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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vvm | |||||||||
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タイトル | Structure of FabS1CE1-EPR1-1 in complex with the erythropoietin receptor | |||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / proliferation / engineered antibody / high-affinity binding / enhanced crystallization | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway ...erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Pavlenco, A. / Ploder, L. / Luu, G. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Antigen-binding fragments with improved crystal lattice packing and enhanced conformational flexibility at the elbow region as crystallization chaperones. 著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Blazer, L.L. / Luu, K. / Ploder, L. / Pavlenco, A. / Kurinov, I. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vvm.cif.gz | 464 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vvm.ent.gz | 339.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vvm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vvm_validation.pdf.gz | 488.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vvm_full_validation.pdf.gz | 505.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8vvm_validation.xml.gz | 38.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vvm_validation.cif.gz | 52.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vvm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 I
#3: タンパク質 | 分子量: 25679.996 Da / 分子数: 1 / 変異: residues 22-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / プラスミド: pSCSTa / 詳細 (発現宿主): Hexa-histidine tag / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19235 |
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-抗体 , 2種, 4分子 ABGC
#1: 抗体 | 分子量: 24023.959 Da / 分子数: 2 / 変異: E162G / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 23049.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-非ポリマー , 5種, 19分子
#4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 化合物 | ChemComp-NA / #6: 化合物 | ChemComp-CL / #7: 化合物 | ChemComp-EDO / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.42 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M MMT buffer pH 5.0, 25% PEG1500 / Temp details: room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日 / 詳細: mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→108.37 Å / Num. obs: 34880 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 79.05 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.99 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.043 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4546 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.423 / Rrim(I) all: 1.126 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→84.38 Å / SU ML: 0.4299 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.1654 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 79.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→84.38 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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