2.610.17461430.17872732X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.810.19041420.16322745X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.090.16751440.16912726X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.540.15391400.15562748X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.450.14851470.13022734X-RAY DIFFRACTION99.93
4.46-33.170.11671440.15222739X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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