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- PDB-8w03: Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8w03
タイトルCrystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (L372S, L536S) in complex with k-1154
要素Estrogen receptor
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Estrogen Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / mammary gland branching involved in pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / negative regulation of miRNA transcription / ESR-mediated signaling / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of fibroblast proliferation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / calmodulin binding / Extra-nuclear estrogen signaling / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OBT / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Min, C.K. / Nwachukwu, J.C. / Hou, Y. / Russo, R.J. / Papa, A. / Min, J. / Peng, R. / Kim, S.H. / Ziegler, Y. / Rangarajan, E.S. ...Min, C.K. / Nwachukwu, J.C. / Hou, Y. / Russo, R.J. / Papa, A. / Min, J. / Peng, R. / Kim, S.H. / Ziegler, Y. / Rangarajan, E.S. / Izard, T. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Asymmetric allostery in estrogen receptor-alpha homodimers drives responses to the ensemble of estrogens in the hormonal milieu.
著者: Min, C.K. / Nwachukwu, J.C. / Hou, Y. / Russo, R.J. / Papa, A. / Min, J. / Peng, R. / Kim, S.H. / Ziegler, Y. / Rangarajan, E.S. / Izard, T. / Katzenellenbogen, B.S. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
履歴
登録2024年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,6828
ポリマ－110,4744
非ポリマー2,2084
水7,422412
1
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3414
ポリマ－55,2372
非ポリマー1,1042
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
2
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3414
ポリマ－55,2372
非ポリマー1,1042
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.489, 58.771, 93.208
Angle α, β, γ (deg.)86.61, 75.17, 62.96
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 27618.428 Da / 分子数: 4 / 変異: L372S, L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物
ChemComp-OBT / (1S,2R,4S)-N-(4-chlorophenyl)-5,6-bis(4-hydroxyphenyl)-N-(2,2,2-trifluoroethyl)-7-oxabicyclo[2.2.1]hept-5-ene-2-sulfonamide


分子量: 551.962 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21ClF3NO5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 20-25% PEG 3350, 200 mM MgCl2, 0.1 M Bis-Tris/Hepes/Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→38.36 Å / Num. obs: 66313 / % possible obs: 59.79 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.812 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Num. unique obs: 260

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→38.36 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 3265 4.92 %
Rwork0.2011 --
obs0.2033 66298 59.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→38.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7363 0 128 412 7903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0157664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24210398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6351054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111288
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.710.09310.459230X-RAY DIFFRACTION1
1.71-1.730.560350.3616149X-RAY DIFFRACTION3
1.73-1.760.222110.3024276X-RAY DIFFRACTION6
1.76-1.790.2868350.3215491X-RAY DIFFRACTION11
1.79-1.820.4205310.2952689X-RAY DIFFRACTION15
1.82-1.860.3192510.273938X-RAY DIFFRACTION21
1.86-1.90.2858870.26921522X-RAY DIFFRACTION33
1.9-1.940.3128830.26151815X-RAY DIFFRACTION40
1.94-1.980.28191210.25042169X-RAY DIFFRACTION47
1.98-2.030.26181110.23352470X-RAY DIFFRACTION54
2.03-2.090.30111460.22133041X-RAY DIFFRACTION66
2.09-2.150.25611730.2113363X-RAY DIFFRACTION73
2.15-2.220.24941820.21023681X-RAY DIFFRACTION80
2.22-2.30.25442260.20233934X-RAY DIFFRACTION86
2.3-2.390.24082180.20424174X-RAY DIFFRACTION91
2.39-2.50.25342180.20974301X-RAY DIFFRACTION94
2.5-2.630.25592060.2054324X-RAY DIFFRACTION93
2.63-2.80.24082290.21034121X-RAY DIFFRACTION90
2.8-3.010.24261900.20494056X-RAY DIFFRACTION89
3.01-3.310.23582480.19634454X-RAY DIFFRACTION97
3.31-3.790.22092450.184412X-RAY DIFFRACTION97
3.79-4.780.24062410.17214337X-RAY DIFFRACTION95
4.78-38.360.24442070.21474286X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.32860.11941.97452.5878-1.13152.9668-0.10670.50080.4786-0.4406-0.7325-0.6005-0.02841.3088-0.41820.04510.16880.08650.76570.16190.48962.612-26.7772-11.1059
22.11530.3816-0.60921.71340.43723.0501-0.32850.0684-0.5692-0.30810.08970.22840.8695-0.37820.1860.30710.10940.01180.21560.02530.3981-20.3464-48.5983-8.0016
32.41431.9516-0.08761.7184-0.62731.502-0.1952-0.0479-0.33760.00560.0441-0.02850.2750.02460.08160.22970.06490.040.1461-0.03330.278-16.6504-40.7155-1.6533
42.28080.0360.62112.1244-1.29282.596-0.0528-0.0996-0.1010.0631-0.113-0.2356-0.2010.29990.0390.11660.0167-0.01250.15930.00570.1898-12.135-29.2168-1.2837
51.89990.7196-1.71134.0215-2.58642.71660.18410.5934-0.3069-0.4380.4560.66610.3959-0.7034-0.05860.487-0.0745-0.21390.1965-0.09870.2984-26.6894-41.7116-14.8416
65.67670.4747-1.88544.0244-0.66863.5419-0.41740.2524-0.3402-0.80740.14670.79810.3158-0.72630.260.2575-0.0176-0.12410.20390.01240.2938-26.2665-31.5921-16.0482
71.85610.5908-0.12152.5877-0.54073.6077-0.19710.2573-0.2817-0.5108-0.0573-0.34150.18790.43520.24490.16570.04650.05110.1883-0.0130.1963-10.635-27.1977-13.6894
81.107-0.6022-1.50761.0976-0.24253.5725-0.3984-0.36480.03141.0851-0.1088-0.1959-1.4217-0.39250.1810.6020.0483-0.09770.3281-0.03410.2982-12.6164-16.66275.3924
90.8749-0.4431-0.78972.853-2.16984.70920.13810.12350.2350.0067-0.111-0.5548-0.53920.49750.00240.0780.01190.03380.38480.00530.3497-3.8218-17.8912-9.2098
102.8588-0.1508-0.83183.3712-0.84123.3717-0.04570.2566-0.0982-0.2748-0.02210.03450.2494-0.0960.03650.08480.0071-0.04120.0987-0.03270.0857-19.9022-22.4651-12.3264
113.7898-1.29120.36251.59030.24121.11320.4819-0.6812-0.86270.1337-0.3397-0.02230.322-0.1976-0.04870.37720.00440.05230.31430.09450.2644-15.564-35.53338.7392
122.13210.71620.15581.90830.53022.64220.04670.03380.2199-0.2336-0.02340.4549-0.9032-0.4775-0.28250.28650.13390.02440.12850.08220.2419-29.57032.0326-10.1538
131.62480.3170.12081.26180.08073.8618-0.0925-0.1928-0.04720.1168-0.03710.59850.1504-0.4533-0.13910.28540.09490.06830.2709-0.00320.2915-37.0234-3.8244-5.1752
142.0582-0.3523-0.21862.5107-0.4382.1565-0.0570.0260.140.1477-0.01660.3971-0.1831-0.2479-0.01140.07540.0624-0.06650.1150.00430.0741-29.7672-7.8356-7.8548
153.8431-1.86531.28442.0302-0.21060.57920.2842-1.2448-0.74140.97730.04190.99890.7698-0.60050.06850.95080.05430.09250.68650.04850.4025-28.7014-8.132712.8037
164.00660.4338-1.45994.3804-0.84754.7803-0.0195-0.6509-0.1460.8678-0.1574-0.0364-0.09330.34430.0840.32850.0024-0.03240.22760.00170.1035-19.1857-9.76213.606
171.5801-0.04870.24471.3765-0.42782.64460.04690.2652-0.0449-0.00980.0374-0.00070.0548-0.0924-0.02720.15080.01450.00040.1323-0.0120.1012-24.04-11.7178-14.369
183.71681.4220.61713.50920.69072.4582-0.16580.7322-0.079-0.98060.155-0.4469-0.19330.37460.05590.2382-0.0666-0.01270.18840.0848-0.0353-19.8021-11.1571-23.1211
194.01340.3472-0.02643.91760.21863.5668-0.0591-0.2274-0.04720.3384-0.0847-0.1879-0.07760.22090.11910.12030.0219-0.05020.10030.01220.1094-18.3555-14.5907-6.622
200.51550.4628-1.43871.2499-0.71254.42980.3809-0.7066-0.0229-0.06720.16240.4735-0.0042-0.87950.56780.1552-0.041-0.06550.6074-0.04770.52-43.1804-13.1889-9.801
212.89580.4780.34880.9329-0.06282.2699-0.12670.16710.76440.3148-0.2522-0.7251-0.25820.2160.16490.0529-0.1126-0.02930.16190.0270.2049-34.0454-10.1398-51.3664
221.7871-1.6790.07581.4605-0.0261.7182-0.01790.0788-0.1513-0.2687-0.11880.0158-0.2042-0.12960.16320.1401-0.0461-0.03590.0805-0.00690.3166-40.5136-8.4461-59.1028
232.1638-0.1883-0.39351.8006-0.35432.4184-0.03010.16490.1563-0.16670.0029-0.11210.28830.19530.01330.1298-0.01210.01820.1360.00440.1701-35.9521-19.9893-59.5726
242.21720.7050.00084.7109-1.88755.0657-0.1433-0.37170.36610.22650.39040.773-0.3906-0.7361-0.2010.24110.04560.04750.2515-0.00650.3765-50.8567-7.7042-46.1441
255.3392-1.10261.40264.10390.30414.118-0.3414-0.4640.43380.21940.16390.4345-0.0323-0.81240.15330.1590.00580.04270.2401-0.02480.2833-49.9837-17.8154-44.4252
263.0129-0.2513-0.3612.0641-1.23182.3473-0.01380.169-0.0514-0.09960.0358-0.06880.39760.1012-0.13760.1278-0.0303-0.02060.1050.00320.1774-35.155-25.714-53.5945
271.68080.32590.15162.8783-1.29975.9012-0.05370.1806-0.0931-0.2475-0.0449-0.38670.60590.48010.05430.08280.00840.02430.2345-0.02690.2513-27.5194-31.244-51.7515
282.8143-0.53271.75442.6597-0.80473.6682-0.2226-0.10980.2632-0.00350.01060.0906-0.1461-0.2990.20840.104-0.00750.02740.1091-0.03050.1697-43.6446-26.7021-48.7419
295.40940.055-1.00481.88020.46482.22250.47360.65890.7548-0.1099-0.30630.1066-0.3233-0.2541-0.15890.38270.0121-0.03230.31710.09210.2943-39.6682-13.5775-69.443
301.8139-0.5266-0.58092.27830.3372.3545-0.16320.091-0.41860.1582-0.03090.57950.4561-0.4035-1.4870.2414-0.19840.05220.04280.04730.1724-53.5876-51.072-50.57
313.00430.15580.18853.87060.67682.3716-0.04830.1563-0.066-0.34050.00160.6448-0.0566-0.2834-0.0790.112-0.0689-0.01220.14010.04420.2128-55.5051-42.7932-55.9525
322.0228-0.59040.9723.1097-0.00451.93820.01970.2641-0.028-0.3429-0.080.00120.2070.16940.0780.1597-0.00790.03120.0817-0.00670.1273-43.5105-41.5638-56.0833
330.2064-0.2149-0.12790.37850.26020.25310.1922-0.4507-0.02360.71030.28320.34050.4662-0.533-0.05880.32960.02460.02860.4456-0.00260.687-55.0355-27.3729-41.5838
344.72590.1591-0.56393.6861-0.38972.5541-0.0681-0.29910.45140.80130.08440.02060.16310.03790.10780.29540.00120.0140.14810.02580.0945-42.6938-38.6657-38.135
355.0319-0.70412.13782.5435-0.87284.99070.07040.2740.3601-0.3647-0.14070.04670.2575-0.03190.0510.1531-0.03320.0270.0588-0.0180.1522-43.4853-34.0796-54.8722
360.2880.33970.41370.92340.31613.63710.13240.1456-0.1355-0.09740.27720.6727-0.0501-0.3232-0.32070.24930.01420.03230.5216-0.0560.4311-67.276-36.6046-50.3247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 306 through 321 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 322 through 338 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 339 through 363 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 364 through 394 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 395 through 420 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 421 through 437 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 438 through 455 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 456 through 465 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 466 through 496 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 497 through 527 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 528 through 546 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 305 through 341 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 342 through 363 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 364 through 407 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 408 through 421 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 422 through 437 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 438 through 465 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 466 through 496 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 497 through 525 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 526 through 546 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 306 through 338 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 339 through 363 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 364 through 394 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 395 through 420 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 421 through 437 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 438 through 465 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 466 through 496 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 497 through 527 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 528 through 546 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 305 through 341 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 342 through 421 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 422 through 455 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 456 through 467 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 468 through 496 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 497 through 527 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 528 through 546 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る