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- PDB-8vui: Structure of FabS1CE-EPR-1, an elbow-locked Fab, in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vui
タイトルStructure of FabS1CE-EPR-1, an elbow-locked Fab, in complex with the erythropoeitin receptor
要素
  • (S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 ...) x 2
  • Erythropoietin receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / proliferation / engineered antibody / high-affinity binding / enhanced crystallization
機能・相同性
機能・相同性情報


erythropoietin receptor activity / erythropoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development ...erythropoietin receptor activity / erythropoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hemopoiesis / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway / heart development / nuclear speck / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / AMMONIUM ION / Erythropoietin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-159640 カナダ
Other private 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Antigen-binding fragments with improved crystal lattice packing and enhanced conformational flexibility at the elbow region as crystallization chaperones.
著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Blazer, L.L. / Luu, K. / Ploder, L. / Pavlenco, A. / Kurinov, I. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2024年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain
G: S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain
D: Erythropoietin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,71218
ポリマ－72,8263
非ポリマー88715
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7340 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area27880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.390, 71.930, 197.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 AG

#1: 抗体 S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain


分子量: 24096.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain


分子量: 23049.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 D

#3: タンパク質 Erythropoietin receptor / EPO-R


分子量: 25679.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / プラスミド: pSCSTa / 詳細 (発現宿主): Hexa-histidine tag / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P19235
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 236分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#9: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 0.2 M Ammonium Citrate dibasic, 20% PEG2000 monomethyl ether, pH 5.2
Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→98.51 Å / Num. obs: 46837 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 39.21 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.06→2.12 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.193 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2699 / CC1/2: 0.723 / Rpim(I) all: 0.506 / Rrim(I) all: 1.298 / % possible all: 69.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→98.51 Å / SU ML: 0.2383 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5441
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2398 1927 4.29 %
Rwork0.1973 43041 -
obs0.1991 44968 94.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→98.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4700 0 49 222 4971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00734891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94346674
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0578756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.09991702
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.31631430.27283207X-RAY DIFFRACTION99.61
2.15-2.210.30841430.25483189X-RAY DIFFRACTION99.61
2.21-2.280.432920.35152056X-RAY DIFFRACTION63.38
2.28-2.350.2731430.24023200X-RAY DIFFRACTION99.46
2.35-2.430.28091430.23083179X-RAY DIFFRACTION99.16
2.43-2.530.26891440.23393205X-RAY DIFFRACTION99.05
2.53-2.650.25181430.21893218X-RAY DIFFRACTION99.97
2.65-2.790.26421220.20742733X-RAY DIFFRACTION83.85
2.79-2.960.22781470.21043259X-RAY DIFFRACTION99.91
2.96-3.190.281440.21923230X-RAY DIFFRACTION99.76
3.19-3.510.21961330.19052974X-RAY DIFFRACTION90.42
3.51-4.020.2261270.1862814X-RAY DIFFRACTION85.1
4.02-5.060.19381490.14693319X-RAY DIFFRACTION99.71
5.06-98.510.23561540.18883458X-RAY DIFFRACTION98.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.810505434873-0.559651687710.4849767777661.5677553835-0.9109950259096.02540743214-0.07136670059450.132297766851-0.223808140035-0.09169002832950.00248671299470.03774413699760.8245191032490.09815301899450.05025430475230.455294930998-0.05793493280140.01871833773480.29924519851-0.004206319241980.326174782391-3.71207221777-40.136832887313.7163411485
26.399364743850.1117931630731.384523336133.23487889769-2.695296010357.04934338992-0.183934391371-0.6443566683131.364225407591.71730372772-0.0264732981054-0.158239821798-0.599069684573-0.3893511486950.1236961563040.4718077846590.0228454355244-0.07287834817380.287971124685-0.09080447546370.476043316449-2.18931340041-23.790737484354.9986026879
34.51623993565-1.80506142506-2.588697835937.203845456171.547232435775.754087669830.180683730196-0.07424262098320.161396240333-0.0159087805104-0.09900088165930.3743585128090.159271556632-0.130335390385-0.0817703910960.1919923303480.00682710264268-0.06110483307620.2008565937770.02120381938270.272682882101-5.08852256643-29.873729650246.4903581248
46.28546157344-2.60874840498-1.872086615653.338778712681.766422349615.14245127257-0.3290606334010.1203667298720.3034353590650.5320845276440.143621380042-0.432795122234-0.2349866309760.3647611175130.14544401890.499210195044-0.146781888824-0.07464904256990.3842759122220.08453525281620.392019627639-0.576199670924-13.694555143616.0434596714
53.96117639844-2.24401076038-0.2565208180153.125495610371.316264184614.342232376450.05553316504470.4335680785660.334777861769-0.0463110162602-0.0762587527261-0.339468982886-0.1489945399770.1579184157150.008885000649140.313264950282-0.0796514282902-0.04197148939570.3493248502990.06602014590540.26266635329-5.94551061888-17.72085941128.44774302953
65.10142954573-4.11323126216-0.225257428876.061084435261.129056620062.361836852720.005441321492950.4189845027780.184556758732-0.0405102263858-0.0810630828207-0.340387661046-0.007966390298820.08797263447250.04748973349570.328939132858-0.103883562774-0.03206469114880.3713008617820.06029118736510.281709339118-4.52312425351-20.479503311612.822340733
70.5267529557511.257538306611.895415297572.846577821333.933065310896.53774550596-0.39261809790.05529044190030.386717103822-0.3743473811930.02855678263910.390880976843-1.21165910591-0.2463742835460.3493001488160.5770460818210.0606577535104-0.09355654220020.3187125566460.009892925158170.412666299428-5.60917158858-9.475398616530.6235795295
85.19578288031-0.7417669475411.641802643037.77467605257-2.023304928054.725512943910.234064629586-0.156398567352-0.2779530381550.00142994684782-0.133214867362-0.08415790621720.2159916567380.108030703202-0.07466610941340.2372058091480.038045685778-0.03300061397790.188818576304-0.03152626358530.2424476161374.92966110212-19.586350603246.7381014919
99.534473290222.039540208966.411385490515.769412791780.1490162746788.73050230691-0.119527584681-0.3898390178940.476233976577-0.400227822091-0.234490780789-0.946711020043-0.262930778230.5187638243420.3155913613350.221882443140.002773402675350.06100977853730.3406637724180.01345736727590.51883852327813.2443053571-18.998761176443.2709166669
105.20833599569-1.685196134123.462742044216.61714241541-2.058531713336.324150540880.168753809242-0.289067185874-0.1646266561380.30478880645-0.125130455982-0.376031108287-0.325015496013-0.0488726432142-0.03528343095040.226386598483-0.005600819320050.0339438203760.219808516760.01876739611970.2372657359826.2670835844-16.853920717847.1032366049
114.27785238322.32728848325-1.314006685852.78188814558-1.908701019634.10013369741-0.3240035079110.54491043581-0.112376647828-0.6203781724580.124140553114-0.04302528993770.789958702648-0.5716867476040.1904112606320.586369784967-0.0627365809369-0.059187232840.492679654082-0.06674163556970.30391069121-3.22035319488-30.337903915-17.3084238879
122.29411589552-0.7992482975411.169966889396.25790592722-4.378390509254.54190563882-0.4066065396970.1379304155670.659642154745-0.2096398262230.290792016613-0.198414429005-0.0159557766983-0.2040826486260.1427757308430.397847429752-0.0884223202714-0.1193702786930.523696216052-0.04751644512350.4938799472-4.5935882031-14.3430237387-24.024918437
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 133 )AA1 - 1331 - 122
22chain 'A' and (resid 134 through 148 )AA134 - 148123 - 135
33chain 'A' and (resid 149 through 230 )AA149 - 230136 - 217
44chain 'G' and (resid 1 through 18 )GH1 - 181 - 18
55chain 'G' and (resid 19 through 91 )GH19 - 9119 - 75
66chain 'G' and (resid 92 through 121 )GH92 - 12176 - 101
77chain 'G' and (resid 122 through 133 )GH122 - 133102 - 113
88chain 'G' and (resid 134 through 170 )GH134 - 170114 - 150
99chain 'G' and (resid 171 through 183 )GH171 - 183151 - 163
1010chain 'G' and (resid 184 through 231 )GH184 - 231164 - 211
1111chain 'D' and (resid 8 through 69 )DO8 - 691 - 62
1212chain 'D' and (resid 70 through 220 )DO70 - 22063 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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