[日本語] English
万見
- PDB-8w2e: SARS-CoV-2 M protein dimer in complex with JNJ-9676 and Fab-B -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w2e
タイトルSARS-CoV-2 M protein dimer in complex with JNJ-9676 and Fab-B
要素
  • Fab B Heavy Chain
  • Fab B Light Chain
  • Membrane protein
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / SARS-COV-2 / M protein / Inhibitor bound complex / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of protein M / SARS-CoV-2 modulates autophagy / host cell Golgi membrane / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / PIP3 activates AKT signaling / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...Maturation of protein M / SARS-CoV-2 modulates autophagy / host cell Golgi membrane / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / PIP3 activates AKT signaling / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / Attachment and Entry / viral envelope / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
M matrix/glycoprotein, SARS-CoV-like / M matrix/glycoprotein, coronavirus / Coronavirus M matrix/glycoprotein / Coronavirus membrane (Cov-M) protein profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種SARS-CoV-2 pseudovirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Yin, Y. / Van Damme, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government0000-0003-1808-9851
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: A small-molecule SARS-CoV-2 inhibitor targeting the membrane protein.
著者: Ellen Van Damme / Pravien Abeywickrema / Yanting Yin / Jiexiong Xie / Sofie Jacobs / Mandeep Kaur Mann / Jordi Doijen / Robyn Miller / Madison Piassek / Simone Marsili / Murali Subramanian / ...著者: Ellen Van Damme / Pravien Abeywickrema / Yanting Yin / Jiexiong Xie / Sofie Jacobs / Mandeep Kaur Mann / Jordi Doijen / Robyn Miller / Madison Piassek / Simone Marsili / Murali Subramanian / Leah Gottlieb / Rana Abdelnabi / Michiel Van Gool / Nick Van den Broeck / Ines De Pauw / Annick Diels / Peter Vermeulen / Koen Temmerman / Trevor Scobey / Melissa Mattocks / Alexandra Schäfer / Dirk Jochmans / Steven De Jonghe / Pieter Leyssen / Winston Chiu / Mayra Diosa Toro / Marleen Zwaagstra / Anouk A Leijs / Heidi L M De Gruyter / Christophe Buyck / Klaas Van Den Heede / Frank Jacobs / Christel Van den Eynde / Laura Thijs / Valerie Raeymaekers / Seth Miller / Amanda Del Rosario / Johan Neyts / Danielle Peeters / Ralph S Baric / Frank J M van Kuppeveld / Eric J Snijder / Martijn J van Hemert / Mario Monshouwer / Sujata Sharma / Ruxandra Draghia-Akli / Anil Koul / Marnix Van Loock /
要旨: The membrane (M) protein of betacoronaviruses is well conserved and has a key role in viral assembly. Here we describe the identification of JNJ-9676, a small-molecule inhibitor targeting the ...The membrane (M) protein of betacoronaviruses is well conserved and has a key role in viral assembly. Here we describe the identification of JNJ-9676, a small-molecule inhibitor targeting the coronavirus M protein. JNJ-9676 demonstrates in vitro nanomolar antiviral activity against SARS-CoV-2, SARS-CoV and sarbecovirus strains from bat and pangolin zoonotic origin. Using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), we determined a binding pocket of JNJ-9676 formed by the transmembrane domains of the M protein dimer. Compound binding stabilized the M protein dimer in an altered conformational state between its long and short forms, preventing the release of infectious virus. In a pre-exposure Syrian golden hamster model, JNJ-9676 (25 mg per kg twice per day) showed excellent efficacy, illustrated by a significant reduction in viral load and infectious virus in the lung by 3.5 and 4 log-transformed RNA copies and 50% tissue culture infective dose (TCID) per mg lung, respectively. Histopathology scores at this dose were reduced to the baseline. In a post-exposure hamster model, JNJ-9676 was efficacious at 75 mg per kg twice per day even when added at 48 h after infection, when peak viral loads were observed. The M protein is an attractive antiviral target to block coronavirus replication, and JNJ-9676 represents an interesting chemical series towards identifying clinical candidates addressing the current and future coronavirus pandemics.
履歴
登録2024年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年4月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Membrane protein
B: Membrane protein
C: Fab B Heavy Chain
D: Fab B Light Chain
E: Fab B Heavy Chain
F: Fab B Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,6878
ポリマ－156,6926
非ポリマー9952
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Membrane protein / M / E1 glycoprotein / Matrix glycoprotein / Membrane glycoprotein


分子量: 29977.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SARS-CoV-2 pseudovirus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC5
#2: 抗体 Fab B Heavy Chain


分子量: 24157.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab B Light Chain


分子量: 24211.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-A1AE8 / (6S,8R)-N-(3-cyanophenyl)-5-{4-[difluoro(phenyl)methyl]phenyl}-6-methyl-4-oxo-4,5,6,7-tetrahydropyrazolo[1,5-a]pyrazine-3-carboxamide


分子量: 497.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H21F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Dimer complex of SARS-CoV-2 M protein with JNJ-9676 and Fab B
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 484616 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る