PDB-8vu3: Cryo-EM structure of cyanobacterial PSI with bound platinum nanop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vu3

タイトル

Cryo-EM structure of cyanobacterial PSI with bound platinum nanoparticles

要素

(Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
(Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
Phosphorylase
Photosystem I iron-sulfur center

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / cyanobacteria / biohybrid / platinum nanoparticles / hydrogen production / photosystem I / solar fuel

機能・相同性

機能・相同性情報

photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / endomembrane system / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...
類似検索 - 分子機能

Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermostichus lividus (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Gisriel, C.J. / Malavath, T. / Brudvig, G.W. / Utschig, L.M.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE- AC02-06CH11357	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-FG02-05ER15646	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM140174	米国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of a biohybrid photosystem I-platinum nanoparticle solar fuel catalyst.
著者: Christopher J Gisriel / Tirupathi Malavath / Tianyin Qiu / Jan Paul Menzel / Victor S Batista / Gary W Brudvig / Lisa M Utschig /

要旨: Biohybrid solar fuel catalysts leverage natural light-driven enzymes to produce valuable fuel products. One useful biological platform for such a system is photosystem I, a pigment-protein complex ...

履歴

登録	2024年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.2	2025年5月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vu3.cif.gz	1.7 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vu3.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vu3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/8vu3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	43525MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (48) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (51) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (50) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (5) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (48)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (51)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (50)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (3)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (5)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (5)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (2)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

C: Photosystem I iron-sulfur center

D: Photosystem I reaction center subunit II

E: Photosystem I reaction center subunit IV

F: Photosystem I reaction center subunit III

G: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

H: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

I: Photosystem I reaction center subunit VIII

J: Photosystem I reaction center subunit IX

K: Photosystem I reaction center subunit PsaK

L: Photosystem I reaction center subunit XI

M: Photosystem I reaction center subunit XII

N: Photosystem I iron-sulfur center

O: Photosystem I reaction center subunit II

P: Photosystem I reaction center subunit IV

Q: Photosystem I reaction center subunit III

R: Photosystem I reaction center subunit VIII

S: Photosystem I reaction center subunit IX

T: Photosystem I reaction center subunit PsaK

U: Photosystem I reaction center subunit XI

V: Photosystem I reaction center subunit XII

W: Phosphorylase

X: Phosphorylase

a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

c: Photosystem I iron-sulfur center

d: Photosystem I reaction center subunit II

e: Photosystem I reaction center subunit IV

f: Photosystem I reaction center subunit III

i: Photosystem I reaction center subunit VIII

j: Photosystem I reaction center subunit IX

k: Photosystem I reaction center subunit PsaK

l: Photosystem I reaction center subunit XI

m: Photosystem I reaction center subunit XII

x: Phosphorylase

ヘテロ分子

1.08 MDa, 36 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 AGaBHb

#1: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA 分子量: 83195.555 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2Q201, photosystem I
#2: タンパク質	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB 分子量: 83152.586 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2Q1Z9, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 24分子 DOdEPeFQfIRiJSjKTkLUlMVm

#4: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit II 分子量: 15408.582 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2Q2Y6
#5: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit IV 分子量: 8238.266 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2Q1I4
#6: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F 分子量: 17654.516 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2PYV7
#7: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit VIII 分子量: 4480.442 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2Q0W5
#8: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit IX 分子量: 4965.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2PZG9
#9: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I subunit X 分子量: 8471.931 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2Q0K8
#10: タンパク質	Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L 分子量: 16233.698 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2Q0R7
#11: タンパク質・ペプチド	Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M 分子量: 3410.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A3B7MIX8

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 CNcWXx

#12: タンパク質・ペプチド	Phosphorylase 分子量: 4134.966 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2Q2C6
#3: タンパク質	Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC 分子量: 8809.207 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermostichus lividus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2D2Q1F9, photosystem I

-
非ポリマー , 8種, 381分子

#13: 化合物	ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER 分子量: 893.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#14: 化合物	... ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A 分子量: 893.489 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#15: 化合物	ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₄₆O₂
#16: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物	... ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン分子量: 536.873 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆
#18: 化合物	ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル分子量: 722.970 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物	ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE 分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₈₆O₁₀
#20: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Photosystem I from Thermostichus lividus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Thermostichus lividus (バクテリア)
緩衝液	pH: 8
試料	濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 189655 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.009	75738
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	1.997	107610
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	30.557	18051
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.076	9507
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.013	12951

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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