PDB-8w4y: Neutron structure of cellulase Cel6A from Phanerochaete chrysospo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w4y

タイトル

Neutron structure of cellulase Cel6A from Phanerochaete chrysosporium at room temperature, low-D2O-solvent

要素

Glucanase

キーワード

HYDROLASE / Cellulase / Glycoside hydrolase family 6 / Cellobiohydrolase II

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Phanerodontia chrysosporium (菌類)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Tachioka, M. / Yamaguchi, S. / Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Yano, N. / Chatake, T. / Tamada, T. / Takeda, K. ...

資金援助

日本, 2件

組織	認可番号	国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	18H05494	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23H00341, 19H03013, 18J01906, 15J10657	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Deprotonated Arginine Controls a Putative Catalytic Base in Invert-ing Family 6 Glycoside Hydrolase
著者: Tachioka, M. / Yamaguchi, S. / Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Yano, N. / Chatake, T. / Tamada, T. / Takeda, K. / Niwa, S. / Tanaka, H. / Takahashi, S. / Inaka, K. / ...

履歴

登録	2023年8月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w4y.cif.gz	183.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w4y.ent.gz	118.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w4y_validation.pdf.gz	376.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w4y_full_validation.pdf.gz	376.7 KB	表示
XML形式データ	8w4y_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	8w4y_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w4wC 8w4xC 8w4zC 8w8uC 8w8vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucanase

38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.350, 67.920, 89.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glucanase 分子量: 38381.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerodontia chrysosporium (菌類) / 遺伝子: cel6A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: H3K419
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: polyethylene glycol 3350, sodium chloride, 2-methyl-2,4-pentandiol, acetate buffer, PH範囲: 5.2-5.7

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	298	1	N
2	298	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NE3A		1	1
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	2	2.9-5.6

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 2M	1	PIXEL	2017年4月16日
iBIX	2	DIFFRACTOMETER	2017年2月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	2.9	1
3	5.6	1

反射

Entry-ID: 8W4Y

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	B_iso Wilson estimate (Å²)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.4-100	65352	96.9	6.7	12.52	0.075	1	23.3
2.15-20.9	18875	91.2	2.2		0.289	2	6.2

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Diffraction-ID
1.4-1.42	0.432	3176	1
2.15-2.23	0.54	2108	2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定
STARGazer		データ削減

精密化

SU ML: 0.117 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 15.6354 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso mean (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	σ(F)	Diffraction-ID
1.4-47.12	X-RAY DIFFRACTION	20.29	0.1635	0.1452	0.1461	3290	61998	65296	5.04	96.92	1.37
2.15-20.4	NEUTRON DIFFRACTION		0.1767	0.1554				18124		94.73		2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2710	0	0	246	2956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0114	2955
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0437	4076
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0813	452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0085	549
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3738	1052

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.42	0.2432	123	0.2265	2508	X-RAY DIFFRACTION	94.4
1.42-1.44	0.2215	152	0.2041	2476	X-RAY DIFFRACTION	95.15
1.44-1.46	0.217	128	0.1949	2510	X-RAY DIFFRACTION	95.1
1.46-1.49	0.2312	151	0.1922	2485	X-RAY DIFFRACTION	95.13
1.49-1.51	0.2346	114	0.1881	2520	X-RAY DIFFRACTION	95.54
1.51-1.54	0.2248	145	0.187	2507	X-RAY DIFFRACTION	95.36
1.54-1.57	0.18	143	0.1913	2506	X-RAY DIFFRACTION	95.84
1.57-1.6	0.1925	126	0.1762	2548	X-RAY DIFFRACTION	96.19
1.6-1.64	0.2024	149	0.1822	2541	X-RAY DIFFRACTION	96.24
1.64-1.68	0.2008	124	0.1701	2563	X-RAY DIFFRACTION	96.31
1.68-1.72	0.2009	106	0.168	2575	X-RAY DIFFRACTION	96.37
1.72-1.76	0.1951	136	0.1684	2536	X-RAY DIFFRACTION	96.71
1.76-1.82	0.1783	132	0.1575	2572	X-RAY DIFFRACTION	96.88
1.82-1.87	0.172	171	0.1534	2546	X-RAY DIFFRACTION	97.11
1.87-1.94	0.183	142	0.1621	2593	X-RAY DIFFRACTION	97.12
1.94-2.02	0.1569	135	0.1496	2572	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.02-2.11	0.1556	143	0.1466	2604	X-RAY DIFFRACTION	97.45
2.11-2.22	0.1727	142	0.1372	2609	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.22-2.36	0.1224	118	0.1359	2653	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.36-2.54	0.1516	126	0.1359	2649	X-RAY DIFFRACTION	98.47
2.54-2.8	0.1483	151	0.1343	2654	X-RAY DIFFRACTION	98.8
2.8-3.2	0.1589	133	0.1364	2695	X-RAY DIFFRACTION	98.92
3.21-4.04	0.1406	150	0.1118	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.07
4.04-47.12	0.1363	150	0.1232	2860	X-RAY DIFFRACTION	99.47

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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