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万見
- PDB-8w3b: TAS-120 covalent structure with FGFR2 molecular brake mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w3b
タイトルTAS-120 covalent structure with FGFR2 molecular brake mutant
要素Fibroblast growth factor receptor 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / FGFR2 / TAS-120 / inhibitor / complex / transferase / transferase-inhibitor complex / kinase / molecular brake / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development ...Signaling by FGFR2 amplification mutants / Signaling by FGFR2 fusions / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in hemopoiesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in positive regulation of cell proliferation in bone marrow / lateral sprouting from an epithelium / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in mammary gland specification / mammary gland bud formation / branch elongation involved in salivary gland morphogenesis / mesenchymal cell differentiation involved in lung development / lacrimal gland development / prostate gland morphogenesis / otic vesicle formation / regulation of smooth muscle cell differentiation / regulation of morphogenesis of a branching structure / orbitofrontal cortex development / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / embryonic organ morphogenesis / branching morphogenesis of a nerve / endochondral bone growth / morphogenesis of embryonic epithelium / bud elongation involved in lung branching / epidermis morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / reproductive structure development / limb bud formation / membranous septum morphogenesis / lung lobe morphogenesis / gland morphogenesis / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / embryonic digestive tract morphogenesis / mesenchymal cell differentiation / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / pyramidal neuron development / branching involved in prostate gland morphogenesis / FGFR2b ligand binding and activation / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / regulation of osteoblast proliferation / branching involved in salivary gland morphogenesis / embryonic pattern specification / positive regulation of phospholipase activity / lung-associated mesenchyme development / outflow tract septum morphogenesis / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic cranial skeleton morphogenesis / mesodermal cell differentiation / bone morphogenesis / digestive tract development / skeletal system morphogenesis / odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / inner ear morphogenesis / organ growth / hair follicle morphogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / regulation of osteoblast differentiation / PI-3K cascade:FGFR2 / lung alveolus development / prostate epithelial cord elongation / midbrain development / bone mineralization / fibroblast growth factor binding / positive regulation of cell division / excitatory synapse / PI3K Cascade / positive regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SHC-mediated cascade:FGFR2 / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / FRS-mediated FGFR2 signaling / cellular response to retinoic acid / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of cell cycle / Signaling by FGFR2 in disease / epithelial cell differentiation / axonogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / post-embryonic development / animal organ morphogenesis / Negative regulation of FGFR2 signaling / lung development / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TZ0 / Fibroblast growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Hoffman, I.D. / Nelson, K.J. / Bensen, D.C. / Bailey, J.B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Ann Oncol / 年: 2025
タイトル: A model for decoding resistance in precision oncology: acquired resistance to FGFR inhibitors in cholangiocarcinoma.
著者: Goyal, L. / DiToro, D. / Facchinetti, F. / Martin, E.E. / Peng, P. / Baiev, I. / Iyer, R. / Maurer, J. / Reyes, S. / Zhang, K. / Majeed, U. / Berchuck, J.E. / Chen, C.T. / Walmsley, C. / ...著者: Goyal, L. / DiToro, D. / Facchinetti, F. / Martin, E.E. / Peng, P. / Baiev, I. / Iyer, R. / Maurer, J. / Reyes, S. / Zhang, K. / Majeed, U. / Berchuck, J.E. / Chen, C.T. / Walmsley, C. / Pinto, C. / Vasseur, D. / Gordan, J.D. / Mody, K. / Borad, M. / Karasic, T. / Damjanov, N. / Danysh, B.P. / Wehrenberg-Klee, E. / Kambadakone, A.R. / Saha, S.K. / Hoffman, I.D. / Nelson, K.J. / Iyer, S. / Qiang, X. / Sun, C. / Wang, H. / Li, L. / Javle, M. / Lin, B. / Harris, W. / Zhu, A.X. / Cleary, J.M. / Flaherty, K.T. / Harris, T. / Shroff, R.T. / Leshchiner, I. / Parida, L. / Kelley, R.K. / Fan, J. / Stone, J.R. / Uboha, N.V. / Hirai, H. / Sootome, H. / Wu, F. / Bensen, D.C. / Hollebecque, A. / Friboulet, L. / Lennerz, J.K. / Getz, G. / Juric, D.
履歴
登録2024年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 2
B: Fibroblast growth factor receptor 2
C: Fibroblast growth factor receptor 2
D: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,56511
ポリマ－148,6034
非ポリマー1,9627
水2,684149
1
A: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6653
ポリマ－37,1511
非ポリマー5152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6653
ポリマ－37,1511
非ポリマー5152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6653
ポリマ－37,1511
非ポリマー5152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5692
ポリマ－37,1511
非ポリマー4181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.315, 131.398, 134.111
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRAA467 - 76423 - 320
21THRTHRBB467 - 76423 - 320
12THRTHRAA467 - 76423 - 320
22THRTHRCC467 - 76423 - 320
13THRTHRAA467 - 76423 - 320
23THRTHRDD467 - 76423 - 320
14THRTHRBB467 - 76423 - 320
24THRTHRCC467 - 76423 - 320
15LEULEUBB467 - 76323 - 319
25LEULEUDD467 - 76323 - 319
16THRTHRCC467 - 76423 - 320
26THRTHRDD467 - 76423 - 320

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Fibroblast growth factor receptor 2 / FGFR-2 / K-sam / KGFR / Keratinocyte growth factor receptor


分子量: 37150.734 Da / 分子数: 4 / 変異: N549H, D650V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR2, BEK, KGFR, KSAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21802, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-TZ0 / 1-[(3S)-3-{4-amino-3-[(3,5-dimethoxyphenyl)ethynyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl}pyrrolidin-1-yl]prop-2-en-1-one


分子量: 418.448 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M HEPES 7.2, 25 % v/v PEG Smear Broad

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11597 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11597 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→51.73 Å / Num. obs: 70718 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.203 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.23→2.31 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 1.412 / Num. unique obs: 7002 / CC1/2: 0.751 / Rpim(I) all: 0.395 / Rrim(I) all: 1.467 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SADABSデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 22.467 / SU ML: 0.258 / SU R Cruickshank DPI: 0.3787 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.379 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED. The authors state that this data set exhibits translational NCS (2 mol) resulting in higher r-factors than expected for this resolution
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3122 3401 4.9 %RANDOM
Rwork0.2906 ---
obs0.2917 66060 98.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.65 Å2 / Biso mean: 44.82 Å2 / Biso min: 18.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.73 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.17 Å20 Å2
3---3.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.23→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9058 0 139 149 9346
Biso mean--35.43 38.75 -
残基数----1131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0129407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9021.66412705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.73951122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.18822.189475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.577151718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.641563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027011
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A88050.05
12B88050.05
21A90490.04
22C90490.04
31A87610.06
32D87610.06
41B89950.05
42C89950.05
51B90290.06
52D90290.06
61C90040.06
62D90040.06
LS精密化 シェル解像度: 2.23→2.288 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 230 -
Rwork0.421 4908 -
all-5138 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.17950.6536-0.06383.40820.24481.8954-0.145-0.0182-0.08220.082-0.09430.33070.0683-0.10560.23920.2737-0.0298-0.03440.2372-0.01610.0792-1.9573-36.694315.138
21.514-0.52050.01084.5541-0.00961.69320.00220.13030.1206-0.0649-0.1544-0.04240.17150.24330.15230.20710.00410.04340.28070.02960.0272-3.3099-49.972-16.6294
31.79181.2342-0.50173.7875-0.35081.45490.0118-0.0213-0.15610.0787-0.0540.201-0.0088-0.01520.04220.2137-0.0325-0.03080.25070.02390.05421.9455-35.9892-52.6184
41.9063-0.64090.2823.60680.14131.6175-0.13820.06110.3274-0.0658-0.15550.0371-0.2259-0.13860.29370.21660.0075-0.08750.23890.00430.104339.1586-80.8821-16.458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A467 - 566
2X-RAY DIFFRACTION1A567 - 764
3X-RAY DIFFRACTION2B467 - 566
4X-RAY DIFFRACTION2B567 - 764
5X-RAY DIFFRACTION3C467 - 566
6X-RAY DIFFRACTION3C567 - 764
7X-RAY DIFFRACTION4D467 - 566
8X-RAY DIFFRACTION4D567 - 764

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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