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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w3r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of prefusion-stabilized RSV F protein UFCR2-iSS-P2-NQ in complex with A4 single-chain fragment variable | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / Respiratory syncytial virus / glycoprotein / prefusion vaccine / stabilized | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, Y.Z. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Zhu, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rational design of uncleaved prefusion-closed trimer vaccines for human respiratory syncytial virus and metapneumovirus. 著者: Lee, Y.Z. / Han, J. / Zhang, Y.N. / Ward, G. / Braz Gomes, K. / Auclair, S. / Stanfield, R.L. / He, L. / Wilson, I.A. / Zhu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 112.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 465.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 28327.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 55649.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.63 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 5.87, 10 %(w/v) PEG 6,000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.02→50.12 Å / Num. obs: 9477 / % possible obs: 94.75 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 84.78 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 4.02→4.167 Å / Num. unique obs: 742 / CC1/2: 0.878 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 109.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.02→50.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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