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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w2j | ||||||
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タイトル | Human liver phosphofructokinase-1 filament in the T-state conformation | ||||||
要素 | ATP-dependent 6-phosphofructokinase, liver type | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PFK / glycolysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose binding / 6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / monosaccharide binding / canonical glycolysis / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis ...fructose binding / 6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / monosaccharide binding / canonical glycolysis / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Glycolysis / AMP binding / negative regulation of insulin secretion / response to glucose / glycolytic process / kinase binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lynch, E.M. / Kollman, J.M. / Webb, B.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural basis for allosteric regulation of human phosphofructokinase-1. 著者: Eric M Lynch / Heather Hansen / Lauren Salay / Madison Cooper / Stepan Timr / Justin M Kollman / Bradley A Webb / 要旨: Phosphofructokinase-1 (PFK1) catalyzes the rate-limiting step of glycolysis, committing glucose to conversion into cellular energy. PFK1 is highly regulated to respond to the changing energy needs of ...Phosphofructokinase-1 (PFK1) catalyzes the rate-limiting step of glycolysis, committing glucose to conversion into cellular energy. PFK1 is highly regulated to respond to the changing energy needs of the cell. In bacteria, the structural basis of PFK1 regulation is a textbook example of allostery; molecular signals of low and high cellular energy promote transition between an active R-state and inactive T-state conformation, respectively. Little is known, however, about the structural basis for regulation of eukaryotic PFK1. Here, we determine structures of the human liver isoform of PFK1 (PFKL) in the R- and T-state by cryoEM, providing insight into eukaryotic PFK1 allosteric regulatory mechanisms. The T-state structure reveals conformational differences between the bacterial and eukaryotic enzyme, the mechanisms of allosteric inhibition by ATP binding at multiple sites, and an autoinhibitory role of the C-terminus in stabilizing the T-state. We also determine structures of PFKL filaments that define the mechanism of higher-order assembly and demonstrate that these structures are necessary for higher-order assembly of PFKL in cells. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w2j.cif.gz | 1.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w2j.ent.gz | 1.6 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w2j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8w2j_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8w2j_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8w2j_validation.xml.gz | 168.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8w2j_validation.cif.gz | 243.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/8w2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/8w2j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 43750MC 8w2gC 8w2hC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 85120.375 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PFKL / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P17858, 6-phosphofructokinase #2: 糖 | ChemComp-FBP / #3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PFKL filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: unidentified baculovirus (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 90 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45362 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: Modeller / タイプ: in silico model |