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- PDB-8vtr: Structure of FabS1CE3-EPR-1, an elbow-locked high affinity antibo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vtr
タイトルStructure of FabS1CE3-EPR-1, an elbow-locked high affinity antibody for the erythropoeitin receptor (orthorhombic form)
要素(S1CE3 VARIANT OF FAB-EPR-1 ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / proliferation / engineered antibody / high-affinity binding / enhanced crystallization
機能・相同性CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Pavlenco, A. / Ploder, L. / Luu, G. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S.
資金援助 カナダ, 米国, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-159640 カナダ
Other private 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Antigen-binding fragments with improved crystal lattice packing and enhanced conformational flexibility at the elbow region as crystallization chaperones.
著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Blazer, L.L. / Luu, K. / Ploder, L. / Pavlenco, A. / Kurinov, I. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2024年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S1CE3 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain
G: S1CE3 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,97012
ポリマ－47,1852
非ポリマー78610
水4,558253
1
A: S1CE3 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain
ヘテロ分子

G: S1CE3 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,97012
ポリマ－47,1852
非ポリマー78610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544-x+1/2,-y-1,z-1/21
Buried area2660 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.199, 74.275, 93.335
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 AG

#1: 抗体 S1CE3 VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain


分子量: 24135.057 Da / 分子数: 1 / 変異: F160W / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 S1CE3 VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain


分子量: 23049.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 5種, 263分子

#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細This is an open structure which forms a linear polymeric array
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium Citrate dibasic, 20% PEG3350. This was set up as a Fab/EPOR complex, however no EPOR was observed upon solving the structure.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→74.28 Å / Num. obs: 37275 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 34.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2602 / CC1/2: 0.855 / Rpim(I) all: 0.302 / Rsym value: 0.751 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→58.12 Å / SU ML: 0.2192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.4191
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 1749 4.7 %
Rwork0.1874 35461 -
obs0.1893 37210 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→58.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 0 49 253 3480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00753303
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97554493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.81741148
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.020.29471560.24682903X-RAY DIFFRACTION99.71
2.02-2.080.26931520.24012912X-RAY DIFFRACTION99.97
2.08-2.160.27031220.21132942X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.240.27321480.20382891X-RAY DIFFRACTION99.93
2.24-2.340.25931280.20322959X-RAY DIFFRACTION99.97
2.34-2.470.24651200.20612951X-RAY DIFFRACTION99.9
2.47-2.620.25671320.21832941X-RAY DIFFRACTION99.87
2.62-2.830.28191550.2232953X-RAY DIFFRACTION99.97
2.83-3.110.23331550.20512932X-RAY DIFFRACTION99.9
3.11-3.560.2011450.18392978X-RAY DIFFRACTION99.68
3.56-4.480.18291550.15272980X-RAY DIFFRACTION99.46
4.49-58.120.22591810.16963119X-RAY DIFFRACTION99.55
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.582787583850.188952147185-0.0213563872045.01376262137-0.6089202921061.712537013970.0610625961311-0.0156345023203-0.08709504383380.2232644038640.0193934355825-0.212627083884-0.08956847758350.12734153089-0.05843051295650.2598711053070.00542216508168-0.03715627550540.217523018535-0.0257726217870.28062553097913.0515661913-15.0945548627-9.28845294118
20.378928522088-0.9473279263130.4605730086485.56829648255-2.224110907371.730782777910.06221767350270.04485294412910.0912839462121-0.21330508001-0.0953226284809-0.106736896630.03093703145920.0399757848148-0.02306451957030.2216176638240.0145766927835-0.00378205351090.23797208017-0.04425939475070.31732591757416.5838945545-36.1673784481-7.93566533416
34.14663174723-1.741366202360.5270261233234.78765559795-1.263377843952.202949209070.00763480276148-0.180879940574-0.01468599089670.122423312055-0.05070075528590.006461249213580.01973093966630.08959182995570.03840583792250.211658492452-0.0178668303551-0.0007777588959040.252905840562-0.00850493826160.22762841616524.7927259386-54.01243715785.59174147338
45.102212637551.9842128779-2.360288177284.74913752261-0.2505018937484.02235747195-0.0383240677218-0.388176149787-0.3096456282250.327157672886-0.0822860576083-0.07618471195450.28472193290.4562806715510.1053170771610.2887648689690.07511293052650.01394864239950.3331303458610.01246987653830.28625860575345.4081251114-60.571572778229.8208085991
56.321402587571.63033001732.417397080492.262283237990.5110985316753.10637289027-0.0150166477062-0.02153013498120.00274019961532-0.0332019829284-0.0243520710306-0.0426689827328-0.0201382794233-0.08136386345890.05886593582930.1847167250070.01106518331230.02583066462160.1750560223970.01746582984120.22011647151838.287388772-50.9168531049-4.17602605286
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 107 )AA1 - 1071 - 99
22chain 'A' and (resid 108 through 148 )AA108 - 148100 - 135
33chain 'A' and (resid 149 through 228 )AA149 - 228136 - 215
44chain 'G' and (resid 4 through 126 )GE4 - 1261 - 103
55chain 'G' and (resid 127 through 232 )GE127 - 232104 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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