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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w75 | |||||||||
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タイトル | Structure of Drosophila melanogaster L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase | |||||||||
要素 | FI05204p | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase / L2HGDH / dehydrogenase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase / 2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity, forward reaction / Interconversion of 2-oxoglutarate and 2-hydroxyglutarate / 2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, J. / Chen, X. / Jin, S. / Ding, J. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023 タイトル: Structure and biochemical characterization of l-2-hydroxyglutarate dehydrogenase and its role in the pathogenesis of l-2-hydroxyglutaric aciduria. 著者: Yang, J. / Chen, X. / Jin, S. / Ding, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w75.cif.gz | 609.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w75.ent.gz | 498.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w75.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8w75_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8w75_full_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8w75_validation.xml.gz | 57 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8w75_validation.cif.gz | 74.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w75 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8w78C 8w7fC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45918.824 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: L2HGDH, CG10639-RA, dL2HGDH, Dmel\CG10639, L-2-HGDH, CG10639, Dmel_CG10639 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9VJ28, (S)-2-hydroxy-acid oxidase, L-2-hydroxyglutarate dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 糖 | ChemComp-LMT / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium formate, 18% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月16日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: LN2-cooled DCM with Si(111) crystals プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.847→50 Å / Num. obs: 45678 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→31.91 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→31.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -16.6977 Å / Origin y: 10.2422 Å / Origin z: -24.1918 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |