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- PDB-8vyd: A novel synthase generates m4(2)C to stabilize the archaeal ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vyd
タイトルA novel synthase generates m4(2)C to stabilize the archaeal ribosome
要素SAM-dependent methyltransferase, UPF0020 family
キーワードRNA BINDING PROTEIN / N4 / N4-dimethylcytidine / synthase / RNA modifications / hyperthermophile
機能・相同性Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / methyltransferase activity / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / SAM-dependent methyltransferase, UPF0020 family
機能・相同性情報
生物種Thermococcus kodakarensis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ho, P.S. / Santangelo, T.J. / Fluke, K.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2022065 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM143963 米国
National Science Foundation (NSF, United States)2124202 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM132057 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: A novel N 4, N 4-dimethylcytidine in the archaeal ribosome enhances hyperthermophily.
著者: Fluke, K.A. / Dai, N. / Wolf, E.J. / Fuchs, R.T. / Ho, P.S. / Talbott, V. / Elkins, L. / Tsai, Y.L. / Schiltz, J. / Febvre, H.P. / Czarny, R. / Robb, G.B. / Correa Jr., I.R. / Santangelo, T.J.
履歴
登録2024年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-dependent methyltransferase, UPF0020 family
B: SAM-dependent methyltransferase, UPF0020 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0328
ポリマ－65,8942
非ポリマー1386
水3,279182
1
A: SAM-dependent methyltransferase, UPF0020 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0857
ポリマ－32,9471
非ポリマー1386
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SAM-dependent methyltransferase, UPF0020 family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9471
ポリマ－32,9471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.670, 97.280, 89.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.642, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

-
要素

#1: タンパク質 SAM-dependent methyltransferase, UPF0020 family


分子量: 32947.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis (古細菌)
遺伝子: TK2045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q5JDR0
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tris-HCL, NaCl, DTT / PH範囲: 9.2 - 9.3

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Ambient temp details: Lq N2 stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→42.54 Å / Num. obs: 44882 / % possible obs: 84.53 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 32.12 Å2 / CC1/2: 0.942 / CC star: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.1891 / Rpim(I) all: 0.06204 / Rrim(I) all: 0.2001 / Net I/σ(I): 14.28
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 12.5 % / Num. unique obs: 56908 / CC1/2: 0.518 / CC star: 0.826 / % possible all: 40.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→42.54 Å / SU ML: 0.3837 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.6604
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2871 1598 4.1 %
Rwork0.2383 37417 -
obs0.2404 39015 84.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4223 0 6 182 4411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12585923
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0586657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.77608
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.3074800.3551750X-RAY DIFFRACTION58.6
2.02-2.090.59421240.51312790X-RAY DIFFRACTION76.74
2.09-2.170.39971150.33962831X-RAY DIFFRACTION71.07
2.17-2.270.52951420.4253385X-RAY DIFFRACTION84.34
2.27-2.390.28861430.26873379X-RAY DIFFRACTION84.12
2.39-2.540.29261740.26774003X-RAY DIFFRACTION99.9
2.54-2.730.44071430.32993422X-RAY DIFFRACTION85.19
2.73-3.010.27361700.263995X-RAY DIFFRACTION99.98
3.01-3.440.31691640.23743970X-RAY DIFFRACTION98.01
3.44-4.340.2341610.19093808X-RAY DIFFRACTION94.84
4.34-42.540.20521820.16894084X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.355006456910.9086282031240.456806127723.571982841450.9420751891246.975394382210.21857334389-0.2673105045070.5161820551770.539837336123-0.0580718576375-0.165464223111-0.8818049924830.172767449475-0.07736646131630.628048201705-0.02860833369730.07324741718340.262998698776-0.0292925046770.2979897861768.35512.56634.461
27.70155887383-6.01590902524-2.754576711765.922838156911.698169734781.15407061578-0.369367016254-1.125826048180.02148862233231.335370667850.135457418640.5862911498190.0227616123588-0.5632673183380.4992317780580.4775686180310.04193585767840.04015916428350.468309936741-0.1298675821760.3808854043352.116-6.11419.871
33.013158045770.8023234470360.6066182125953.088691287011.262773611183.94874181757-0.1244297744630.6332387510830.0591010975605-0.01101281404950.1124379758680.158889495572-0.250554497880.0288837313073-0.002195126335240.1036523112050.03043607454040.02698345994170.3128209357540.02116951778460.192529091151-1.4521.2877.751
44.55265518706-1.161324193980.764324342855.711301819310.3344735940037.20375956484-0.09530540794470.684762831573-1.413130321020.407263529535-0.05838143884120.4102911807670.0718763015669-0.5396428797780.2600324976880.223085166776-0.04434730790270.06451067484120.319098107324-0.1947072439080.501415941236-7.743-14.5115.083
56.499269355072.40163194658-0.02043638098926.65160360775-1.227273865918.294535663680.114722567685-0.04922976989280.51408329880.0408275490074-0.144960674782-0.268752203826-0.3984247478960.451229875238-0.01221438265530.2508030288340.04950102882560.04489930597290.2339462356470.05216997188780.241048313602-0.35816.44182.09
62.531826809821.21695265004-1.038042041164.443579025922.624351784037.08809053186-0.115063706153-0.121920475130.004723709861940.209296565746-0.4057024270670.5119834501050.866491829925-0.6189486415740.4310811182560.344374791163-0.03106726439780.08255353568850.422238872583-0.0456081754230.262985995823-9.4246.58371.564
72.42273980509-0.755704552519-0.06154599392114.34089283151.762588734584.63133486520.0949313014898-0.0492908890843-0.3733085848330.1420843949930.0242036400080.08635443379930.7841449694630.408228971614-0.1177309098620.4505969849970.09849814863690.003766323197580.300271414887-0.001107502542510.2269777515981.087-5.61551.945
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:99 )A2 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 100:123 )A100 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 124:248 )A124 - 248
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 249:282 )A249 - 282
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 2:61 )B2 - 61
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 62:111 )B62 - 111
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 112:281 )B112 - 281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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