PDB-8vtp: Structure of FabS1CE-EPR-1, a high affinity antibody for the eryt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vtp

タイトル

Structure of FabS1CE-EPR-1, a high affinity antibody for the erythropoeitin receptor

要素

(S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / proliferation / engineered antibody / high-affinity binding / enhanced crystallization

機能・相同性

ACETATE ION / AMMONIUM ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Singer, A.U. / Bruce, H.A. / Blazer, L. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S.

資金援助

カナダ,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Antigen-binding fragments with improved crystal lattice packing and enhanced conformational flexibility at the elbow region as crystallization chaperones.
著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Blazer, L.L. / Luu, K. / Ploder, L. / Pavlenco, A. / Kurinov, I. / Adams, J.J. / Sidhu, S.S.

履歴

登録	2024年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vtp.cif.gz	214.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vtp.ent.gz	150.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vtp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vtp_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vtp_full_validation.pdf.gz	475.6 KB	表示
XML形式データ	8vtp_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	8vtp_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vtp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vt/8vtp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8vtrC 8vu1C 8vu4C 8vuaC 8vucC 8vuiC 8vvmC 8vvoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain

G: S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain

ヘテロ分子

48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.750, 72.938, 129.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
抗体 , 2種, 2分子 AG

#1: 抗体	S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain 分子量: 24096.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain 分子量: 23049.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

#1: 抗体

S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 heavy chain

分子量: 24096.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

S1CE VARIANT OF FAB-EPR-1 light chain

分子量: 23049.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: FAB PRODUCED BY RANDOMIZATION OF CDR REGIONS AND COMPND 7 SELECTED BY PHAGE DISPLAY. FABS UTILIZE IMGT (LECLERC ET AL., DEV COMPND 8 COMP IMMUNOL. 2003 JAN;27(1):55-77) NUMBERING
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PSCSTA / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 7種, 398分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#8: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Ammonium Acetate, 0.1 M Bis Tris pH 5.5, 17% PEG10K Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月10日 / 詳細: Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→129.58 Å / Num. obs: 72770 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 31.44 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 1.902 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3605 / CC_1/2: 0.352 / R_pim(I) all: 0.723 / R_rim(I) all: 2.041 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.77→64.79 Å / SU ML: 0.2114 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.4451
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	3046	4.88 %
R_work	0.1747	59315	-
obs	0.1757	62361	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→64.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3247	0	96	368	3711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	3412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9522	4609
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0627	517
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.7172	1204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.77-1.8	0.3546	109	0.3155	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.2997	149	0.2701	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.86	0.278	133	0.2401	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.86-1.89	0.2222	132	0.2056	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.89-1.93	0.2402	129	0.1981	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.93-1.97	0.2231	133	0.1976	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.97-2.01	0.2033	118	0.2054	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.01-2.06	0.2209	145	0.2158	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.06-2.11	0.2138	114	0.2014	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.11-2.17	0.2373	141	0.1879	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.17-2.23	0.2164	133	0.193	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.3	0.2511	153	0.1891	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.3-2.38	0.2122	124	0.195	2700	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.48	0.2129	160	0.1968	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.48-2.59	0.2262	140	0.2043	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.59-2.73	0.2379	147	0.1894	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.9	0.2357	154	0.1899	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.12	0.1916	154	0.1832	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.12-3.44	0.1852	150	0.1692	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.44-3.94	0.1568	151	0.1573	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.94-4.96	0.1631	150	0.1276	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.96-64.79	0.1565	127	0.16	2927	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.25407550158	-0.454809219041	1.30180410428	2.20417667966	0.225280250477	2.07798654269	-0.133275315702	0.0210277142668	-0.0722900890159	0.0524550524356	0.132249812478	0.112330490847	0.0692931457113	-0.140911837523	-0.000775804159849	0.194040316823	-0.0412965633255	-0.0166971640104	0.286390768566	0.0267185433016	0.216377930781	8.93919636765	13.7775757091	3.75671072897
2	4.01272842975	0.686184217793	1.14906238473	2.04790950924	-0.1820798103	3.37063347563	0.231442755201	-0.0170076714893	0.143675714614	0.46162396819	0.176613092833	-0.330554584785	-0.0010538724968	0.333585456253	-0.458355105945	0.227239372491	0.00796051325355	0.0375094300672	0.162425926009	0.0331711628331	0.170014184961	32.0198876334	25.2766930299	30.4349003993
3	1.24387669328	-0.315762641197	-0.071937377228	3.88983062539	0.450147225251	3.44517636039	0.159378761362	-0.114752415041	0.0479326976628	0.369377150347	-0.0445471421808	0.161423265757	-0.0224807007787	0.0775652635324	-0.115291322149	0.207449097992	0.00152281516981	0.0242859585268	0.188547406136	-0.0228622610743	0.208631055075	27.425715638	24.5429383519	32.7657921326
4	3.03184547892	0.119201935334	1.02551255865	3.84883959129	0.338036128388	2.31068207094	-0.514431631609	0.304225273913	0.795306614857	-0.298821708841	0.226573680809	0.0553148289807	-0.52063578965	-0.0832938353532	0.242903365535	0.39290883801	-0.0245498366881	-0.201257044436	0.324577995583	0.111420329808	0.489399511493	8.36486076461	36.1929661625	3.18750926866
5	3.41776480683	-0.577340160334	0.696527152518	4.51806213582	0.192468707924	1.92931338453	-0.0261779620888	0.19066696127	0.0203213759881	-0.134188902377	-0.061300864526	-0.160752713431	-0.12805938942	0.122868680191	0.0889680566251	0.233675540412	0.0227183887586	0.0245912711572	0.18015592117	-0.00465391121313	0.147005620787	36.2366129469	37.786479813	26.3749998726

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 124 )	A	A	1 - 124	1 - 113
2	2	chain 'A' and (resid 125 through 159 )	A	A	125 - 159	114 - 148
3	3	chain 'A' and (resid 160 through 230 )	A	A	160 - 230	149 - 219
4	4	chain 'G' and (resid 1 through 126 )	G	I	1 - 126	1 - 106
5	5	chain 'G' and (resid 127 through 232 )	G	I	127 - 232	107 - 212

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)