PDB-8vv1: Estrogen receptor alpha ligand binding domain in complex with pal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vv1

タイトル

Estrogen receptor alpha ligand binding domain in complex with palazestrant

要素

Estrogen receptor

キーワード

TRANSCRIPTION / Estrogen receptor / CERAN / ligand binding domain / alpha helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / epithelial cell development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / mammary gland branching involved in pregnancy / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / steroid hormone receptor signaling pathway / androgen metabolic process / cellular response to estrogen stimulus / mammary gland alveolus development / estrogen response element binding / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / estrogen receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / steroid binding / 14-3-3 protein binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / negative regulation of miRNA transcription / ESR-mediated signaling / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / nuclear estrogen receptor binding / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / transcription coactivator binding / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / nuclear receptor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.196 Å

データ登録者

Ng, R.A. / Barratt, S. / Parisian, A. / Palanisamy, G. / Sun, R. / Robello, B. / Pena, G. / Sapugay, J. / Yeghikyan, D. / Duncan, A. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Estrogen receptor alpha ligand binding domain in complex with palazestrant
著者: Fanning, S.W.

履歴

登録	2024年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vv1.cif.gz	193.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vv1.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/8vv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (12) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (12)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Estrogen receptor

B: Estrogen receptor

ヘテロ分子

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.126, 57.268, 87.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.01, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1 分子量: 28355.207 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand Binding Domain / 変異: C381S, C417S, C530S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物	ChemComp-A1AEA / palazestrant / (1R,3R)-2-(2-fluoro-2-methylpropyl)-3-methyl-1-{4-[(1-propylazetidin-3-yl)oxy]phenyl}-2,3,4,9-tetrahydro-1H-pyrido[3,4-b]indole 分子量: 449.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₆FN₃O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8,000, MgCl2, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 300 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.196→50 Å / Num. obs: 24981 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_pim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 0.082
反射シェル	解像度: 2.196→2.4 Å / Num. unique obs: 1225 / CC_1/2: 0.51 / R_pim(I) all: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.196→34.217 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2306	1207	5.08 %
R_work	0.1989	-	-
obs	0.2006	23772	94.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.196→34.217 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3491	0	72	138	3701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3672
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	4977
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.606	1347
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	605

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.196-2.2835	0.2942	96	0.2395	1917	X-RAY DIFFRACTION	72
2.2835-2.3874	0.2869	136	0.2242	2210	X-RAY DIFFRACTION	85
2.3874-2.5132	0.2874	126	0.2274	2540	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5132-2.6707	0.2634	139	0.2181	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6707-2.8768	0.2536	136	0.2229	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8768-3.1661	0.2234	147	0.2133	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1661-3.6238	0.2303	134	0.1987	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6238-4.5639	0.1927	130	0.1709	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5639-34.217	0.2128	163	0.1849	2661	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0217	-0.06	-0.0649	0.1644	0.1632	0.1609	-0.0727	0.1165	0.3629	-0.0074	0.2553	0.1779	-0.4769	-0.0566	0.1339	0.5115	0.3814	-0.116	-0.5019	0.7293	0.0731	8.3493	-4.9275	16.8668
2	0.0895	0.0047	0.1212	0.2199	0.2207	0.3208	0.1192	-0.0009	-0.0113	0.1977	-0.0303	0.5331	0.2019	-0.3499	-0.0162	0.3592	0.0729	0.0696	0.4428	0.0724	0.3984	-11.5977	-23.4671	29.6485
3	0.3846	-0.1682	-0.3666	0.2605	0.0506	0.5686	0.0641	0.3566	0.0589	-0.0296	-0.018	0.0813	-0.1252	-0.3218	-0.0191	0.1649	0.0622	-0.0021	0.2632	-0.009	0.1814	0.5808	-22.7922	17.559
4	0.3066	-0.0895	-0.087	0.0827	0.0094	0.2478	0.2365	-0.2092	-0.3517	0.4001	-0.107	0.0157	-0.0376	-0.18	0.0028	0.2752	0.0172	-0.0186	0.2764	0.0317	0.2648	-2.4846	-27.5104	37.0843
5	0.5653	-0.0727	-0.098	0.1863	-0.1342	0.2881	0.0797	-0.0291	-0.0118	0.0882	-0.112	-0.0227	-0.0954	0.0999	-0.0001	0.23	0.0247	-0.0141	0.1725	0.0089	0.1966	8.6923	-21.4872	30.051
6	0.0016	-0.0196	-0.0171	0.0233	0.015	0.013	0.0761	-0.2625	-0.1184	0.0068	0.1906	0.0873	-0.0133	-0.0411	-0.0001	0.6546	0.1026	-0.0023	0.5478	-0.098	0.4995	14.9384	-27.0038	8.214
7	0.7589	0.2598	-0.1391	0.1719	-0.273	0.2633	0.1979	0.5086	0.5497	-0.345	0.1102	-0.268	-0.5554	0.1304	0.0515	0.3862	0.0673	0.0135	0.3123	0.0781	0.3576	17.3072	-12.2941	15.3716
8	0.8242	-0.8064	-0.3087	0.6332	-0.0225	1.0642	0.0899	-0.0182	0.0445	0.0743	-0.2704	0.1926	0.104	0.0121	-0.1692	0.2311	0.0581	0.014	0.1712	-0.0196	0.2497	13.716	-25.6005	26.5273
9	0.1401	0.0666	-0.0484	0.1468	0.0038	0.2283	-0.2125	1.0407	-0.4819	-0.2314	-0.2021	0.256	0.4626	-0.5966	-0.0401	0.504	-0.1106	-0.0008	0.7858	-0.1178	0.4856	-4.0133	-27.9305	8.9587
10	0.0164	-0.0008	0.0279	0.0554	0.0177	0.0362	0.0915	0.101	-0.0972	0.3563	0.0455	-0.4705	-0.1978	0.1523	-0	0.336	-0.0321	-0.0221	0.3284	0.0422	0.4136	39.9403	-22.8894	31.3992
11	0.238	0.021	-0.2229	0.2672	-0.2583	0.3807	0.0859	0.0076	-0.3347	-0.1177	0.0245	-0.2518	0.2458	0.3266	-0.0036	0.2748	0.1075	-0.0156	0.3126	-0.01	0.3091	33.253	-44.2046	22.5095
12	1.439	-0.4938	-0.2581	1.4088	-0.3977	0.7401	0.1542	0.3075	-0.0695	-0.2111	-0.2057	0.0247	-0.0303	-0.0328	-0.1657	0.2403	0.1094	-0.0152	0.2693	-0.0345	0.1996	26.4388	-36.6858	18.2251
13	0.4076	-0.5378	0.2829	0.8844	0.159	0.4152	-0.0106	-0.1702	0.1361	0.0618	-0.0609	-0.0337	-0.0395	0.1924	-0	0.2359	-0.0024	0.0007	0.2409	0.0239	0.2824	29.1729	-22.4867	28.3892
14	0.8587	-0.5695	-0.1061	0.3162	-0.0861	0.6539	0.0224	0.2097	0.0645	-0.0695	-0.1034	0.1746	-0.0928	0.0667	-0.0515	0.2372	0.0619	-0.0003	0.2294	0.0317	0.251	21.0442	-25.9415	19.6461
15	0.0084	-0.0017	0.0095	0.0021	0.0021	0.0051	0.0552	0.0397	-0.2449	0.1679	-0.0865	0.3492	-0.0967	-0.0682	0.0002	0.2798	-0.0397	-0.02	0.4743	-0.0379	0.3543	18.6758	-47.265	28.516
16	0.0495	-0.0068	-0.0067	0.0393	0.0179	0.035	0.0042	-0.5594	-0.0818	0.3113	-0.3098	-0.0518	-0.0548	0.359	-0.0002	0.3984	0.0181	-0.0229	0.3904	0.0852	0.2691	29.6718	-45.2701	38.4267

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 308 through 322 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 323 through 341 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 342 through 394 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 395 through 420 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 421 through 455 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 456 through 465 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 466 through 496 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 497 through 527 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 528 through 547 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 308 through 321 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 322 through 363 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 364 through 438 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 439 through 496 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 497 through 525 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 526 through 536 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 537 through 547 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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