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- PDB-8vw5: Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vw5
タイトルCrystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2
要素(E3 ubiquitin-protein ligase CBL- ...) x 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Ubiquitin ligase / E3 / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / NLS-bearing protein import into nucleus / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of protein ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase ...regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / NLS-bearing protein import into nucleus / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of protein ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein catabolic process / receptor tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / T cell receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / immune response / membrane raft / calcium ion binding / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B, RING finger, HC subclass / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
: / E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Yu, C. / Murray, J. / Hsu, P.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2024
タイトル: Optimization of a Novel DEL Hit That Binds in the Cbl-b SH2 Domain and Blocks Substrate Binding.
著者: Liang, J. / Lambrecht, M.J. / Arenzana, T.L. / Aubert-Nicol, S. / Bao, L. / Broccatelli, F. / Cai, J. / Eidenschenk, C. / Everett, C. / Garner, T. / Gruber, F. / Haghshenas, P. / Huestis, M.P. ...著者: Liang, J. / Lambrecht, M.J. / Arenzana, T.L. / Aubert-Nicol, S. / Bao, L. / Broccatelli, F. / Cai, J. / Eidenschenk, C. / Everett, C. / Garner, T. / Gruber, F. / Haghshenas, P. / Huestis, M.P. / Hsu, P.L. / Kou, P. / Jakalian, A. / Larouche-Gauthier, R. / Leclerc, J.P. / Leung, D.H. / Martin, A. / Murray, J. / Prangley, M. / Rutz, S. / Kakiuchi-Kiyota, S. / Satz, A.L. / Skelton, N.J. / Steffek, M. / Stoffler, D. / Sudhamsu, J. / Tan, S. / Wang, J. / Wang, S. / Wang, Q. / Wendorff, T.J. / Wichert, M. / Yadav, A. / Yu, C. / Wang, X.
履歴
登録2024年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8907
ポリマ－72,3702
非ポリマー1,5205
水11,097616
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 37 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9784
ポリマ－36,2061
非ポリマー7723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 36.9 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9123
ポリマ－36,1651
非ポリマー7482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.198, 56.820, 71.568
Angle α, β, γ (deg.)102.90, 96.55, 111.97
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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E3 ubiquitin-protein ligase CBL- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene b / RING finger protein 56 / RING-type E3 ubiquitin ...Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene b / RING finger protein 56 / RING-type E3 ubiquitin transferase CBL-B / SH3-binding protein CBL-B / Signal transduction protein CBL-B


分子量: 36205.539 Da / 分子数: 1 / 断片: Cbl-PTB domain, residues 36-343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBLB, RNF56, Nbla00127 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13191, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL-B / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene b / RING finger protein 56 / RING-type E3 ubiquitin ...Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene b / RING finger protein 56 / RING-type E3 ubiquitin transferase CBL-B / SH3-binding protein CBL-B / Signal transduction protein CBL-B


分子量: 36164.527 Da / 分子数: 1 / 断片: Cbl-PTB domain, residues 36-343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBLB, RNF56, Nbla00127 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13191, RING-type E3 ubiquitin transferase

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非ポリマー , 4種, 621分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-A1AD4 / [5-(2-{(2R,5S)-2-[2-(carboxymethoxy)-3-methoxy-5-nitrophenyl]-3,5-dimethyl-4-oxoimidazolidin-1-yl}-2-oxoethyl)-3,6-dimethoxy-9,9-dimethyl-9H-xanthen-4-yl]acetic acid


分子量: 707.681 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H37N3O13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 18% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→35.88 Å / Num. obs: 72083 / % possible obs: 84.34 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.35
反射 シェル解像度: 1.76→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 6009 / CC1/2: 0.53

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→35.88 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 3101 4.84 %
Rwork0.1753 --
obs0.1767 64022 84.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→35.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5007 0 105 616 5728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6387140
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4272018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044749
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005963
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.790.38681280.41292377X-RAY DIFFRACTION71
1.79-1.820.39851390.39692739X-RAY DIFFRACTION84
1.82-1.850.38561270.36242674X-RAY DIFFRACTION81
1.85-1.880.32381430.3162683X-RAY DIFFRACTION82
1.88-1.920.32161260.29632627X-RAY DIFFRACTION80
1.92-1.960.28281710.27982835X-RAY DIFFRACTION87
1.96-20.29461530.26082826X-RAY DIFFRACTION87
2-2.050.25471360.2232876X-RAY DIFFRACTION87
2.05-2.10.24041400.20342834X-RAY DIFFRACTION86
2.1-2.160.24151240.19152791X-RAY DIFFRACTION85
2.16-2.220.2471410.18162730X-RAY DIFFRACTION83
2.22-2.290.22691370.17592648X-RAY DIFFRACTION81
2.29-2.370.19861660.1662786X-RAY DIFFRACTION85
2.37-2.470.21281430.16742866X-RAY DIFFRACTION88
2.47-2.580.18831380.16272895X-RAY DIFFRACTION87
2.58-2.720.20821490.16632808X-RAY DIFFRACTION86
2.72-2.890.1841410.17172755X-RAY DIFFRACTION84
2.89-3.110.21151420.16942744X-RAY DIFFRACTION84
3.11-3.420.19651370.15582926X-RAY DIFFRACTION89
3.42-3.920.15121260.15272847X-RAY DIFFRACTION86
3.92-4.930.15741490.12962715X-RAY DIFFRACTION83
4.93-35.880.18371450.15182939X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.448 Å / Origin y: -9.2001 Å / Origin z: 35.8321 Å
111213212223313233
T0.1858 Å2-0.0127 Å2-0.021 Å2-0.2163 Å2-0.0183 Å2--0.1896 Å2
L0.4552 °20.2991 °2-0.2485 °2-0.4783 °2-0.3504 °2--0.7484 °2
S0.0318 Å °-0.0293 Å °0.0412 Å °0.0353 Å °-0.0324 Å °0.0412 Å °-0.0272 Å °0.0431 Å °0.0048 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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