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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vtr | |||||||||
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タイトル | Structure of FabS1CE3-EPR-1, an elbow-locked high affinity antibody for the erythropoeitin receptor (orthorhombic form) | |||||||||
![]() | (S1CE3 VARIANT OF FAB-EPR-1 ...) x 2 | |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / proliferation / engineered antibody / high-affinity binding / enhanced crystallization | |||||||||
機能・相同性 | CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Pavlenco, A. / Ploder, L. / Luu, G. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Antigen-binding fragments with improved crystal lattice packing and enhanced conformational flexibility at the elbow region as crystallization chaperones. 著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Blazer, L.L. / Luu, K. / Ploder, L. / Pavlenco, A. / Kurinov, I. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 143.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-抗体 , 2種, 2分子 AG
#1: 抗体 | 分子量: 24135.057 Da / 分子数: 1 / 変異: F160W / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23049.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 263分子 ![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-CIT / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | This is an open structure which forms a linear polymeric array |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Ammonium Citrate dibasic, 20% PEG3350. This was set up as a Fab/EPOR complex, however no EPOR was observed upon solving the structure. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→74.28 Å / Num. obs: 37275 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 34.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2602 / CC1/2: 0.855 / Rpim(I) all: 0.302 / Rsym value: 0.751 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.12 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→58.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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