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- PDB-8w18: The crystal structure of the Michaelis-Menten complex of a C1s/C1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w18
タイトルThe crystal structure of the Michaelis-Menten complex of a C1s/C1-INH at 3.94 Angstroms
要素
  • Complement C1s subcomponent heavy chain
  • Complement C1s subcomponent light chain
  • Plasma protease C1 inhibitor
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement / C1s / C1 esterase inhibitor / Michaelis complex / reactive center loop / exosite
機能・相同性
機能・相同性情報


complement subcomponent C_overbar_1s_ / negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / blood circulation / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen ...complement subcomponent C_overbar_1s_ / negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / blood circulation / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / complement activation, classical pathway / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation / Platelet degranulation / : / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family ...Peptidase S1A, complement C1r/C1S/mannan-binding / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasma protease C1 inhibitor / Complement C1s subcomponent
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Garrigues, R.J. / Garcia, B.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2024
タイトル: The Crystal Structure of the Michaelis-Menten Complex of C1 Esterase Inhibitor and C1s Reveals Novel Insights into Complement Regulation.
著者: Garrigues, R.J. / Garrison, M.P. / Garcia, B.L.
履歴
登録2024年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Plasma protease C1 inhibitor
B: Complement C1s subcomponent light chain
A: Complement C1s subcomponent heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2543
ポリマ－88,2543
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area35240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.628, 168.628, 88.342
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

#1: タンパク質 Plasma protease C1 inhibitor / C1 Inh / C1Inh / C1 esterase inhibitor / C1-inhibiting factor / Serpin G1


分子量: 43997.434 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 111-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPING1, C1IN, C1NH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05155
#2: タンパク質 Complement C1s subcomponent light chain


分子量: 27668.547 Da / 分子数: 1 / Mutation: S632A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09871
#3: タンパク質 Complement C1s subcomponent heavy chain


分子量: 16588.488 Da / 分子数: 1 / 断片: Sushi domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09871
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.43 % / 解説: blocks
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M L-Proline, 0.1M HEPES (pH 6.5), and 12% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.94→49.42 Å / Num. obs: 11775 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 145.32 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3.94→4.15 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3267 / CC1/2: 0.446 / Rpim(I) all: 0.776 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.94→47.42 Å / SU ML: 0.7373 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.1233
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2807 1173 10 %
Rwork0.262 10560 -
obs0.2639 11733 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 161.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.94→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6029 0 0 0 6029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00486172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73338379
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526939
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00371077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.00542277
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.94-4.120.44821440.41781300X-RAY DIFFRACTION99.79
4.12-4.340.3991420.3581276X-RAY DIFFRACTION99.93
4.34-4.610.29521450.31581300X-RAY DIFFRACTION100
4.61-4.960.33321440.31711303X-RAY DIFFRACTION100
4.96-5.460.35081450.29471298X-RAY DIFFRACTION99.93
5.46-6.250.31661470.29021321X-RAY DIFFRACTION100
6.25-7.870.26671470.24181337X-RAY DIFFRACTION99.87
7.87-47.420.18971590.17961425X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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