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- PDB-8w06: Crystal Structure of the reconstruction of the ancestral trioseph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w06
タイトルCrystal Structure of the reconstruction of the ancestral triosephosphate isomerase of the last opisthokont common ancestor obtained by maximum likelihood with PGH
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Triose phosphate isomerase / Ancestral sequence reconstruction
機能・相同性ACETATE ION / ACETIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Perez-Nino, J.A. / Rodriguez-Romero, A. / Guerra-Borrego, Y. / Fernandez-Velasco, D.A.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
Other governmentIV200322 メキシコ
Other governmentIN210519 メキシコ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Stable monomers in the ancestral sequence reconstruction of the last opisthokont common ancestor of dimeric triosephosphate isomerase.
著者: Perez-Nino, J.A. / Guerra, Y. / Diaz-Salazar, A.J. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.
履歴
登録2024年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
E: Triosephosphate isomerase
F: Triosephosphate isomerase
G: Triosephosphate isomerase
H: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,76724
ポリマ－236,7978
非ポリマー1,97016
水22,8611269
1
C: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7506
ポリマ－59,1992
非ポリマー5514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
2
B: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6867
ポリマ－59,1992
非ポリマー4875
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
3
E: Triosephosphate isomerase
F: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6836
ポリマ－59,1992
非ポリマー4844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
4
G: Triosephosphate isomerase
H: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6475
ポリマ－59,1992
非ポリマー4483
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.642, 83.222, 127.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Triosephosphate isomerase


分子量: 29599.588 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Ancestral sequence reconstruction of the opisthokont common ancestor
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pET-28T(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: triose-phosphate isomerase

-
非ポリマー , 9種, 1285分子

#2: 化合物
ChemComp-PGH / PHOSPHOGLYCOLOHYDROXAMIC ACID / ホスホグリコロヒドロキサム酸


分子量: 171.046 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 20 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月13日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→41.45 Å / Num. obs: 140270 / % possible obs: 99.53 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.994 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.06→2.08 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6620 / CC1/2: 0.535 / Χ2: 0.68 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→41.45 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2351 7108 5.07 %
Rwork0.1949 --
obs0.1969 140270 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→41.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15353 0 118 1269 16740
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00915878
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94121504
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3595875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082790
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.080.31042160.2644264X-RAY DIFFRACTION96
2.08-2.110.28972330.24514393X-RAY DIFFRACTION98
2.11-2.130.30732280.24514402X-RAY DIFFRACTION99
2.13-2.160.29452250.23434377X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.190.27862050.23334525X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.220.27662480.23574320X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.250.30172450.23684477X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.280.29492320.23374413X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.320.30562370.23314432X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.360.28362400.23154403X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.40.29512320.22224412X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.440.2622420.21924479X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.490.28582200.22624363X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.540.27072420.22584493X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.60.30582370.21974421X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.660.23782140.20734446X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.720.2572170.22264481X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.80.29632250.24014450X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.880.28532340.22524454X-RAY DIFFRACTION100
2.88-2.970.24682440.2154436X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.080.25562580.21694406X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.20.26062510.2184455X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.350.25892370.21274460X-RAY DIFFRACTION100
3.35-3.520.24232300.18974442X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.740.20132630.17824474X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.030.19622360.16324450X-RAY DIFFRACTION99
4.03-4.440.16552390.1524448X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.080.19092560.14564507X-RAY DIFFRACTION100
5.08-6.390.20662680.17464504X-RAY DIFFRACTION100
6.39-41.450.17562540.15094575X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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