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- PDB-8vwi: The base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 1,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vwi
タイトルThe base complex of the AcMNPV baculovirus nucleocapsid (Class 1, localised reconstruction)
要素
  • 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region
  • Capsid-associated protein VP80
  • Major capsid protein
  • Occlusion-derived virus envelope protein E27
  • Protein AC109
  • Protein AC142
  • Protein C42
キーワードVIRAL PROTEIN / Nucleocapsid / Base / baculovirus / virus / AcMNPV / VP39
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of viral material towards nucleus / exit of virus from host cell nucleus by nuclear egress / host cell nuclear matrix / nuclear capsid assembly / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / virion component / viral capsid / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm ...transport of viral material towards nucleus / exit of virus from host cell nucleus by nuclear egress / host cell nuclear matrix / nuclear capsid assembly / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / virion component / viral capsid / host cell / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral envelope / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / protein homodimerization activity / DNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF694 / Protein of unknown function (DUF705) / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf109 / Nucleopolyhedrovirus capsid P80/P87 / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV) protein / Nucleopolyhedrovirus capsid protein P87 / HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC / Baculovirus occlusion-derived virus envelope EC27 ...Protein of unknown function DUF694 / Protein of unknown function (DUF705) / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf109 / Nucleopolyhedrovirus capsid P80/P87 / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV) protein / Nucleopolyhedrovirus capsid protein P87 / HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC / Baculovirus occlusion-derived virus envelope EC27 / Baculovirus occlusion-derived virus envelope protein EC27 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), C42 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf101 / Baculovirus major capsid protein VP39 / Baculovirus major capsid protein VP39 / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Uncharacterized 38.0 kDa protein in P143-LEF5 intergenic region / Protein C42 / Protein AC109 / Protein AC142 / Occlusion-derived virus envelope protein E27 / Capsid-associated protein VP80
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.71 Å
データ登録者Johnstone, B.A. / Koszalka, P. / Ha, J. / Venugopal, H. / Coulibaly, F.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP210103388 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The baculovirus structure defines the hallmarks of a new viral realm
著者: Johnstone, B.A. / Hardy, J.M. / Ha, J. / Butkovic, A. / Koszalka, P. / Accurso, C. / Venugopal, H. / de Marco, A. / Krupovic, M. / Coulibaly, F.
履歴
登録2024年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Capsid-associated protein VP80
H: Capsid-associated protein VP80
I: Capsid-associated protein VP80
J: Occlusion-derived virus envelope protein E27
K: Protein C42
L: Protein C42
M: Occlusion-derived virus envelope protein E27
N: Protein AC109
O: Protein AC142
P: 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region
Q: Occlusion-derived virus envelope protein E27
R: Protein C42
S: Occlusion-derived virus envelope protein E27
T: Protein C42
V: Major capsid protein
W: Major capsid protein
X: Major capsid protein
Y: Major capsid protein
Z: Major capsid protein
a: Major capsid protein
b: Capsid-associated protein VP80
c: Capsid-associated protein VP80
d: Capsid-associated protein VP80
e: Occlusion-derived virus envelope protein E27
f: Protein C42
g: Protein C42
h: Occlusion-derived virus envelope protein E27
i: Protein AC109
j: Protein AC142
k: 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,676,24148
ポリマ－1,675,45636
非ポリマー78512
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
タンパク質 , 7種, 36分子 ABCDEFVWXYZaGHIbcdJMQSehKLRTfg...

#1: タンパク質
Major capsid protein


分子量: 38991.109 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
遺伝子: P39, VP39, ORF89 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P17499
#2: タンパク質
Capsid-associated protein VP80


分子量: 79974.469 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
遺伝子: VP80, ORF104 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00733
#3: タンパク質
Occlusion-derived virus envelope protein E27 / ODV-E27


分子量: 33568.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
遺伝子: E27, ORF144 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41702
#4: タンパク質
Protein C42 / C42 / P40


分子量: 41583.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
遺伝子: ORF101 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P25695
#5: タンパク質 Protein AC109


分子量: 44851.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
遺伝子: ORF109 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41662
#6: タンパク質 Protein AC142


分子量: 55480.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
遺伝子: ORF142 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41700
#7: タンパク質 38K (AC98) protein in P143-LEF5 intergenic region / ORF2


分子量: 38070.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24745

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非ポリマー , 1種, 12分子

#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
タイプ: VIRUS
詳細: Recombinant AcMNPV (BacToBac, Invitrogen) viruses containing the Bombyx mori cytoplasmic virus polyhedrin gene were amplified in Sf9 cells in suspension culture.
Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
プラスミド: Bacmid
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Lepidoptera
ウイルス殻名称: Nucleocapsid / 直径: 500 nm
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10 mM HEPES pH 7.4, 500 mM potassium chloride
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: A suspension of AcMNPV viruses was purified from cell culture supernatant using sucrose gradient ultracentrifugation. Sucrose was removed after purification through dialysis.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11439

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
4cryoSPARC4.1.2CTF補正
7Coot0.9.8.6モデルフィッティング
8UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
9ISOLDEモデルフィッティング
11cryoSPARC4.1.2初期オイラー角割当
12cryoSPARC4.1.2最終オイラー角割当
14cryoSPARC4.1.2３次元再構成
15PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 143933
詳細: Particles were picked using a trained Topaz model, trained using manual picking of nucleocapsid ends from 700 micrographs
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53750 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 270 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002780301
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6028108624
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412150
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006613999
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.843530070

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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