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- PDB-8w10: Plasmodium vivax PMX-MK7602 inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w10
タイトルPlasmodium vivax PMX-MK7602 inhibitor complex
要素Aspartyl protease, putative
キーワードHYDROLASE/Inhibitor / PlasmepsinIX / PlasmepsinX / inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Aspartyl protease, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Hodder, A.N. / Scally, S.W. / Cowman, A.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Plasmodium vivax PMX-MK7602 inhibitor complex
著者: Hodder, A.N. / Cowman, A.F. / Scally, S.W.
履歴
登録2024年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartyl protease, putative
B: Aspartyl protease, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,31911
ポリマ－85,1602
非ポリマー2,1599
水93752
1
A: Aspartyl protease, putative
B: Aspartyl protease, putative
ヘテロ分子

A: Aspartyl protease, putative
B: Aspartyl protease, putative
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 175 kDa, 4 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,63822
ポリマ－170,3194
非ポリマー4,31818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
Buried area3550 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area29010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.310, 88.302, 230.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 190 through 197 or (resid 198...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 190 through 196 or (resid 197...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11HISHISALAALAAA190 - 5377 - 354
d_12NAGNAGNAGNAGCC1
d_13GOLGOLGOLGOLAD701
d_14ZRNZRNZRNZRNAE702
d_21HISHISALAALABB190 - 5377 - 354
d_22NAGNAGNAGNAGBH601
d_23GOLGOLGOLGOLBI602
d_24ZRNZRNZRNZRNBJ603

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.282651868707, -0.875508340846, -0.391909512803), (-0.751558780976, 0.45601035078, -0.47666965366), (0.596043052015, 0.159811467333, -0.786888159178)ベクター: 25. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.282651868707, -0.875508340846, -0.391909512803), (-0.751558780976, 0.45601035078, -0.47666965366), (0.596043052015, 0.159811467333, -0.786888159178)
ベクター: 25.1212743401, 23.8881021514, 32.4764828804)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aspartyl protease, putative


分子量: 42579.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax Sal-1 (マラリア 病原虫)
遺伝子: PVX_088125 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A5KAC3

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 59分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ZRN / (2R,3S)-3-[(2S)-2-amino-4,4-diethyl-6-oxo-1,3-diazinan-1-yl]-N-[(1R,2R)-2-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-2-(methoxymethyl)-2-methyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-5-carboxamide


分子量: 520.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H36N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M Ammonium sulfate 0.1M Sodium HEPES pH7.50 2% PEG 400 1mM TEW

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→38.76 Å / Num. obs: 18136 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 52.29 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.102 / Net I/av σ(I): 8 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2861 / CC1/2: 0.577 / Rpim(I) all: 0.482

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7TBB

7tbb


解像度: 2.95→38.76 Å / SU ML: 0.468 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.6782
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 909 5.01 %
Rwork0.1922 17221 -
obs0.1951 18130 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→38.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5379 0 145 53 5577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00575662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73597703
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0518855
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065992
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.24382041
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.68054769777 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-3.130.36771490.27182792X-RAY DIFFRACTION99.97
3.13-3.380.3011520.2382840X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.720.29821480.2082845X-RAY DIFFRACTION99.93
3.72-4.250.21311420.1622854X-RAY DIFFRACTION100
4.25-5.360.22481490.15052894X-RAY DIFFRACTION100
5.36-38.760.21561690.19692996X-RAY DIFFRACTION99.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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