[日本語] English
万見
- PDB-8vxu: Crystal structure of Gdx-Clo A60T from Small Multidrug Resistance... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vxu
タイトルCrystal structure of Gdx-Clo A60T from Small Multidrug Resistance family of transporters in complex with cetyltrimetylammonium
要素
  • L10 Monobody
  • Multidrug resistance protein, SMR family
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Small Multidrug Resistance / SMR / quaternary ammonium
機能・相同性Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein / transmembrane transporter activity / plasma membrane / CETYL-TRIMETHYL-AMMONIUM / Multidrug resistance protein, SMR family
機能・相同性情報
生物種Clostridia bacterium (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Burata, O.E. / Stockbridge, R.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1845012 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Peripheral positions encode transport specificity in the small multidrug resistance exporters.
著者: Burata, O.E. / O'Donnell, E. / Hyun, J. / Lucero, R.M. / Thomas, J.E. / Gibbs, E.M. / Reacher, I. / Carney, N.A. / Stockbridge, R.B.
履歴
登録2024年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein, SMR family
B: Multidrug resistance protein, SMR family
C: Multidrug resistance protein, SMR family
D: Multidrug resistance protein, SMR family
E: L10 Monobody
F: L10 Monobody
H: L10 Monobody
G: L10 Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,61912
ポリマ－86,4818
非ポリマー1,1384
水00
1
A: Multidrug resistance protein, SMR family
B: Multidrug resistance protein, SMR family
E: L10 Monobody
G: L10 Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8096
ポリマ－43,2404
非ポリマー5692
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Multidrug resistance protein, SMR family
D: Multidrug resistance protein, SMR family
F: L10 Monobody
H: L10 Monobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8096
ポリマ－43,2404
非ポリマー5692
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.132, 74.873, 108.252
Angle α, β, γ (deg.)93.27, 89.93, 109.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Multidrug resistance protein, SMR family


分子量: 11787.357 Da / 分子数: 4 / 変異: A60T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridia bacterium (バクテリア)
遺伝子: sugE / プラスミド: pET21b/sugE_Clo / 詳細 (発現宿主): IPTG-induced, Ampicillin Resistance / 細胞株 (発現宿主): Keio / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): E. coli C41(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: U2EQ00
#2: 抗体
L10 Monobody


分子量: 9832.803 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET21b/L10_Mb
詳細 (発現宿主): T7, Kanamycin resistant, IPTG inducible
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-16A / CETYL-TRIMETHYL-AMMONIUM / セチルトリメチルアンモニウム


分子量: 284.543 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H42N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / Density meas: 0.335 Mg/m3 / 溶媒含有率: 72.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: 100 mM CaCl2, 100 mM N-(2-acetamido)iminodiacetic acid (ADA) pH 6.75, and 33% PEG 600

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1272 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年11月29日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→70.5 Å / Num. obs: 22068 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.29→2.75 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1160 / CC1/2: 0.614 / % possible all: 68.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207: ???)精密化
DIALSデータ収集
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
DIALS3.17.0データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→35.22 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 37.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 1153 5.22 %
Rwork0.2773 --
obs0.2779 22068 32.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→35.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5896 0 57 0 5953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.667
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7312089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451013
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005968
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.390.158610.393961X-RAY DIFFRACTION1
2.39-2.520.4346170.3799258X-RAY DIFFRACTION3
2.52-2.670.2965320.3719495X-RAY DIFFRACTION6
2.67-2.880.4605540.3709812X-RAY DIFFRACTION10
2.88-3.170.4269880.37281464X-RAY DIFFRACTION19
3.17-3.630.33061970.3313634X-RAY DIFFRACTION46
3.63-4.570.29763890.27496997X-RAY DIFFRACTION88
4.57-35.220.2533750.25397194X-RAY DIFFRACTION90

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る