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- PDB-8vz8: Crystal structure of mouse MAIT M2B TCR-MR1-5-OP-RU complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vz8
タイトルCrystal structure of mouse MAIT M2B TCR-MR1-5-OP-RU complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
  • Mouse MAIT MBV13-2B b-chain
  • Mouse MAIT TRAV1-TRAJ33 a-chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Mouse MAIT TCR recognition of MR1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / T cell receptor binding / Neutrophil degranulation / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2LJ / Beta-2-microglobulin / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Ciacchi, L. / Rossjohn, J. / Awad, W.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DE220101491 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP220102401 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Mouse mucosal-associated invariant T cell receptor recognition of MR1 presenting the vitamin B metabolite, 5-(2-oxopropylideneamino)-6-d-ribitylaminouracil.
著者: Ciacchi, L. / Mak, J.Y.W. / Le, J.P. / Fairlie, D.P. / McCluskey, J. / Corbett, A.J. / Rossjohn, J. / Awad, W.
履歴
登録2024年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
C: Mouse MAIT TRAV1-TRAJ33 a-chain
D: Mouse MAIT MBV13-2B b-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,6686
ポリマ－93,2604
非ポリマー4082
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area34650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.486, 84.635, 166.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31709.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mr1, Mr1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8HWB0
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11731.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質 Mouse MAIT TRAV1-TRAJ33 a-chain


分子量: 22650.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 Mouse MAIT MBV13-2B b-chain


分子量: 27168.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-2LJ / 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-propylideneamino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol / 5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil


分子量: 316.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris Propane (pH 7.5 - 8.5), 16-22% PEG 3350 and 0.2M sodium acetate
PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95365 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95365 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→43.64 Å / Num. obs: 12522 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 4.29 % / CC1/2: 0.977 / Net I/σ(I): 4.29
反射 シェル解像度: 3.45→3.57 Å / Num. unique obs: 1235 / CC1/2: 0.602

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.45→43.64 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 1253 10.01 %
Rwork0.2561 --
obs0.2585 12516 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5784 0 28 0 5812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035986
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5778203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6151975
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043921
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061059
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.45-3.590.33331380.31181240X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.750.34661340.2921204X-RAY DIFFRACTION100
3.75-3.950.30471370.2891240X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.20.31041360.26151222X-RAY DIFFRACTION100
4.2-4.520.25811370.2361233X-RAY DIFFRACTION99
4.52-4.970.20651400.21281255X-RAY DIFFRACTION100
4.97-5.690.29131390.23931247X-RAY DIFFRACTION100
5.69-7.170.30421420.2781279X-RAY DIFFRACTION100
7.17-43.640.26161500.24441343X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.3971 Å / Origin y: -21.7412 Å / Origin z: 7.8189 Å
111213212223313233
T0.3297 Å20.0223 Å20.0629 Å2-0.1943 Å2-0.0652 Å2--0.3059 Å2
L1.4138 °20.3351 °2-0.5517 °2--0.2102 °2-0.0977 °2--1.0344 °2
S0.2129 Å °-0.0361 Å °0.2214 Å °0.011 Å °-0.0658 Å °-0.0407 Å °0.0414 Å °-0.0521 Å °0.0085 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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