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- PDB-8vxl: Crystal Structure of the External Aldimine Complex of Pyridoxal-5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vxl
タイトルCrystal Structure of the External Aldimine Complex of Pyridoxal-5'-Tetrazole and (S)-4-amino-5-phenoxypentanoate with the Bacillus subtilis GabR C-terminal Effector-binding and Oligomerization Domain
要素HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
キーワードTRANSCRIPTION / MocR / GabR / PLP / Transcription Regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / LYSINE / PHOSPHATE ION / HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Kaley, N.E. / Liveris, Z.J. / Becker, D.P. / Liu, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government1R15GM113229-0
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2025
タイトル: Bioisosteric replacement of pyridoxal-5'-phosphate to pyridoxal-5'-tetrazole targeting Bacillus subtilis GabR.
著者: Kaley, N.E. / Liveris, Z.J. / Moore, M. / Reidl, C.T. / Wawrzak, Z. / Becker, D.P. / Liu, D.
履歴
登録2024年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
B: HTH-type transcriptional regulatory protein GabR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,10012
ポリマ－88,4052
非ポリマー1,69510
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area28660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.319, 118.319, 75.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulatory protein GabR


分子量: 44202.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: gabR, ycnF, BSU03890 / プラスミド: pETite C-His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P94426

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非ポリマー , 5種, 130分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-A1AEJ / (4S)-4-[(E)-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(E)-2-(1H-tetrazol-5-yl)ethenyl]pyridin-4-yl}methylidene)amino]-5-phenoxypentanoic acid


分子量: 422.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22N6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3% PEG 6000, 100mM HEPES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12718 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→39.44 Å / Num. obs: 49997 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 37.92 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.24→2.28 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 1.068 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2397 / CC1/2: 0.536 / Rpim(I) all: 0.529 / Rrim(I) all: 1.197 / % possible all: 98.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→39.44 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2556 2535 5.07 %
Rwork0.2126 --
obs0.2145 49997 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→39.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5763 0 111 120 5994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096024
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0438126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.579830
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.280.34021620.30062525X-RAY DIFFRACTION98.38
2.28-2.330.29911380.29092623X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.380.34671400.27812614X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.440.32191560.26572580X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.50.2821490.26762674X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.560.30451450.2592569X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.640.32251200.2572664X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.720.29281610.25312619X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.820.27241510.25832636X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.940.30621510.25912589X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.070.26361470.24972638X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.230.25431440.21962665X-RAY DIFFRACTION100
3.23-3.430.26861320.21962622X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.70.26221190.19792678X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.070.19881240.1892668X-RAY DIFFRACTION100
4.07-4.660.22611410.16582668X-RAY DIFFRACTION100
4.66-5.870.21451410.1782670X-RAY DIFFRACTION100
5.87-39.440.21311140.1732732X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -58.6125 Å / Origin y: 22.9284 Å / Origin z: 20.0718 Å
111213212223313233
T0.245 Å20.0054 Å2-0.0392 Å2-0.1955 Å20.0051 Å2--0.2891 Å2
L0.8157 °20.1505 °2-0.3269 °2-0.9901 °20.0841 °2--1.1052 °2
S-0.1714 Å °-0.0134 Å °-0.0415 Å °-0.0161 Å °0.1553 Å °-0.0066 Å °-0.0014 Å °0.0541 Å °0.0357 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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