PDB-8w3q: Crystal structure of prefusion-stabilized hMPV F protein UFCM1-P2-iSS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w3q

タイトル

Crystal structure of prefusion-stabilized hMPV F protein UFCM1-P2-iSS

要素

prefusion-stabilized hMPV F protein UFCM1-P2-iSS

キーワード

VIRAL PROTEIN / Respiratory syncytial virus / glycoprotein / prefusion vaccine / stabilized

生物種

human metapneumovirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 5.99 Å

データ登録者

Lee, Y.Z. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A. / Zhu, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Rational design of uncleaved prefusion-closed trimer vaccines for human respiratory syncytial virus and metapneumovirus.
著者: Lee, Y.Z. / Han, J. / Zhang, Y.N. / Ward, G. / Braz Gomes, K. / Auclair, S. / Stanfield, R.L. / He, L. / Wilson, I.A. / Zhu, J.

履歴

登録	2024年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w3q.cif.gz	101.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w3q.ent.gz	70.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w3q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/8w3q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w3/8w3q	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8w3eC 8w3fC 8w3gC 8w3hC 8w3iC 8w3jC 8w3kC 8w3lC 8w3nC 8w3oC 8w3pC 8w3rC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

F: prefusion-stabilized hMPV F protein UFCM1-P2-iSS

55.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

F: prefusion-stabilized hMPV F protein UFCM1-P2-iSS

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
167 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.745, 185.745, 185.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3
Space group name Hall	I2b2c3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: z,x,y #3: y,z,x #4: -y,-z+1/2,x #5: z,-x,-y+1/2 #6: -y+1/2,z,-x #7: -z,-x+1/2,y #8: -z+1/2,x,-y #9: y,-z,-x+1/2 #10: x,-y,-z+1/2 #11: -x+1/2,y,-z #12: -x,-y+1/2,z #13: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #14: z+1/2,x+1/2,y+1/2 #15: y+1/2,z+1/2,x+1/2 #16: -y+1/2,-z+1,x+1/2 #17: z+1/2,-x+1/2,-y+1 #18: -y+1,z+1/2,-x+1/2 #19: -z+1/2,-x+1,y+1/2 #20: -z+1,x+1/2,-y+1/2 #21: y+1/2,-z+1/2,-x+1 #22: x+1/2,-y+1/2,-z+1 #23: -x+1,y+1/2,-z+1/2 #24: -x+1/2,-y+1,z+1/2

#1: タンパク質	prefusion-stabilized hMPV F protein UFCM1-P2-iSS 分子量: 55750.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) human metapneumovirus (ウイルス) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.4M potassium dihydrogen phosphate, 1.2M sodium dihydrogen phosphate, 0.1M phosphate-citrate pH4.37

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 5.99→49.64 Å / Num. obs: 2793 / % possible obs: 99.57 % / 冗長度: 38.2 % / B_iso Wilson estimate: 308.05 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.42
反射シェル	解像度: 5.99→6.215 Å / Num. unique obs: 278 / CC_1/2: 0.728

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 5.99→49.64 Å / SU ML: 0.5699 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3546	131	4.69 %
R_work	0.2237	2662	-
obs	0.23	2793	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 252.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 5.99→49.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3149	0	0	0	3149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0175	3191
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.3799	4322
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1048	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.026	553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6622	1174

LS精密化シェル

解像度: 5.99→49.64 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3546	131	-
R_work	0.2237	2662	-
obs	-	-	99.89 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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