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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w72 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of a P450 enzyme DmlH that catalyze intramolecular phenol coupling in the biosynthesis of cihanmycins | ||||||||||||
要素 | Cytochrome P450 | ||||||||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / P450 enzyme / intramolecular phenol coupling / cihanmycins | ||||||||||||
機能・相同性 | PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Streptomyces sp. DM14 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Fang, C. / Zhang, L. / Zhu, Y. / Zhang, C. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of a P450 enzyme DmlH that catalyze intramolecular phenol coupling in the biosynthesis of cihanmycins 著者: Fang, C. / Zhang, L. / Zhu, Y. / Zhang, C. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w72.cif.gz | 91 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w72.ent.gz | 66 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w72.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/8w72 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46858.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces sp. DM14 (バクテリア) |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.3 M CaCl2, 0.3 M MgCl2, 0.5 M MES, 0.5 M imidazole, 37.5% w/v PEG 1K_PEG 3350_MPD, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979183 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.25→53.49 Å / Num. obs: 6132 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.162 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 45745 |
反射 シェル | 解像度: 3.25→3.43 Å / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.541 / Num. measured all: 3695 / Num. unique obs: 844 / CC1/2: 0.805 / Rpim(I) all: 0.26 / Rrim(I) all: 0.605 / Χ2: 0.75 / Net I/σ(I) obs: 2.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→50.22 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.25→50.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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