PDB-8w4w: Neutron structure of cellulase Cel6A from Phanerochaete chrysospo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w4w

タイトル

Neutron structure of cellulase Cel6A from Phanerochaete chrysosporium at room temperature

要素

Glucanase

キーワード

HYDROLASE / Cellulase / Glycoside hydrolase family 6 / Cellobiohydrolase II

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Phanerodontia chrysosporium (菌類)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.36 Å

データ登録者

Tachioka, M. / Yamaguchi, S. / Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Yano, N. / Chatake, T. / Tamada, T. / Takeda, K. ...

資金援助

日本, 2件

組織	認可番号	国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)	18H05494	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	23H00341, 19H03013, 18J01906, 15J10657	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Deprotonated Arginine Controls a Putative Catalytic Base in Invert-ing Family 6 Glycoside Hydrolase
著者: Tachioka, M. / Yamaguchi, S. / Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Yano, N. / Chatake, T. / Tamada, T. / Takeda, K. / Niwa, S. / Tanaka, H. / Takahashi, S. / Inaka, K. / ...

履歴

登録	2023年8月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w4w.cif.gz	191.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w4w.ent.gz	124.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w4w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w4w_validation.pdf.gz	377.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w4w_full_validation.pdf.gz	377.2 KB	表示
XML形式データ	8w4w_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	8w4w_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/8w4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w4xC 8w4yC 8w4zC 8w8uC 8w8vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glucanase

38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.580, 68.040, 90.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glucanase 分子量: 38381.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerodontia chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: cel6A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: H3K419
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: polyethylene glycol 3350, sodium chloride,2-methyl-2,4-pentandiol, acetate buffer PH範囲: 5.2 - 5.7

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	298	1	N
2	298	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A		1	1
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	2	2.9-5.6

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2018年5月23日
iBIX	2	DIFFRACTOMETER	2018年4月27日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	2.9	1
3	5.6	1

反射

B_iso Wilson estimate: 13.85 Å² / Entry-ID: 8W4W

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.36-50	70839	95.6	10.5	0.066	2	32.2
1.86-21.5	27502	94.2	5.5	0.336	1	4.9

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Diffraction-ID
1.36-1.38	0.286	3095	2
1.86-1.94	0.677	2700	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
STARGazer		データ削減
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定

精密化

SU ML: 0.1097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 15.7567 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso mean (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection R_free (%)	% reflection obs (%)	σ(F)	Diffraction-ID
1.36-34.99	X-RAY DIFFRACTION	20.8	0.1561	0.1389	0.1397	3562	67220	70782	5.03	95.9	1.39
1.86-21.5	NEUTRON DIFFRACTION		0.232	0.209				26666		90.72		1

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.36→34.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2710	0	0	250	2960

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0111	2955
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0401	4078
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0829	452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0084	604
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3966	1054

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.36-1.38	0.2224	130	0.2	2471	X-RAY DIFFRACTION	89.94
1.38-1.4	0.2069	138	0.1961	2584	X-RAY DIFFRACTION	92.62
1.4-1.42	0.2	126	0.1895	2589	X-RAY DIFFRACTION	93.65
1.42-1.44	0.2222	148	0.1883	2594	X-RAY DIFFRACTION	94
1.44-1.47	0.2045	144	0.1771	2621	X-RAY DIFFRACTION	94.66
1.47-1.49	0.1946	151	0.1785	2601	X-RAY DIFFRACTION	94.31
1.49-1.52	0.2183	119	0.1739	2631	X-RAY DIFFRACTION	94.53
1.52-1.55	0.197	151	0.1734	2649	X-RAY DIFFRACTION	94.95
1.55-1.58	0.1962	151	0.1717	2622	X-RAY DIFFRACTION	95
1.58-1.61	0.1762	138	0.1727	2651	X-RAY DIFFRACTION	95.22
1.61-1.65	0.1937	148	0.1692	2641	X-RAY DIFFRACTION	95.51
1.65-1.69	0.207	126	0.1668	2668	X-RAY DIFFRACTION	95.65
1.69-1.74	0.1896	118	0.1646	2711	X-RAY DIFFRACTION	95.9
1.74-1.79	0.1745	140	0.1614	2680	X-RAY DIFFRACTION	96.05
1.79-1.85	0.1811	169	0.152	2666	X-RAY DIFFRACTION	96.46
1.85-1.91	0.1778	154	0.1517	2688	X-RAY DIFFRACTION	96.7
1.91-1.99	0.1681	148	0.1463	2703	X-RAY DIFFRACTION	96.78
1.99-2.08	0.1637	135	0.1391	2735	X-RAY DIFFRACTION	97.26
2.08-2.19	0.1624	146	0.1339	2713	X-RAY DIFFRACTION	97.05
2.19-2.33	0.1359	143	0.1349	2766	X-RAY DIFFRACTION	97.72
2.33-2.51	0.1429	134	0.1347	2789	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.51-2.76	0.1489	149	0.1353	2770	X-RAY DIFFRACTION	98.32
2.76-3.16	0.1622	142	0.1378	2821	X-RAY DIFFRACTION	98.54
3.16-3.98	0.1267	156	0.1115	2866	X-RAY DIFFRACTION	98.95
3.98-34.99	0.1173	158	0.1071	2990	X-RAY DIFFRACTION	99.09

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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