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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w1q | |||||||||
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タイトル | Aerobic crystal structure of iron-bound FlcD from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||
要素 | Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / mono-iron dioxygenase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyrroloquinoline-quinone synthase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / periplasmic space / oxidoreductase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Walker, M.E. / Grove, T.L. / Li, B. / Redinbo, M.R. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2024 タイトル: Structural Basis for Methine Excision by a Heme Oxygenase-like Enzyme 著者: Simke, W.C. / Walker, M.E. / Calderone, L.A. / Putz, A.T. / Patteson, J.B. / Vitro, C.N. / Zizola, C.F. / Redinbo, M.R. / Pandelia, M.E. / Grove, T.L. / Li, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w1q.cif.gz | 189.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w1q.ent.gz | 118.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w1q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8w1q_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8w1q_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8w1q_validation.xml.gz | 29.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8w1q_validation.cif.gz | 44.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9b9mC 9b9nC 9b9oC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40240.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: pqqC_2, CAZ10_19980, DT376_18990, NCTC13621_03444, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_05324 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0C7AN42, pyrroloquinoline-quinone synthase |
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-非ポリマー , 5種, 552分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | 溶媒含有率: 33.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 20% w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.56→31.57 Å / Num. obs: 79607 / % possible obs: 95.19 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 18.17 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09696 / Rpim(I) all: 0.0637 / Rrim(I) all: 0.1166 / Net I/σ(I): 6.46 |
反射 シェル | 解像度: 1.56→1.616 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4948 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 7453 / CC1/2: 0.508 / CC star: 0.821 / Rpim(I) all: 0.373 / Rrim(I) all: 0.6235 / % possible all: 89.23 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→31.57 Å / SU ML: 0.1861 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4771 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.56→31.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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