PDB-8vu4: Structure of FabS1CE4-EPR-1, an elbow-locked high affinity antibo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vu4

タイトル

Structure of FabS1CE4-EPR-1, an elbow-locked high affinity antibody for the erythropoeitin receptor

要素

(S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / proliferation / engineered antibody / high-affinity binding / enhanced crystallization

機能・相同性

DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Pavlenco, A. / Ploder, L. / Luu, G. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S.

資金援助

カナダ,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Antigen-binding fragments with improved crystal lattice packing and enhanced conformational flexibility at the elbow region as crystallization chaperones.
著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Blazer, L.L. / Luu, K. / Ploder, L. / Pavlenco, A. / Kurinov, I. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S.

履歴

登録	2024年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8vu4.ent.gz	278.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	8vu4_full_validation.pdf.gz	492.2 KB	表示
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CIF形式データ	8vu4_validation.cif.gz	47.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vu4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8vtpC 8vtrC 8vu1C 8vuaC 8vucC 8vuiC 8vvmC 8vvoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain

C: S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain

A: S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain

G: S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain

ヘテロ分子

95.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.863, 55.893, 87.016
Angle α, β, γ (deg.)	80.050, 89.910, 82.700
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
抗体 , 2種, 4分子 BACG

#1: 抗体	S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain 分子量: 24134.004 Da / 分子数: 2 / 変異: K131Q and F160W / 由来タイプ: 組換発現詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain 分子量: 23049.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

#1: 抗体

S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain

分子量: 24134.004 Da / 分子数: 2 / 変異: K131Q and F160W / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain

分子量: 23049.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 5種, 228分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M BICINE 9.0, 10% PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→85.69 Å / Num. obs: 43559 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 44.79 Å² / CC_1/2: 0.965 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.115 / R_rim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.27→2.34 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4024 / CC_1/2: 0.508 / R_pim(I) all: 0.479 / R_rim(I) all: 0.677 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→55.4 Å / SU ML: 0.3678 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 29.9726
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2516	1899	4.85 %
R_work	0.2084	37275	-
obs	0.2105	39174	91.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→55.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6385	0	45	201	6631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0081	6608
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0634	9002
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0592	1023
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0095	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.9467	2319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.41	0.3476	137	0.2909	2705	X-RAY DIFFRACTION	92.97
2.41-2.47	0.2963	150	0.2684	2712	X-RAY DIFFRACTION	93.16
2.47-2.55	0.3178	113	0.2614	2743	X-RAY DIFFRACTION	92.76
2.55-2.63	0.3302	115	0.2536	2682	X-RAY DIFFRACTION	92.13
2.63-2.72	0.3105	157	0.2527	2632	X-RAY DIFFRACTION	91.2
2.72-2.83	0.3197	146	0.2414	2552	X-RAY DIFFRACTION	89.01
2.83-2.96	0.3014	126	0.2337	2547	X-RAY DIFFRACTION	86
2.96-3.12	0.2979	139	0.2336	2731	X-RAY DIFFRACTION	94.13
3.12-3.31	0.3247	124	0.2425	2713	X-RAY DIFFRACTION	93.48
3.31-3.57	0.2447	126	0.2061	2700	X-RAY DIFFRACTION	92.69
3.57-3.93	0.2397	127	0.2013	2647	X-RAY DIFFRACTION	90.51
3.93-4.49	0.2073	133	0.1624	2502	X-RAY DIFFRACTION	86.31
4.5-5.66	0.1833	168	0.1694	2781	X-RAY DIFFRACTION	95.5
5.66-55.4	0.2416	138	0.197	2628	X-RAY DIFFRACTION	90.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.05916500516	-0.635908031347	-0.641853391504	5.06287802665	-1.29562509949	6.06755274747	0.00608044129967	-0.511399881524	0.154318622927	0.908185636327	0.419291520615	0.607011773963	-0.667981015062	-0.845715389348	-0.181981282263	0.544800272723	0.100366337828	0.0353524448734	0.580764787679	-0.0456556798498	0.463826631541	-32.335	19.582	5.714
2	2.73228144125	-0.814520145278	-0.154607166027	4.54301260443	-0.374664138242	4.87929224668	0.0279663271277	-0.418671107804	0.237575239016	0.629969189504	0.0788644111034	-0.0136624748576	-0.614240845711	-0.185945743761	-0.114944029671	0.512938743713	0.0584806063163	-0.064037346726	0.43103818195	-0.0553982126891	0.372009483932	-24.924	21.268	5.837
3	3.57591084566	0.0456144362246	-1.46705629361	2.37944582389	-0.0978403433892	2.09781632098	-0.0301140618489	0.000290714013752	0.025414201095	-0.0987252291678	-0.0987794907891	-0.155645529176	0.0856245861388	0.119676728935	0.117703585135	0.263855187611	0.0494843989138	-0.0406498378366	0.252449398538	-0.00639154414248	0.349922752974	-3.809	25.674	-24.441
4	3.05609450001	-1.81313830212	-2.05886647784	5.91612738939	-0.0152311179987	2.32835778082	0.0280622660645	-0.314491047005	0.17114308667	0.455254088366	-0.0314751277777	-0.40391046899	-0.00714378911399	0.361039264576	0.00215026698114	0.439206141532	0.0310505077353	-0.141649426905	0.579000439897	-0.00871242670011	0.339621027843	-12.078	3.979	10.69
5	2.47791770166	0.993282065579	2.14341404065	4.99935332988	3.10972819417	5.21532914049	-0.153423481222	0.110056298408	0.0846174510369	-0.0439776114646	0.0550749339965	0.0590109858046	-0.199790858447	0.201433224417	0.0874432549155	0.168426366886	0.0111932119353	0.0776231637525	0.345593805196	0.04244777218	0.251507642309	-21.258	-1.563	-10.5
6	3.41615009141	-1.84165258631	0.64259288359	4.83920230402	0.276953923931	6.95070132699	-0.00966095427386	0.0666725754205	0.0821321879344	-0.213490993984	0.0118837401819	-0.26266585601	-0.150304158305	-0.159508737596	-0.0139740855201	0.268012498423	-0.00437610621371	0.0203297577414	0.213079952977	0.0194501843526	0.326461149656	-20.808	-8.282	-23.57
7	4.52193271173	-1.56169950538	-0.0788996313847	2.95586415205	0.402415312057	4.42216705233	0.288168137105	0.769279746799	0.201414540282	-1.01016063341	-0.272176122042	0.412023226333	-0.497137472486	-0.575463081502	-0.0674015860701	0.652797950344	0.131327703637	-0.146550727768	0.600104917144	0.00595829843184	0.4387968732	-28.113	21.097	-47
8	6.166961189	-1.58084020573	-0.625943758239	4.04779680264	0.217182581271	5.77871321356	0.197688638602	0.471652586527	0.266952098401	-0.83589758776	-0.0913136111763	0.0441444412713	-0.310873856934	-0.318672562781	-0.0357522828118	0.55049324733	0.00843568774971	-0.092238007293	0.389215729153	-0.0133054484237	0.38955027224	-24.687	20.055	-44.769
9	3.01120968763	-0.257727311033	0.0229759044319	3.72259419243	-1.02791074803	2.23322915695	-0.128581151846	-0.106745705778	-0.0130413065416	0.0768838830972	0.0388077322589	0.10891722468	0.0232329254258	-0.0789639236041	0.0866399123921	0.283708198775	0.049535573449	-0.0307629270649	0.26677397259	-0.0134662079147	0.279316312001	-34.623	-1.536	-16.482
10	3.00980725656	-0.47194537404	1.44979152364	3.12894364906	1.07559207449	4.76357928863	0.0878903336531	0.729046653068	-0.332915569594	-0.542282242495	-0.0678016182496	0.0517061029065	0.312641739345	0.0582718738933	-0.0298340981244	0.59212138902	0.0262337750984	-0.00947942359399	0.550756359762	-0.0909635523536	0.328703583696	-11.316	4.002	-50.022
11	4.93167596794	-2.16127259134	-0.346440409512	5.03199193057	1.09613443587	4.20793382311	-0.0860845259558	-0.486842644423	-0.133115012462	0.192893135811	0.0315556607003	0.079400062836	-0.104045957054	-0.255315194423	0.0456328399716	0.22863500121	0.0105558167857	-0.023201070285	0.310073000545	0.0164512641253	0.287782463062	1.18	12.82	-16.628

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN B AND RESID 1:38 )	B	1 - 38
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 39:124 )	B	39 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN B AND RESID 125:228 )	B	125 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN C AND RESID 1:107 )	C	1 - 107
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN C AND RESID 108:148 )	C	108 - 148
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 149:232 )	C	149 - 232
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 2:84 )	A	2 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 85:124 )	A	85 - 124
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 125:229 )	A	125 - 229
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN G AND RESID 2:133 )	G	2 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN G AND RESID 134:231 )	G	134 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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