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- PDB-8w1v: The beta2 adrenergic receptor bound to a bitopic ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w1v
タイトルThe beta2 adrenergic receptor bound to a bitopic ligand
要素
  • Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin
  • Nanobody60
キーワードMEMBRANE PROTEIN / signal transduction / bitopic ligand / / SIGNALING PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / Adrenoceptors / heat generation / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure ...: / beta2-adrenergic receptor activity / positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / norepinephrine binding / Adrenoceptors / heat generation / positive regulation of autophagosome maturation / positive regulation of AMPA receptor activity / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of smooth muscle contraction / positive regulation of lipophagy / response to psychosocial stress / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / diet induced thermogenesis / neuronal dense core vesicle / positive regulation of protein kinase A signaling / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / potassium channel regulator activity / positive regulation of bone mineralization / brown fat cell differentiation / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / regulation of sodium ion transport / viral release from host cell by cytolysis / bone resorption / activation of adenylate cyclase activity / response to cold / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / lysozyme / Clathrin-mediated endocytosis / lysozyme activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of MAPK cascade / cell surface receptor signaling pathway / lysosome / early endosome / receptor complex / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / endosome / defense response to bacterium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gaiser, B. / Danielsen, M. / Xu, X. / Jorgensen, K. / Fronik, P. / Marcher-Rorsted, E. / Wrobe, T. / Hirata, K. / Liu, X. / Mathiesen, J. / Pedersen, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)Grant 32122041 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Bitopic Ligands Support the Presence of a Metastable Binding Site at the beta 2 Adrenergic Receptor.
著者: Gaiser, B.I. / Danielsen, M. / Xu, X. / Ropke Jorgensen, K. / Fronik, P. / Marcher-Rorsted, E. / Wrobel, T.M. / Liu, X. / Mosolff Mathiesen, J. / Sejer Pedersen, D.
履歴
登録2024年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin
B: Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin
D: Nanobody60
F: Nanobody60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,6497
ポリマ－151,4804
非ポリマー2,1693
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.680, 146.770, 91.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 62208.852 Da / 分子数: 2 / 変異: N187E,C1054T,C1097A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07550, UniProt: P00720, lysozyme
#2: 抗体 Nanobody60


分子量: 13531.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 化合物 ChemComp-A1AE2 / (2S)-1-[(3-{1-[4-(4-{(2S)-2-hydroxy-3-[(propan-2-yl)amino]propoxy}phenyl)butyl]-1H-1,2,3-triazol-4-yl}propyl)amino]-3-(2-propylphenoxy)propan-2-ol


分子量: 581.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H51N5O4
#4: 化合物 ChemComp-AV0 / Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / 2,2-didecylpropane-1,3-bis-b-D-maltopyranoside / 2-decyl-2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}dodecyl4-O-alpha-D-glucopyranosyl-beta-D-glucopyranoside / ラウリルマルト-スネオペンチルグリコ-ル


分子量: 1005.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H88O22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM Tris buffer (pH 8.0), 100 to 175 mM lithium sulfate, 38% to 42% PEG400, and 10 mM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→48.44 Å / Num. obs: 40547 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 55.5 % / Biso Wilson estimate: 54.78 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 8.25
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Num. unique obs: 6655 / CC1/2: 0.564

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→48.44 Å / SU ML: 0.4897 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.5555
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2919 2068 5.54 %
Rwork0.2477 35291 -
obs0.2501 37359 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→48.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8760 0 153 0 8913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00719106
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70512348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04341429
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.87863188
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.070.44211330.36062351X-RAY DIFFRACTION99.72
3.07-3.150.37521340.3272345X-RAY DIFFRACTION99.84
3.15-3.230.35311370.3112347X-RAY DIFFRACTION99.84
3.23-3.330.32991350.27772356X-RAY DIFFRACTION99.92
3.33-3.430.30571400.26652337X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.560.28891390.25822329X-RAY DIFFRACTION99.88
3.56-3.70.311370.24272369X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.870.2871450.23322330X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.070.23591280.22242350X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.330.25861420.21212374X-RAY DIFFRACTION100
4.33-4.660.28331380.22012330X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.130.27311420.23242355X-RAY DIFFRACTION99.84
5.13-5.870.32461400.26652358X-RAY DIFFRACTION99.96
5.87-7.390.27851360.26682377X-RAY DIFFRACTION100
7.39-48.440.25131420.21622383X-RAY DIFFRACTION99.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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