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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w1n | ||||||
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タイトル | Structure of transthyretin pathogenic mutation A120S | ||||||
![]() | Transthyretin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Tetramer | ||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferguson, J.A. / Stanfield, R.L. / Wright, P.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The mispacked F87 sidechain drives aggregation-promoting conformational fluctuations in transthyretin 著者: Sun, X. / Ferguson, J.A. / Yang, K. / Stanfield, R.L. / Dyson, H.J. / Wright, P.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8w2wC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13924.557 Da / 分子数: 2 / 変異: A120S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M MES at pH 6.0, 10% (v/v) glycerol, 5% (w/v) PEG 1000, and 30% (v/v) PEG 600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9765 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→38.6 Å / Num. obs: 31452 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 20.88 Å2 / CC1/2: 0.835 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 20.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 2.23 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1493 / CC1/2: 0.333 / Rpim(I) all: 0.855 / Rrim(I) all: 2.4 / % possible all: 96.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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