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万見
- PDB-8vrr: 4H11-scFv antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8vrr
タイトル4H11-scFv antibody
要素4H11 scFv chain
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / IMMUNE SYSTEM / Single-chain ANTIBODY Humanized Nanobody
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Lee, K. / Perry, K. / Yeku, O.O. / Spriggs, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1P01 CA190174-01A1 米国
引用ジャーナル: J Ovarian Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis for antibody recognition of the proximal MUC16 ectodomain.
著者: Lee, K. / Perry, K. / Xu, M. / Veillard, I. / Kumar, R. / Rao, T.D. / Rueda, B.R. / Spriggs, D.R. / Yeku, O.O.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4H11 scFv chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4491
ポリマ－27,4491
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.592, 112.795, 150.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Space group name HallI2b2c
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z+1/2
#3: -x+1/2,y,-z
#4: -x,-y+1/2,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1
#7: -x+1,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1,z+1/2

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要素

#1: 抗体 4H11 scFv chain


分子量: 27449.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Anti-CD34 Monoclonal Antibody scFv fragment / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T/17 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Sodium Citrate, pH 5.0, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 183 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月21日 / 詳細: KB Focussing Mirrors
放射モノクロメーター: Single Crystal Si-220 Side-Bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→90.3 Å / Num. obs: 18408 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 48.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.36→2.45 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 1.688 / Num. unique obs: 1817 / CC1/2: 0.622 / Rpim(I) all: 1.098 / Rrim(I) all: 2.021 / Χ2: 0.74 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→75.33 Å / SU ML: 0.2937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.3573
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1636 10.03 %
Rwork0.2253 14682 -
obs0.2278 16318 87.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→75.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1817 0 0 32 1849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00971856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12282509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0774267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049323
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8649664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.430.5181080.4045910X-RAY DIFFRACTION66.93
2.43-2.510.37641090.38631025X-RAY DIFFRACTION74.8
2.51-2.60.54751190.40661054X-RAY DIFFRACTION77.73
2.6-2.70.371160.33871102X-RAY DIFFRACTION78.38
2.7-2.820.33911250.29451156X-RAY DIFFRACTION85.06
2.83-2.970.33921360.27731221X-RAY DIFFRACTION88.93
2.97-3.160.25921470.26341246X-RAY DIFFRACTION91.4
3.16-3.40.28171480.24741313X-RAY DIFFRACTION94.44
3.4-3.750.22151490.20561353X-RAY DIFFRACTION97.41
3.75-4.290.21261550.18131390X-RAY DIFFRACTION99.04
4.29-5.40.18921580.16521417X-RAY DIFFRACTION100
5.41-75.330.22281660.20811495X-RAY DIFFRACTION99.7
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.43290532757 Å / Origin y: 8.85744670286 Å / Origin z: -21.8763102756 Å
111213212223313233
T0.575706329948 Å2-0.0170858360865 Å20.021815304213 Å2-0.58386806995 Å2-0.00193344346392 Å2--0.583224501066 Å2
L0.468874996956 °20.224658964208 °20.107116744452 °2-0.499062642937 °20.223637289782 °2--0.796525334724 °2
S0.0972334606824 Å °-0.038095210961 Å °0.0116330097647 Å °0.151882547581 Å °-0.00966401362541 Å °-0.0140444359168 Å °0.0401897406967 Å °-0.0481860923939 Å °0.000240099291777 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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