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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w1f | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of DPS-like protein PA4880 from Pseudomonas aeruginosa (dodecamer, Mg bound) | ||||||
要素 | DPS-LIKE PROTEIN | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / PA4880 / DPS protein / metal binding / DNA cleavage / dodecamer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Lovell, S. / Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Rivera, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2024 タイトル: Pseudomonas aeruginosa gene PA4880 encodes a Dps-like protein with a Dps fold, bacterioferritin-type ferroxidase centers, and endonuclease activity. 著者: Rajapaksha, N. / Yao, H. / Cook, A. / Seibold, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Fontenot, L. / Donnarumma, F. / Lovell, S. / Rivera, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w1f.cif.gz | 809.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w1f.ent.gz | 681.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w1f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8w1f_validation.pdf.gz | 35.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8w1f_full_validation.pdf.gz | 35.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8w1f_validation.xml.gz | 66.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8w1f_validation.cif.gz | 89.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8w1dC 8w1eC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20241.627 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA4880 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUT3 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-FE2 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.51 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Salt Rx G2: 1 M magnesium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月24日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→49.94 Å / Num. obs: 130805 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.209 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 12.1 / Num. measured all: 1874799 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 1.798 / Num. measured all: 96579 / Num. unique obs: 6414 / CC1/2: 0.719 / Rpim(I) all: 0.476 / Rrim(I) all: 1.861 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→31.27 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→31.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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