PDB-8w7c: Activation of mitochondrial Caseinolytic Protease P (ClpP) induce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w7c

タイトル

Activation of mitochondrial Caseinolytic Protease P (ClpP) induces selective cancer cell lethality

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

キーワード

APOPTOSIS / XT6 / Mitochondrial / ClpP / Activation

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane protein proteolysis / mitochondrial protein catabolic process / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / Mitochondrial protein degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATPase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Jiang, J.-X. / Ding, H. / Lu, M.-L. / Chen, M.-R. / Sun, H.-Y. / Xiao, Y.-B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activation of mitochondrial Caseinolytic Protease P (ClpP) induces selective cancer cell lethality
著者: Jiang, J.-X. / Ding, H. / Lu, M.-L. / Chen, M.-R. / Sun, H.-Y. / Xiao, Y.-B.

履歴

登録	2023年8月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w7c.cif.gz	472.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w7c.ent.gz	390.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w7c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w7c_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w7c_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8w7c_validation.xml.gz	53.6 KB	表示
CIF形式データ	8w7c_validation.cif.gz	64.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w7c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

ヘテロ分子

174 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

ヘテロ分子

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

ヘテロ分子

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

ヘテロ分子

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
347 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.245, 153.591, 104.617
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit, mitochondrial / Endopeptidase Clp 分子量: 24324.004 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Author stated: The first two amino acid (Gly and Ser) is a linker proteased by SUMO protease. The third amino acid (N0.57 Ser) belongs to disorder region. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLPP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16740, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-R89 / 11-[(3-chlorophenyl)methyl]-7-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-2,5,7,11-tetrazatricyclo[7.4.0.0^{2,6}]trideca-1(9),3,5-trien-8-one 分子量: 472.890 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₀ClF₃N₄O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 200 mM KCl, 100 mM MES, 12%PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.92→97.344 Å / Num. obs: 77808 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.92→3.07 Å / Num. unique obs: 41644 / CC_1/2: 0.982

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→46.2 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2599	3914	5.03 %
R_work	0.2397	-	-
obs	0.2407	77808	99.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9422	0	231	0	9653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9853
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.88	13361
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.231	3690
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1645

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.04	0.422	130	0.4301	2373	X-RAY DIFFRACTION	88
3.04-3.07	0.3694	137	0.3706	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.07-3.11	0.289	142	0.3257	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.16	0.3067	143	0.2989	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.2	0.2923	140	0.2958	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.25	0.3378	140	0.296	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.3	0.3209	142	0.3062	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.35	0.2714	138	0.304	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.41	0.3445	139	0.301	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.47	0.3759	142	0.2752	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.47-3.54	0.275	142	0.2674	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.61	0.2745	141	0.2637	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.69	0.2728	138	0.2858	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-3.78	0.2646	142	0.2548	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.78-3.87	0.2701	140	0.243	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.87-3.98	0.2426	136	0.2417	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
3.98-4.09	0.2532	139	0.2283	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.23	0.2429	144	0.2116	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
4.23-4.38	0.2506	139	0.2053	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-4.55	0.2744	136	0.2104	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.55-4.76	0.2314	141	0.2072	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
4.76-5.01	0.217	138	0.2025	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
5.01-5.32	0.3122	143	0.2285	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
5.32-5.73	0.2498	140	0.2356	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
5.73-6.31	0.2806	140	0.2416	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
6.31-7.22	0.2633	140	0.2167	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
7.22-9.08	0.1422	137	0.1853	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
9.09-46.2	0.2051	145	0.1907	2598	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.4173 Å / Origin y: 21.6131 Å / Origin z: 50.5734 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4902 Å²	0.005 Å²	0.0548 Å²	-	0.5475 Å²	0.0045 Å²	-	-	0.5554 Å²
L	0.1106 °²	0.0352 °²	0.0041 °²	-	0.3185 °²	0.0426 °²	-	-	0.2101 °²
S	-0.007 Å °	0.0234 Å °	0.0082 Å °	-0.0345 Å °	0.0025 Å °	0.0383 Å °	0.0063 Å °	0.0127 Å °	0.0041 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)