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- PDB-8w4x: Neutron structure of cellulase Cel6A from Phanerochaete chrysospo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w4x
タイトルNeutron structure of cellulase Cel6A from Phanerochaete chrysosporium at room temperature, Enzyme-Product complex
要素Glucanase
キーワードHYDROLASE / Cellulase / Glycoside hydrolase family 6 / Cellobiohydrolase II
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / cellulose binding / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain ...Glycosyl hydrolases family 6 signature 2. / Glycosyl hydrolases family 6 signature 1. / Glycoside hydrolase, family 6, conserved site / 1, 4-beta cellobiohydrolase / 1, 4-beta cellobiohydrolase superfamily / Glycosyl hydrolases family 6 / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-cellobiose / beta-D-glucopyranose / Glucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Phanerodontia chrysosporium (菌類)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Tachioka, M. / Yamaguchi, S. / Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Yano, N. / Chatake, T. / Tamada, T. / Takeda, K. ...Tachioka, M. / Yamaguchi, S. / Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Yano, N. / Chatake, T. / Tamada, T. / Takeda, K. / Niwa, S. / Tanaka, H. / Takahashi, S. / Inaka, K. / Furubayashi, N. / Deguchi, S. / Samejima, M. / Igarashi, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)18H05494 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H00341, 19H03013, 18J01906, 15J10657 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Deprotonated Arginine Controls a Putative Catalytic Base in Invert-ing Family 6 Glycoside Hydrolase
著者: Tachioka, M. / Yamaguchi, S. / Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Yano, N. / Chatake, T. / Tamada, T. / Takeda, K. / Niwa, S. / Tanaka, H. / Takahashi, S. / Inaka, K. / ...著者: Tachioka, M. / Yamaguchi, S. / Nakamura, A. / Ishida, T. / Kusaka, K. / Yamada, T. / Yano, N. / Chatake, T. / Tamada, T. / Takeda, K. / Niwa, S. / Tanaka, H. / Takahashi, S. / Inaka, K. / Furubayashi, N. / Deguchi, S. / Samejima, M. / Igarashi, K.
履歴
登録2023年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9274
ポリマ－38,3821
非ポリマー5453
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.730, 68.260, 89.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Glucanase


分子量: 38381.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phanerodontia chrysosporium (菌類) / 株: K-3 / 遺伝子: cel6A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: H3K419
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellobiose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: polyethylene glycol 3350, sodium chloride, cellotriose
PH範囲: 4.5 - 4.9

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12981N
22981N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
SPALLATION SOURCEJPARC MLF BL-03J-PARC MLF BEAMLINE BL-0322.9-5.6
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2017年5月10日
iBIX2DIFFRACTOMETER2017年4月11日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.91
35.61
反射

Biso Wilson estimate: 12.31 Å2 / Entry-ID: 8W4X

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.4-506692899.96.80.066146.2
1.8-20.772927191.84.70.22727.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsDiffraction-ID
1.4-1.420.3735.533141
1.8-1.940.4661.924662

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158位相決定
STARGazerデータ削減
精密化

SU ML: 0.1038 / Diffraction-ID: 1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 13.1071 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)σ(F)
1.4-37.5X-RAY DIFFRACTION13.710.13930.12770.1283335563491668465.0299.881.35
1.8-20.8NEUTRON DIFFRACTION0.1660.1472922491.7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2710 0 36 270 3016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00825959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.006210726
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1513464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00651232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.42811670
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.22181180.19022599X-RAY DIFFRACTION99.74
1.42-1.440.19361680.17622623X-RAY DIFFRACTION99.96
1.44-1.460.21081270.1682591X-RAY DIFFRACTION99.89
1.46-1.490.16951550.16832611X-RAY DIFFRACTION99.86
1.49-1.510.16951200.1732639X-RAY DIFFRACTION99.89
1.51-1.540.191580.17422583X-RAY DIFFRACTION99.85
1.54-1.570.20871490.16632617X-RAY DIFFRACTION99.89
1.57-1.60.18641390.15742598X-RAY DIFFRACTION99.85
1.6-1.640.16981460.1562614X-RAY DIFFRACTION99.82
1.64-1.680.15821190.14942636X-RAY DIFFRACTION99.78
1.68-1.720.15121140.14652681X-RAY DIFFRACTION99.89
1.72-1.760.1641360.14112618X-RAY DIFFRACTION99.93
1.76-1.820.15721370.14912637X-RAY DIFFRACTION99.93
1.82-1.870.16581750.13622594X-RAY DIFFRACTION99.96
1.87-1.940.15391350.1322631X-RAY DIFFRACTION99.96
1.94-2.020.11981460.12312661X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.110.13361440.11982620X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.220.11521420.1142629X-RAY DIFFRACTION99.96
2.22-2.360.14491130.11432708X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.540.13181280.11342668X-RAY DIFFRACTION99.96
2.54-2.80.13561510.11792677X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.20.12081390.11972714X-RAY DIFFRACTION100
3.2-4.040.1111490.10582718X-RAY DIFFRACTION100
4.04-37.50.11491470.11472824X-RAY DIFFRACTION98.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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