PDB-8w1e: Crystal Structure of DPS-like protein PA4880 from Pseudomonas aer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w1e

タイトル

Crystal Structure of DPS-like protein PA4880 from Pseudomonas aeruginosa (dodecamer)

要素

DPS-LIKE PROTEIN

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / PA4880 / DPS protein / metal binding / DNA cleavage / dodecamer

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Lovell, S. / Liu, L. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Rivera, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2024
タイトル: Pseudomonas aeruginosa gene PA4880 encodes a Dps-like protein with a Dps fold, bacterioferritin-type ferroxidase centers, and endonuclease activity.
著者: Rajapaksha, N. / Yao, H. / Cook, A. / Seibold, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Fontenot, L. / Donnarumma, F. / Lovell, S. / Rivera, M.

履歴

登録	2024年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w1e.cif.gz	793.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w1e.ent.gz	664.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8w1e_validation.pdf.gz	20 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w1e_full_validation.pdf.gz	20 MB	表示
XML形式データ	8w1e_validation.xml.gz	63.9 KB	表示
CIF形式データ	8w1e_validation.cif.gz	85.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/8w1e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8w1dC 8w1fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (5) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (5)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#114 - 2009年6月
ヴォールト (Vaults)
類似性 (1)
#57 - 2004年9月
カタラーゼ (Catalase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DPS-LIKE PROTEIN

B: DPS-LIKE PROTEIN

C: DPS-LIKE PROTEIN

D: DPS-LIKE PROTEIN

E: DPS-LIKE PROTEIN

F: DPS-LIKE PROTEIN

G: DPS-LIKE PROTEIN

H: DPS-LIKE PROTEIN

I: DPS-LIKE PROTEIN

J: DPS-LIKE PROTEIN

K: DPS-LIKE PROTEIN

L: DPS-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

247 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, 12 mer

単位格子

Length a, b, c (Å)	216.178, 216.178, 278.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	DPS-LIKE PROTEIN 分子量: 20241.627 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA4880 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HUT3
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 81.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Salt Rx F9: 800 mM lithium sulfate, 100 mM Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月24日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→49.51 Å / Num. obs: 145618 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.191 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.198 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 2082925
反射シェル	解像度: 2.9→2.95 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.1 % / R_merge(I) obs: 1.79 / Num. measured all: 107710 / Num. unique obs: 7128 / CC_1/2: 0.711 / R_pim(I) all: 0.475 / R_rim(I) all: 1.852 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→30.86 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 21.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	7326	5.04 %
R_work	0.1774	-	-
obs	0.1786	145342	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16106	0	189	0	16295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	16454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.886	22248
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.749	6143
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	2467
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2973

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.93	0.3	238	0.2909	4552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.97	0.3193	244	0.2788	4565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.97-3	0.2962	267	0.2759	4512	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.04	0.3337	239	0.2781	4560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.08	0.3029	235	0.2824	4566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.12	0.2749	266	0.2846	4514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.17	0.3716	236	0.3151	4529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.22	0.3267	245	0.288	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.27	0.314	251	0.2478	4559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.32	0.2869	248	0.2336	4560	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.38	0.2874	258	0.2423	4525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.44	0.261	227	0.227	4590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.5	0.2524	266	0.2275	4535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5-3.58	0.2667	242	0.2151	4567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.65	0.2095	244	0.1829	4563	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-3.74	0.1944	241	0.174	4578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.74-3.83	0.1909	242	0.1644	4591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-3.93	0.171	216	0.1564	4606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.05	0.1684	236	0.1598	4585	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.18	0.1732	242	0.1477	4610	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.33	0.1627	250	0.1405	4590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.33-4.5	0.1587	262	0.1316	4617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5-4.71	0.1536	216	0.1281	4629	X-RAY DIFFRACTION	100
4.71-4.95	0.1597	251	0.1412	4596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.95-5.26	0.1503	250	0.1472	4659	X-RAY DIFFRACTION	100
5.26-5.67	0.1919	248	0.1701	4633	X-RAY DIFFRACTION	100
5.67-6.23	0.2338	222	0.193	4689	X-RAY DIFFRACTION	100
6.23-7.12	0.1693	233	0.1604	4717	X-RAY DIFFRACTION	100
7.12-8.94	0.1214	258	0.116	4747	X-RAY DIFFRACTION	100
8.94-30.86	0.1599	253	0.1565	4919	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7712	-0.4441	-1.1057	0.5283	0.2267	1.5439	-0.1312	0.0833	-0.1087	-0.0904	0.0361	-0.0011	-0.3099	0.083	0.099	0.593	-0.0994	-0.0387	0.357	0.0326	0.5193	17.7276	-42.8101	-76.314
2	1.5223	0.0489	0.895	0.615	-0.0887	2.0785	-0.1258	0.1089	0.1178	-0.0608	0.0491	-0.0977	-0.094	0.0871	0.0825	0.446	-0.1098	0.0743	0.5315	-0.0228	0.4858	29.5983	-66.4816	-88.3523
3	1.4747	0.0215	1.0004	0.9086	-0.0115	3.4819	-0.0524	-0.037	-0.0646	-0.0153	0.0347	-0.0964	0.38	0.2427	0.0156	0.415	0.0671	0.0747	0.4312	-0.0763	0.5264	33.8539	-89.2917	-75.8132
4	1.7786	-0.2052	-1.0863	0.7512	0.3175	2.4216	-0.022	-0.0532	-0.1872	-0.0561	0.0455	-0.0653	0.2453	0.1196	0.001	0.5935	0.0232	0.0077	0.298	0.0054	0.5099	14.1422	-103.3113	-59.4226
5	1.4242	1.4415	-0.4501	3.7038	-0.6072	1.2589	-0.0696	-0.0829	0.0628	0.2362	0.0892	0.1017	-0.1284	0.1385	-0.0116	0.438	0.0295	-0.0189	0.3951	-0.0145	0.3291	22.6256	-66.3669	-33.3288
6	2.3007	-0.1421	-0.8045	0.6113	0.0793	1.6422	-0.0983	-0.0553	0.0079	0.0736	-0.0228	0.1728	-0.3444	0.0549	0.1061	0.6133	-0.0592	-0.0354	0.3683	-0.0426	0.5205	18.5098	-42.7992	-50.0677
7	1.4623	0.4952	-0.0085	3.6439	0.3826	1.3498	-0.1808	0.2371	0.092	0.008	0.1788	-0.0316	-0.2339	-0.0929	-0.0125	0.4125	-0.0404	-0.0419	0.4463	0.0314	0.3332	1.7747	-61.4236	-92.7578
8	0.7683	1.058	-0.1673	3.3984	-0.405	1.3205	-0.0885	-0.013	-0.1107	-0.0503	0.1389	-0.1325	0.2257	0.183	-0.0609	0.4098	0.1095	-0.0227	0.474	0.0213	0.4642	33.9542	-85.9972	-46.5157
9	1.2573	-0.4397	0.923	0.7304	-0.5349	1.9748	-0.1029	-0.1045	0.1367	0.1151	-0.0024	0.0285	-0.1477	-0.088	0.0928	0.5703	0.0823	0.0757	0.4633	-0.0672	0.5438	-4.0906	-56.1662	-38.0457
10	0.6976	0.6433	0.325	3.3654	0.5412	1.3986	-0.0311	0.0386	-0.021	0.0584	0.0713	0.0765	0.0846	-0.1987	-0.037	0.3502	-0.0134	-0.0348	0.5874	-0.0159	0.4978	-18.0259	-71.6689	-79.1899
11	1.7199	-0.0492	-0.8981	0.7487	0.074	2.3816	0.0447	0.0325	-0.1525	0.0258	-0.0366	0.1155	0.1041	-0.3215	0.024	0.4968	-0.1472	0.0185	0.4126	-0.0192	0.521	-10.2357	-96.4418	-65.8301
12	1.1521	-0.2869	1.0946	0.9178	-0.4808	2.9019	0.0314	0.0288	0.0194	0.002	-0.0755	0.132	0.1741	-0.3873	0.0353	0.3935	-0.0229	0.1009	0.5889	-0.0097	0.5522	-19.4095	-73.8601	-49.7098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 9 through 176)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 5 through 176)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 10 through 177)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 8 through 177)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 8 through 177)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 8 through 176)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 9 through 177)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 9 through 177)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain 'I' and resid 8 through 177)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain 'J' and resid 9 through 177)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain 'K' and resid 8 through 177)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain 'L' and resid 10 through 177)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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