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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w1p | ||||||
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タイトル | Structure of Selenomonas sp. Cascade (SsCascade) | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / CRISPR-Cas / Genome engineering / RNA-guided DNA endonuclease / Non-coding RNA / HNH nuclease | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Hirano, S. / Zhang, F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural determinants of precise DNA cleavage by a CRISPR HNH-Cascade system 著者: Hirano, S. / Altae-Tran, H. / Kannan, S. / Macrae, R.K. / Zhang, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 954.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 76.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 120.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 43729MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 9分子 ABCDEFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 38700.172 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 43706.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: This protein is histidine tagged at N-terminal region from residues 1 to 41. Residues 42 to 385 are derived from natural Cas8 protein sequences. 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 28703.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 20735.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#5: DNA鎖 | 分子量: 20484.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 20202.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#6: RNA鎖 | 分子量: 19746.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Target DNA-bound SsCascade / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.05 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80908 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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