ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.20.1_4487: ???)精密化 | XDS | | データ削減 | Aimless | | データスケーリング | PHASES | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→32.52 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.75 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2251 | 1500 | 3.46 % |
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Rwork | 0.1931 | - | - |
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obs | 0.1942 | 43361 | 99.9 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→32.52 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3717 | 0 | 1 | 340 | 4058 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 3826 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.934 | 5202 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.012 | 1392 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.063 | 601 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.012 | 673 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.88-1.94 | 0.2746 | 140 | 0.2455 | 3763 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.94-2.01 | 0.2687 | 130 | 0.2332 | 3739 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.01-2.09 | 0.3054 | 138 | 0.2263 | 3739 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.09-2.19 | 0.2773 | 124 | 0.2256 | 3740 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.19-2.3 | 0.2408 | 131 | 0.2144 | 3786 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3-2.45 | 0.2213 | 141 | 0.2116 | 3774 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.45-2.63 | 0.27 | 135 | 0.2169 | 3773 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.63-2.9 | 0.2119 | 137 | 0.2177 | 3809 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.9-3.32 | 0.2238 | 137 | 0.2047 | 3826 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.32-4.18 | 0.2096 | 142 | 0.1712 | 3867 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.18-32.52 | 0.193 | 145 | 0.1554 | 4045 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.19 Å / Origin y: -19.5015 Å / Origin z: 9.0496 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1803 Å2 | -0.0058 Å2 | 0.0085 Å2 | - | 0.1998 Å2 | 0.0567 Å2 | - | - | 0.1594 Å2 |
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L | 0.9717 °2 | 0.4264 °2 | 0.4283 °2 | - | 1.813 °2 | -0.0752 °2 | - | - | 1.6752 °2 |
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S | 0.069 Å ° | 0.018 Å ° | -0.0496 Å ° | 0.1766 Å ° | -0.1855 Å ° | -0.1085 Å ° | 0.0781 Å ° | 0.1412 Å ° | 0.0848 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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