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- PDB-8vtd: Co-structure of the Fab of the anti-TIGIT Vibostolimab antibody w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vtd
タイトルCo-structure of the Fab of the anti-TIGIT Vibostolimab antibody with its antigen
要素
  • T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
  • Vibostolimab Fab Heavy chain
  • Vibostolimab Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody TIGIT immunotherapy
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell activation / negative regulation of interleukin-12 production / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / positive regulation of interleukin-10 production / signaling receptor activity / signaling receptor binding / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell immunoglobulin and ITIM domain receptor / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Fischmann, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pharmacological and structural characterization of vibostolimab, a novel anti-human TIGIT blocking antibody for cancer immunotherapy
著者: Fischmann, T.O. / Malashock, D. / Wang, H. / Grein, J. / Bahmanjah, S. / Ban, D. / Chien, E. / Hsieh, M. / Mayhood, T. / Yuan, J. / Beaumont, M. / Baker, J. / McCoy, M.A. / Wilson, D. / ...著者: Fischmann, T.O. / Malashock, D. / Wang, H. / Grein, J. / Bahmanjah, S. / Ban, D. / Chien, E. / Hsieh, M. / Mayhood, T. / Yuan, J. / Beaumont, M. / Baker, J. / McCoy, M.A. / Wilson, D. / Williams, S.M.G. / Blumenschein, W. / Fayadat-Dilman, L. / Seghezzi, W. / Keenan, T. / Han, J.-H.
履歴
登録2024年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vibostolimab Fab Light chain
B: Vibostolimab Fab Heavy chain
C: T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6765
ポリマ－60,4913
非ポリマー1842
水10,593588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.775, 105.996, 71.758
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Vibostolimab Fab Light chain


分子量: 23508.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Vibostolimab Fab Heavy chain


分子量: 23569.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains / V-set and immunoglobulin domain-containing protein 9 / V-set and transmembrane domain-containing protein 3


分子量: 13413.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIGIT, VSIG9, VSTM3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q495A1
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 588 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 16% w/v PEG 20K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→42.144 Å / Num. obs: 117862 / % possible obs: 67.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.231→1.363 Å / % possible obs: 12.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Num. measured all: 20248 / Num. unique obs: 5892 / Rpim(I) all: 0.414 / Rrim(I) all: 0.775 / Net I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
Aimless0.7.2データスケーリング
XDS20180409データ削減
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.23→42.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.057
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 5944 5.04 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.186 117862 67.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1065 Å20 Å2-0.2883 Å2
2--0.2759 Å20 Å2
3----0.3824 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.23→42.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4106 0 12 588 4706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018298HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1114956HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1756SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1332HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8298HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.82
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion568SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9075SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.23→1.32 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 132 5.6 %
Rwork0.2136 2226 -
all0.2139 2358 -
obs--6.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8418-0.19030.42590.92420.28081.15550.07140.0216-0.2186-0.0208-0.02220.05560.21730.015-0.0492-0.03150.0124-0.0062-0.05950.0101-0.01392.8897-26.9993-15.9196
20.7936-0.4275-0.21581.27460.20721.85210.08270.09480.0107-0.102-0.0413-0.20250.03150.2241-0.0414-0.05560.0166-0.003-0.051-0.002-0.04911.4994-33.9665-51.63
30.61040.06460.1790.7208-0.00050.954-0.0179-0.0096-0.0019-0.0876-0.00060.0661-0.04910.00080.0185-0.02760.006-0.0097-0.02870.006-0.0292-7.265-7.9974-21.6378
40.06950.0393-0.05062.97740.67710.56120.03190.0052-0.0506-0.0786-0.08910.1374-0.063-0.04850.0572-0.01380.0045-0.016-0.0311-0.006-0.0351-13.3062-28.0328-48.6985
50.6715-0.5489-0.52741.05750.46562.014-0.0458-0.13370.01940.15220.08490.0570.0080.0082-0.0391-0.04960.00390.0180.0070.014-0.07461.4446-7.08657.2254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|106 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|107 - A|214 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|1 - B|116 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|117 - B|217 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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