PDB-8w05: Crystal Structure of the reconstruction of the ancestral trioseph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8w05

タイトル

Crystal Structure of the reconstruction of the ancestral triosephosphate isomerase of the last opisthokont common ancestor obtained by maximum likelihood

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / Triose phosphate isomerase / Ancestral sequence reconstruction

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Perez-Nino, J.A. / Rodriguez-Romero, A. / Guerra-Borrego, Y. / Fernandez-Velasco, D.A.

資金援助

メキシコ, 2件

組織	認可番号	国
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion Tecnologica (PAPIIT)	IV200322	メキシコ
Programa de Apoyo a Proyectos de Investigacion e Innovacion Tecnologica (PAPIIT)	IN210519	メキシコ

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Stable monomers in the ancestral sequence reconstruction of the last opisthokont common ancestor of dimeric triosephosphate isomerase.
著者: Perez-Nino, J.A. / Guerra, Y. / Diaz-Salazar, A.J. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.

履歴

登録	2024年2月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8w05.cif.gz	403 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8w05.ent.gz	328.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8w05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8w05_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8w05_full_validation.pdf.gz	466.1 KB	表示
XML形式データ	8w05_validation.xml.gz	90.3 KB	表示
CIF形式データ	8w05_validation.cif.gz	119.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/8w05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8v09C 8v0aC 8v2wC 8v2xC 8w06C 8w08C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

C: Triosephosphate isomerase

D: Triosephosphate isomerase

E: Triosephosphate isomerase

F: Triosephosphate isomerase

G: Triosephosphate isomerase

H: Triosephosphate isomerase

237 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Triosephosphate isomerase

F: Triosephosphate isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Triosephosphate isomerase

E: Triosephosphate isomerase

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3

C: Triosephosphate isomerase

D: Triosephosphate isomerase

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4

G: Triosephosphate isomerase

H: Triosephosphate isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	108.416, 83.597, 126.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase 分子量: 29599.588 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Ancestral sequence reconstruction of the opisthokont common ancestor 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28T(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: triose-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 5.0, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月6日 / 詳細: Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→43.8 Å / Num. obs: 113623 / % possible obs: 98.22 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.905 / Net I/av σ(I): 15.5 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.165→2.2 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 5644 / CC_1/2: 0.692

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.16→43.8 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2399	5621	4.95 %
R_work	0.1898	-	-
obs	0.1923	113623	98.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→43.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15279	0	0	1131	16410

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	15588
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.938	21120
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.142	5750
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	2413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2743

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.19	0.3597	161	0.2782	3229	X-RAY DIFFRACTION	88
2.19-2.21	0.3279	193	0.2766	3589	X-RAY DIFFRACTION	99
2.21-2.24	0.3137	179	0.2763	3593	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.27	0.3585	176	0.2629	3623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.3	0.3195	182	0.2468	3627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3-2.33	0.3314	163	0.2558	3640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.33-2.37	0.2872	201	0.2466	3593	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.4	0.3035	179	0.2318	3649	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4-2.44	0.3071	168	0.2419	3602	X-RAY DIFFRACTION	99
2.44-2.48	0.3758	208	0.2497	3533	X-RAY DIFFRACTION	98
2.48-2.52	0.3177	180	0.244	3683	X-RAY DIFFRACTION	99
2.52-2.57	0.2981	183	0.2402	3556	X-RAY DIFFRACTION	98
2.57-2.62	0.2806	204	0.2236	3579	X-RAY DIFFRACTION	98
2.62-2.67	0.2951	198	0.2251	3595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.67-2.73	0.3491	210	0.2483	3565	X-RAY DIFFRACTION	98
2.73-2.79	0.2948	200	0.2402	3604	X-RAY DIFFRACTION	98
2.79-2.86	0.3	170	0.2157	3577	X-RAY DIFFRACTION	98
2.86-2.94	0.2438	176	0.2035	3580	X-RAY DIFFRACTION	98
2.94-3.02	0.2535	197	0.2155	3604	X-RAY DIFFRACTION	98
3.02-3.12	0.2875	182	0.2106	3567	X-RAY DIFFRACTION	98
3.12-3.23	0.2878	182	0.209	3636	X-RAY DIFFRACTION	98
3.23-3.36	0.2856	180	0.2026	3600	X-RAY DIFFRACTION	98
3.36-3.52	0.2078	191	0.1812	3556	X-RAY DIFFRACTION	97
3.52-3.7	0.2166	185	0.1636	3624	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7-3.93	0.182	205	0.153	3634	X-RAY DIFFRACTION	99
3.93-4.24	0.171	185	0.1462	3552	X-RAY DIFFRACTION	97
4.24-4.66	0.1819	192	0.1264	3671	X-RAY DIFFRACTION	99
4.66-5.34	0.1761	209	0.1344	3633	X-RAY DIFFRACTION	99
5.34-6.72	0.1644	192	0.16	3706	X-RAY DIFFRACTION	100
6.72-43.8	0.1684	190	0.1425	3802	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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