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- PDB-8w2w: Structure of transthyretin synthetic mutation A120L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w2w
タイトルStructure of transthyretin synthetic mutation A120L
要素Transthyretin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Yang, K. / Sun, X. / Ferguson, J.A. / Stanfield, R.L. / Wright, P.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)DK34909 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The mispacked F87 sidechain drives aggregation-promoting conformational fluctuations in transthyretin
著者: Sun, X. / Ferguson, J.A. / Yang, K. / Stanfield, R.L. / Dyson, H.J. / Wright, P.E.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transthyretin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9471
ポリマ－15,9471
非ポリマー00
水23413
1
A: Transthyretin

A: Transthyretin

A: Transthyretin

A: Transthyretin


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, TTR is well established in the literature as a functional tetramer. However, NMR experiments in this paper show this synthetic mutant to have both monomeric and tetrameric states.
  • 63.8 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7884
ポリマ－63,7884
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.141, 64.069, 84.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA


分子量: 15947.064 Da / 分子数: 1 / 変異: A120L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5), 1M sodium chloride, 10% (v/v) glycerol, and 30% (v/v) PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→32.03 Å / Num. obs: 7206 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 40.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 361 / CC1/2: 0.889 / Rpim(I) all: 0.31 / Rrim(I) all: 0.703 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5127精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→32.03 Å / SU ML: 0.2279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 29.2866
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 712 9.91 %
Rwork0.2098 6476 -
obs0.2124 7188 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→32.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数901 0 0 13 914
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046924
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54831259
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0514144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0962326
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.230.31191170.31311233X-RAY DIFFRACTION94.08
2.23-2.450.28121360.26921274X-RAY DIFFRACTION99.37
2.45-2.810.32891410.27371299X-RAY DIFFRACTION99.72
2.81-3.540.27231740.21921286X-RAY DIFFRACTION99.86
3.54-32.030.17481440.16911384X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.122514375947.56316199903-5.639015606097.95143670172-6.039532264135.10327521919-0.1205479084230.27413056206-2.48606509514-0.314877072084-0.0403013234409-1.331536231130.8919041530390.1202354598330.4991011383620.2969106148760.041155676850.01017402082380.4567765598970.02069617263460.5747300571290.19417639294216.42180807428.04591493918
21.211985205972.86039745031-3.304093026628.30822962192-8.577877232232.053066958520.957983169836-0.5051794804480.07623160724951.40096447711-0.764070837846-0.885921964308-0.6876488914822.703078921060.3920680747670.1422128419270.05881418932970.1028933653060.642877175043-0.1888198371490.45255115611112.017625156121.48639046863.33833522154
37.67398236375-0.0175420427774-0.5018738245086.157170994770.7402041584687.23042715267-0.219746488278-2.043454449740.07592717878651.124068613620.1018074018170.449265940814-0.6827106271520.33099245086-0.01213349121830.49830977647-0.0138334791003-0.04335950268230.494129569052-0.06475991633860.303803370554-1.3287439212622.13038550823.6267453692
47.530882040681.21698143714-2.849903104592.92777799962-1.001930940096.73725113128-0.168594339106-0.225591112264-0.1369949132690.244069773010.179185297216-0.1856847489280.06133397271250.991330698207-0.06186117199580.2370089381230.006490626888-0.05423747017630.343497949328-0.01583807935240.2108549097212.3708348419718.948402253814.1832133787
56.56595862132-3.21664856729-0.417315455683.6557248404-3.093496752125.20301473935-0.05155944969891.325335688541.343927382921.297539933170.002178211119-0.837294995965-0.9819200414911.2383911512-0.1250330712680.799296705729-0.289901677354-0.04787555872580.899971408251-0.1321472796450.93837691944613.483046847432.421862769811.0875111434
64.707838001890.981868908384-6.16720553857.44870097677-2.225871810658.51852469851.19473056368-0.01420100834720.3621025328620.0895478337671-0.3136883973030.246452616683-0.936136662780.167751378423-0.8651494169570.5460047860030.0007631111373490.09062792647210.327698938851-0.01071277996410.329367086056-5.1632772457426.420085984515.348400723
75.08559068221-0.3509521029380.4692403587557.830001632487.793787089777.88633300746-1.033404415080.922110943576-1.24132202304-0.869328376741-2.658527024141.089343122850.17778076705-2.184130225052.643628615131.09746664835-0.2579256257750.1892982698261.233017236120.1319997228331.10375257153-16.786331583516.061052968613.2812453581
84.431758664193.03827580079-3.864503120555.06430026784-4.434303216465.49964243686-0.4867993525950.6157935740920.309269812337-0.4062665205981.093986303730.4332361261590.240672998426-0.708943546546-0.4989362943390.247712052936-0.002217182530540.02438063852080.3440672515150.009331003448670.405883320573-1.3132096413224.49211718066.44480041405
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 9 through 18 )9 - 181 - 10
22chain 'A' and (resid 19 through 28 )19 - 2811 - 20
33chain 'A' and (resid 29 through 48 )29 - 4821 - 40
44chain 'A' and (resid 49 through 81 )49 - 8141 - 73
55chain 'A' and (resid 82 through 90 )82 - 9074 - 82
66chain 'A' and (resid 91 through 97 )91 - 9783 - 89
77chain 'A' and (resid 98 through 103 )98 - 10390 - 95
88chain 'A' and (resid 104 through 124 )104 - 12496 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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