PDB-8w6b: crystal structure of TAX1BP1 SKICH domain in complex with RB1CC1 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w6b

タイトル

crystal structure of TAX1BP1 SKICH domain in complex with RB1CC1 coiled-coil domain

要素

RB1-inducible coiled-coil protein 1
Tax1-binding protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / T6BP / Coiled coil / FIP200

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to phagocytic vesicle / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / Atg1/ULK1 kinase complex / ribophagy / glycophagy / negative regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / pexophagy ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Zhang, M.F. / Pan, L.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Mechanistic insights into the interactions of TAX1BP1 with RB1CC1 and mammalian ATG8 family proteins.
著者: Zhang, M. / Wang, Y. / Gong, X. / Wang, Y. / Zhang, Y. / Tang, Y. / Zhou, X. / Liu, H. / Huang, Y. / Zhang, J. / Pan, L.

履歴

登録	2023年8月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w6b.cif.gz	341.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w6b.ent.gz	234.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8w6b_validation.pdf.gz	480.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w6b_full_validation.pdf.gz	487.8 KB	表示
XML形式データ	8w6b_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	8w6b_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/8w6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/8w6b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8w6aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tax1-binding protein 1

B: Tax1-binding protein 1

C: RB1-inducible coiled-coil protein 1

D: RB1-inducible coiled-coil protein 1

E: Tax1-binding protein 1

F: Tax1-binding protein 1

G: RB1-inducible coiled-coil protein 1

H: RB1-inducible coiled-coil protein 1

83.4 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.239, 86.815, 147.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.737, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Tax1-binding protein 1 / TRAF6-binding protein 分子量: 14137.850 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TAX1BP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86VP1
#2: タンパク質	RB1-inducible coiled-coil protein 1 分子量: 6707.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1CC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TDY2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.09 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 5% (w/v) PEG 4000, 50 mM Magnesium chloride, 100 mM MES at pH 6.5, 10% 2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→75.36 Å / Num. obs: 39479 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 44.27 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.39→2.52 Å / Num. unique obs: 5914 / CC_1/2: 0.767

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.39→42.7 Å / SU ML: 0.3248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.0196
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	1966	4.98 %
R_work	0.1931	37483	-
obs	0.1952	39449	97.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→42.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5339	0	0	160	5499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0091	5490
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9949	7434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0551	766
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	963
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.4312	711

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.39-2.45	0.3274	133	0.2613	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.51	0.3129	153	0.258	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.59	0.2963	145	0.2408	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.59-2.66	0.2898	122	0.232	2334	X-RAY DIFFRACTION	97.5
2.68-2.76	0.2819	120	0.2292	2222	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.76-2.88	0.2801	141	0.2311	2793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.01	0.3422	132	0.231	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.01-3.16	0.2858	151	0.2206	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.16-3.36	0.2366	148	0.2033	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.62	0.2368	142	0.1917	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.62-3.99	0.2356	146	0.177	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.99-4.56	0.1786	140	0.1573	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.56-5.75	0.1823	149	0.1602	2765	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.75-42.7	0.2078	144	0.1855	2791	X-RAY DIFFRACTION	99.69

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.75999571054	-1.24626384803	0.677553011282	3.97898173106	0.131511152771	3.28213199083	-0.282194161819	-0.019389233992	-0.197059915973	-0.245004429793	0.198566998518	0.695102703721	0.471497751126	-0.292429169788	0.0576756047468	0.356173597834	-0.0441525023002	-0.071766630722	0.340411121004	-0.0473883043376	0.496603664951	-12.3070812795	-36.9345993919	62.1088809383
2	2.77906025415	0.969712906633	0.211949482002	5.38565343337	0.330043556286	3.68508893789	-0.0529625348092	0.274302112724	-0.205723046056	-0.0933297039587	-4.37896598825E-5	0.246902140208	0.0998534929585	-0.240071612345	0.0671894181346	0.267274599235	-0.0121833658863	0.00511844324286	0.285345919135	-0.0250319502768	0.278474738864	-10.7293800755	-31.2676515024	64.9290500151
3	4.69199501664	3.06651429819	-2.80835901997	5.35696413647	-0.898812416033	1.93882614993	-0.147862423288	0.282583101539	0.72013671656	0.296302534966	0.127239955196	-0.453773736548	-0.953490597897	0.409921329763	-0.0185849924068	0.571766805073	-0.208003774301	0.0369838337735	0.21989300736	0.0308259571945	1.42882025993	3.43032231253	8.48845642808	60.1785029607
4	2.39370117572	-0.269816835866	-2.22945692367	0.513431799983	0.228708467493	6.32309418196	-0.19363315625	0.618568317546	0.973895576175	-0.856558504428	-0.286904624564	0.167837513584	-0.253341044959	-0.295586177287	0.148724512995	0.465740523911	-0.0784737538862	-0.0714295772506	0.417963024278	0.187249558614	0.789250358496	-8.14237181494	3.13240032308	55.7764004186
5	6.38874326265	-3.7156547318	-1.1902688396	2.86841205854	-1.27413589937	5.63121732906	-0.32962958656	-0.374519485331	0.560975870527	0.439616746453	0.114359219152	-1.46463838154	-0.572669602612	0.912629514054	0.175784336967	0.357698898084	-0.116954469717	0.0307734021142	0.672663199608	0.00787288138364	1.05184778681	12.2614195143	2.04242250185	58.417572354
6	6.59768211465	-4.37787277472	-0.529114635777	3.33511516566	1.55198247024	3.8898329238	-0.137796704263	-0.30746357071	0.955910151543	0.879349055593	0.414134470853	-0.745213289735	-0.138684270771	0.0997684004915	-0.170118149304	0.475912957749	-0.0513202745018	-0.0973608251385	0.265863423002	-0.0664973646628	0.467839382391	-2.00632695541	-1.80297127684	68.5950153313
7	6.33290125841	2.30954197696	2.93931760708	5.52693904197	0.198106968288	2.12637702316	0.0208625789201	-0.209261760906	0.359460369937	0.309154234342	-0.0475555781821	-0.174321104809	-0.158282117873	-0.70376969164	0.0422496620464	0.28709247586	0.0330137893465	0.0231919350984	0.350067426949	-0.0873381057111	0.292736369151	-1.10577166658	-7.8957554904	64.9706003159
8	5.99611396122	2.56158113772	0.928185599955	5.59222045464	-0.149171194313	1.8386779841	-0.755090154832	1.14644899246	0.68319020531	-1.22482162405	0.600380005878	-0.568657167405	-0.137008138187	0.609898639562	0.175321677205	0.606910834698	-0.139959767212	0.0573722111314	0.667416255576	0.0930406111747	0.509600794181	4.66241577517	-0.136811517884	51.9079107957
9	0.454922164291	-1.07412839978	-0.1193541262	3.91308725038	0.0674356343126	2.96385161094	0.00727463650606	-0.588513144749	0.300769558074	0.246324827984	-0.28557623866	0.119088240969	-0.012242577008	-0.159916027401	0.293194721258	0.340155042014	0.010014831765	0.00462277430409	0.401370686465	-0.0501189783042	0.528634989238	-8.87564868985	-0.618116131267	65.4053768672
10	5.91409014388	-4.50305409679	4.86473134303	8.09858189784	-4.6606126025	4.19339815505	-0.373248227454	0.145850430314	0.995863624144	0.206997467993	-0.634723358942	-1.52857419107	-0.835015302447	0.601360958179	1.1704066008	0.473846127307	-0.07339487728	-0.0853958168548	0.61447382753	-0.105381288984	0.721851442804	9.22975859008	0.328317562944	65.8039713507
11	2.5794733912	3.15841796325	4.65204177219	4.521970976	6.42422066814	9.26017710127	-0.455449896207	0.569635209384	1.31423434982	-0.374568316703	0.53349601239	1.06631968968	-0.19642259847	0.156908069956	0.14050671036	0.362125910024	0.0426332291053	-0.0808665226448	0.377102437907	-0.00467148061278	0.603043081383	-12.334052222	4.38038412497	63.7257486501
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13	1.86255426576	-0.239875117139	0.322883780196	4.24333333337	2.33398398565	6.53702667396	-0.138650972117	-0.0396275968988	0.0320325447128	0.251412697937	-0.157156008675	0.25609576245	0.0751710502715	-0.136313511182	0.19960681347	0.404329513629	-0.0195440765073	-0.0195222404573	0.339177743926	-3.71148477446E-5	0.375722608332	-8.58483004495	-16.3026002866	62.7181796966
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28	2.08731476686	-0.17553612623	0.213857041887	3.52141339734	0.891036186258	2.57624039855	-0.126953175913	-0.00599037738274	-0.0703258200614	-0.0902652894396	0.0496638380905	0.0926336566708	0.00329671671619	-0.420044456437	0.0699029673146	0.421155583163	0.0436226520874	0.0323516623325	0.328752476474	0.0317552208811	0.434073443967	-20.2301913414	-20.9155445946	13.5659778299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 121 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 15 through 20 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 21 through 38 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 39 through 48 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 49 through 59 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 60 through 68 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 69 through 91 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 92 through 105 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 106 through 114 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 115 through 121 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1339 through 1395 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 1345 through 1393 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 15 through 48 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 49 through 91 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 92 through 114 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 115 through 121 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 15 through 20 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 21 through 31 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 32 through 38 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 39 through 54 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 55 through 68 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 69 through 91 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 92 through 105 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 106 through 114 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 115 through 121 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 1344 through 1395 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'H' and (resid 1339 through 1395 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)