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Yorodumi- PDB-8vu4: Structure of FabS1CE4-EPR-1, an elbow-locked high affinity antibo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8vu4 | |||||||||
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Title | Structure of FabS1CE4-EPR-1, an elbow-locked high affinity antibody for the erythropoeitin receptor | |||||||||
Components | (S1CE4 VARIANT OF FAB-EPR-1 ...) x 2 | |||||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / proliferation / engineered antibody / high-affinity binding / enhanced crystallization | |||||||||
Function / homology | DI(HYDROXYETHYL)ETHER Function and homology information | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | |||||||||
Authors | Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Pavlenco, A. / Ploder, L. / Luu, G. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S. | |||||||||
Funding support | Canada, United States, 2items
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Citation | Journal: Protein Sci. / Year: 2024 Title: Antigen-binding fragments with improved crystal lattice packing and enhanced conformational flexibility at the elbow region as crystallization chaperones. Authors: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Blazer, L.L. / Luu, K. / Ploder, L. / Pavlenco, A. / Kurinov, I. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8vu4.cif.gz | 385.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8vu4.ent.gz | 278.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8vu4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8vu4_validation.pdf.gz | 479.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8vu4_full_validation.pdf.gz | 492.2 KB | Display | |
Data in XML | 8vu4_validation.xml.gz | 33.7 KB | Display | |
Data in CIF | 8vu4_validation.cif.gz | 47.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vu4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8vtpC 8vtrC 8vu1C 8vuaC 8vucC 8vuiC 8vvmC 8vvoC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 4 molecules BACG
#1: Antibody | Mass: 24134.004 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: K131Q and F160W Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: PSCSTA / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23049.488 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Plasmid: PSCSTA / Cell line (production host): Expi293 / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Non-polymers , 5 types, 228 molecules
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 / Details: 0.1 M BICINE 9.0, 10% PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 6, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.27→85.69 Å / Num. obs: 43559 / % possible obs: 91.5 % / Redundancy: 2 % / Biso Wilson estimate: 44.79 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.115 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 8.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.27→2.34 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4024 / CC1/2: 0.508 / Rpim(I) all: 0.479 / Rrim(I) all: 0.677 / % possible all: 91.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35→55.4 Å / SU ML: 0.3678 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / Phase error: 29.9726 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→55.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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