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- PDB-8w2v: Solution Structure of the CD28 hinge used in chimeric antigen rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w2v
タイトルSolution Structure of the CD28 hinge used in chimeric antigen receptor (CAR) T-cells
要素T-cell-specific surface glycoprotein CD28
キーワードIMMUNE SYSTEM / CAR-T / CD28 / immunotherapy / intrinsic disorder
機能・相同性
機能・相同性情報


Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / regulatory T cell differentiation / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / CD28 co-stimulation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation ...Nef mediated downregulation of CD28 cell surface expression / regulatory T cell differentiation / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / CD28 co-stimulation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of interleukin-4 production / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / immunological synapse / positive regulation of viral genome replication / coreceptor activity / positive regulation of T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of mitotic nuclear division / T cell activation / positive regulation of cytokine production / positive regulation of translation / apoptotic signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / T cell receptor signaling pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
T cell antigen CD28 / ICOS V-set domain / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell-specific surface glycoprotein CD28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Folimonova, V. / Chen, X. / Walters, K.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1ZIABC011627 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: CD28 hinge used in chimeric antigen receptor (CAR) T-cells exhibits local structure and conformational exchange amidst global disorder.
著者: Folimonova, V. / Chen, X. / Negi, H. / Schwieters, C.D. / Li, J. / Byrd, R.A. / Taylor, N. / Youkharibache, P. / Walters, K.J.
履歴
登録2024年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell-specific surface glycoprotein CD28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3081
ポリマ－4,3081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド T-cell-specific surface glycoprotein CD28 / TP44


分子量: 4308.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10747

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D CON
1201isotropic42D 1H-15N HSQC
131isotropic23D HN(CA)CB
141isotropic23D CBCA(CO)NH
1191isotropic22D 1H-15N HSQC
2251isotropic42D 1H-15N HSQC
151isotropic23D HNCO
2261isotropic43D HNCO
161isotropic23D HN(CA)CO
2271isotropic43D HN(CA)CO
2301isotropic43D HNCO-COSY
1101isotropic23D HNCAN
192isotropic42D 1H-13C HSQC
2282isotropic22D 1H-13C HSQC
182isotropic43D 1H-13C NOESY
2292isotropic23D 1H-13C NOESY
1182isotropic12D 1H-13C HSQC
172isotropic13D 1H-13C CCH TOCSY
1112isotropic13D 1H-13C (H)CCH TOCSY
1213isotropic12D 1H-15N HSQC
1123isotropic12D CACO
1133isotropic13D CANCO
1174isotropic32D 1H-15N HSQC
2234isotropic22D 1H-15N HSQC
1144isotropic33D 1H-15N NOESY
2244isotropic23D 1H-15N NOESY
1155isotropic22D 1H-15N HSQC
1165isotropic23D HNHB

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N, 13C-labeled CD28 hinge in 20 mM NaPO4 at pH 6.5, 50 mM NaCl, 2 mM dithiothreitol, 20 uM ZnSO4, 1mM pefabloc, 0.1% NaN3, and 95% H2O / 5% D2O15N, 13C-labeled CD28 hinge95% H2O/5% D2O
solution20.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 100% D2O15N, 13C-labeled CD28 hinge in 20 mM NaPO4 at pH 6.5, 50 mM NaCl, 2 mM dithiothreitol, 20 uM ZnSO4, 1mM pefabloc, 0.1% NaN3, and 100% D2O15N, 13C-labeled CD28 hinge100% D2O
solution30.45 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N, 13C-labeled CD28 hinge in 20 mM NaPO4 at pH 6.5, 50 mM NaCl, 2 mM dithiothreitol, 20 uM ZnSO4, 1mM pefabloc, 0.1% NaN3, and 95% H2O/ 95% D2O. 450 uM concentration.15N, 13C-labeled CD28 hinge95% H2O/5% D2O
solution40.4 mM [U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N-labeled CD28 hinge in 20 mM NaPO4 at pH 6.5, 50 mM NaCl, 2 mM dithiothreitol, 20 uM ZnSO4, 1mM pefabloc, 0.1% NaN3, and 95% H2O/ 95% D2O. 400 uM concentration.15N-labeled CD28 hinge95% H2O/5% D2O
solution50.28 mM [U-100% 15N] CD28 hinge, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 20 uM zinc sulphate, 1 mM pefabloc, 0.1 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O15N-labeled CD28 hinge in 20 mM NaPO4 at pH 6.5, 50 mM NaCl, 2 mM dithiothreitol, 20 uM ZnSO4, 1mM pefabloc, 0.1% NaN3, and 95% H2O/ 95% D2O. 280 uM concentration.15N-labeled CD28 hinge95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMCD28 hinge[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMDTTnatural abundance1
20 uMzinc sulphatenatural abundance1
1 mMpefablocnatural abundance1
0.1 %sodium azidenatural abundance1
0.6 mMCD28 hinge[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMDTTnatural abundance2
20 uMzinc sulphatenatural abundance2
1 mMpefablocnatural abundance2
0.1 %sodium azidenatural abundance2
0.45 mMCD28 hinge[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMDTTnatural abundance3
20 uMzinc sulphatenatural abundance3
1 mMpefablocnatural abundance3
0.1 %sodium azidenatural abundance3
0.4 mMCD28 hinge[U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mMDTTnatural abundance4
20 uMzinc sulphatenatural abundance4
1 mMpefablocnatural abundance4
0.1 %sodium azidenatural abundance4
0.28 mMCD28 hinge[U-100% 15N]5
20 mMsodium phosphatenatural abundance5
50 mMsodium chloridenatural abundance5
2 mMDTTnatural abundance5
20 uMzinc sulphatenatural abundance5
1 mMpefablocnatural abundance5
0.1 %sodium azidenatural abundance5
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
170 mM25 degree6.51 atm298 K
270 mM11 degree6.51 atm284 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8504
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MddNMRV. Orekhov, V. Jaravine, M. Mayzel, K. Kazimierczuk解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.データ解析
TALOS+Yang Shen, Frank Delaglio, Gabriel Cornilescu & Ad Baxデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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