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- PDB-8vrs: Mucin 16 peptide fused to MBP in complex with 4H11-scFv antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vrs
タイトルMucin 16 peptide fused to MBP in complex with 4H11-scFv antibody
要素
  • 4H11 scFv chain
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mucin-16
キーワードONCOPROTEIN/IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY COMPLEX EPITOPE CANCER THERAPY IMMUNOTHERAPY MUCINS / ONCOPROTEIN / ONCOPROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / Dectin-2 family / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity ...Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / Dectin-2 family / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / Golgi lumen / outer membrane-bounded periplasmic space / vesicle / periplasmic space / cell adhesion / external side of plasma membrane / DNA damage response / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mucin-16 / Domain found in sea urchin sperm protein, enterokinase, agrin / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Mucin-16
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Lee, K. / Perry, K. / Yeku, O.O. / Spriggs, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1P01 CA190174-01A1 米国
引用ジャーナル: J Ovarian Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis for antibody recognition of the proximal MUC16 ectodomain.
著者: Lee, K. / Perry, K. / Xu, M. / Veillard, I. / Kumar, R. / Rao, T.D. / Rueda, B.R. / Spriggs, D.R. / Yeku, O.O.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mucin-16
C: 4H11 scFv chain
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mucin-16
D: 4H11 scFv chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,2274
ポリマ－142,2274
非ポリマー00
水6,341352
1
A: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mucin-16
D: 4H11 scFv chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1132
ポリマ－71,1132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
2
C: 4H11 scFv chain
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mucin-16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1132
ポリマ－71,1132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area25570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.810, 112.634, 110.808
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.253, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Mucin-16 / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / MUC-16 / Ovarian cancer- ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / MUC-16 / Ovarian cancer-related tumor marker CA125 / CA-125 / Ovarian carcinoma antigen CA125


分子量: 43664.215 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 14421-14446 of mucin-16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, MUC16, CA125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-RIL (DE3) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q8WXI7
#2: 抗体 4H11 scFv chain


分子量: 27449.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T/17 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M Sodium Citrate, pH 5.0, 10mM Barium Chloride, 27% PEG MME 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 183 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Single Crystal Si-220 Side Bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→112.63 Å / Num. obs: 51394 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 42.06 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.47→2.54 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4270 / CC1/2: 0.683 / Rpim(I) all: 0.617 / Rrim(I) all: 0.91 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.47→56.43 Å / SU ML: 0.3297 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.6006
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 1836 3.87 %
Rwork0.1918 45655 -
obs0.1936 47491 91.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.47→56.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9688 0 0 352 10040
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00979910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.385413434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05581450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00611740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.29733596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.47-2.530.34461160.29312867X-RAY DIFFRACTION75.08
2.53-2.610.31481260.28253151X-RAY DIFFRACTION81.44
2.61-2.690.32171270.25793180X-RAY DIFFRACTION83.89
2.69-2.790.29541380.25333353X-RAY DIFFRACTION87.82
2.79-2.90.32761330.24293417X-RAY DIFFRACTION88.88
2.9-3.030.28571430.23363498X-RAY DIFFRACTION91.07
3.03-3.190.26211510.22673544X-RAY DIFFRACTION92.77
3.19-3.390.24421340.21013686X-RAY DIFFRACTION95.98
3.39-3.650.25551570.18213727X-RAY DIFFRACTION97
3.65-4.020.22091570.17543788X-RAY DIFFRACTION98.23
4.02-4.60.1871530.14673765X-RAY DIFFRACTION97.56
4.6-5.80.19851470.15113802X-RAY DIFFRACTION98.77
5.8-56.430.20151540.1823877X-RAY DIFFRACTION98.56
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.25935758897 Å / Origin y: -15.7451563189 Å / Origin z: 28.5610980628 Å
111213212223313233
T0.340201031489 Å2-0.00146453647952 Å2-0.000643585498194 Å2-0.340069684053 Å2-0.0133402389829 Å2--0.359298903466 Å2
L0.0399273412292 °20.0125172162595 °2-0.0132194569798 °2-0.00387384496443 °20.00124575780238 °2--0.0276315498491 °2
S-0.00330864861887 Å °0.00872357962368 Å °-0.00313821379015 Å °0.0154755152647 Å °0.00234858668879 Å °-0.0290568090245 Å °0.00472004808482 Å °-0.0277833361462 Å °-1.18337355992E-5 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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