PDB-8vre: Structure of PYCR1 complexed with NADH and N-formyl-L-proline

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vre

タイトル

Structure of PYCR1 complexed with NADH and N-formyl-L-proline

要素

Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS / PROLINE BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroline-5-carboxylate reductase / pyrroline-5-carboxylate reductase activity / L-proline biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / proline biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of mitochondrial membrane potential / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Tanner, J.J. / Meeks, K.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Screening a knowledge-based library of low molecular weight compounds against the proline biosynthetic enzyme 1-pyrroline-5-carboxylate 1 (PYCR1)
著者: Meeks, K.R. / Bogner, A.N. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2024年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8vre.cif.gz	515.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8vre.ent.gz	423.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8vre.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8vre_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8vre_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	8vre_validation.xml.gz	54.8 KB	表示
CIF形式データ	8vre_validation.cif.gz	75.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vre ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vre	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8td2C 8td3C 8td4C 8td5C 8td6C 8td7C 8td8C 8td9C 8tdbC 8tdcC 8tddC 8w0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#102 - 2008年6月
乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

172 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

A: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

B: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

C: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

D: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

E: Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
344 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.529, 179.294, 88.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-551- HOH
2	1	A-580- HOH
3	1	E-501- HOH

#1: タンパク質	Pyrroline-5-carboxylate reductase 1, mitochondrial / P5C reductase 1 / P5CR 1 分子量: 33532.574 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PYCR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32322, pyrroline-5-carboxylate reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FPK / 1-formyl-L-proline / 1-ホルミル-L-プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 143.141 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Reservoir contained 340 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 4 mM N-formyl-L-proline (resuspended in DMSO). The final DMSO ...詳細: Reservoir contained 340 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 4 mM N-formyl-L-proline (resuspended in DMSO). The final DMSO concentration was 4%. Crystal was soaked in cryobuffer containing 20% PEG 200 and 25 mM N-formyl-L-proline (resuspended in DMSO). The final DMSO concentration in the cryobuffer was 25%

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.79 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Reservoir contained 340 mM Li2SO4, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES at pH 7.5. Enzyme solution contained 2 mM NADH and 4 mM N-formyl-L-proline (resuspended in DMSO). The final DMSO ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→91.13 Å / Num. obs: 267999 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.882 / Num. measured all: 27695 / Num. unique obs: 7109 / CC_1/2: 0.572 / R_pim(I) all: 0.51 / R_rim(I) all: 1.022 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.83→71.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 20.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	13135	4.9 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.1763	267999	93.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→71.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9795	0	280	554	10629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10325
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	14101
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.79	1540
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1728
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1796

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.85	0.3084	452	0.3022	8643	X-RAY DIFFRACTION	94
1.85-1.87	0.2866	465	0.2846	8555	X-RAY DIFFRACTION	94
1.87-1.9	0.3267	451	0.277	8559	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9-1.92	0.2955	459	0.2612	8668	X-RAY DIFFRACTION	95
1.92-1.94	0.2773	420	0.2551	8572	X-RAY DIFFRACTION	95
1.94-1.97	0.2835	461	0.2523	8460	X-RAY DIFFRACTION	94
1.97-2	0.2904	417	0.2505	8361	X-RAY DIFFRACTION	92
2-2.03	0.2589	441	0.2301	8601	X-RAY DIFFRACTION	94
2.03-2.06	0.2702	417	0.2159	8774	X-RAY DIFFRACTION	96
2.06-2.09	0.2267	471	0.2094	8716	X-RAY DIFFRACTION	96
2.09-2.13	0.2335	462	0.2017	8749	X-RAY DIFFRACTION	97
2.13-2.17	0.2292	449	0.1989	8807	X-RAY DIFFRACTION	97
2.17-2.21	0.2291	437	0.1887	8781	X-RAY DIFFRACTION	97
2.21-2.26	0.2073	481	0.1818	8679	X-RAY DIFFRACTION	96
2.26-2.31	0.2192	399	0.1843	8852	X-RAY DIFFRACTION	96
2.31-2.36	0.2268	422	0.1867	8666	X-RAY DIFFRACTION	96
2.36-2.42	0.213	436	0.1893	8706	X-RAY DIFFRACTION	96
2.42-2.48	0.2046	424	0.1836	8750	X-RAY DIFFRACTION	96
2.48-2.56	0.2074	435	0.1772	8619	X-RAY DIFFRACTION	95
2.56-2.64	0.2005	466	0.1817	8700	X-RAY DIFFRACTION	95
2.64-2.73	0.2272	430	0.1862	8543	X-RAY DIFFRACTION	95
2.73-2.84	0.2281	454	0.1889	8310	X-RAY DIFFRACTION	91
2.84-2.97	0.231	441	0.1888	8258	X-RAY DIFFRACTION	92
2.97-3.13	0.2208	457	0.1797	8265	X-RAY DIFFRACTION	91
3.13-3.33	0.1923	446	0.1757	8184	X-RAY DIFFRACTION	90
3.33-3.58	0.1992	439	0.1656	8120	X-RAY DIFFRACTION	90
3.58-3.94	0.1802	404	0.1471	8064	X-RAY DIFFRACTION	89
3.94-4.51	0.1455	388	0.128	7941	X-RAY DIFFRACTION	87
4.51-5.68	0.1663	403	0.1434	7888	X-RAY DIFFRACTION	86
5.69-71.5	0.1395	408	0.1435	8073	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4117	0.0308	0.3061	0.2463	-0.071	2.0131	0.0163	-0.0856	0.0256	0.0757	-0.0373	-0.0165	-0.0096	0.0801	0.0245	0.1981	-0.0149	-0.0233	0.25	-0.0126	0.2796	26.4947	173.9186	24.2747
2	0.8503	0.2962	-0.7891	0.3213	-0.3255	1.8181	0.0223	-0.0344	0.014	-0.0502	-0.0233	-0.0703	-0.1283	0.2787	0.0033	0.2135	-0.012	-0.0244	0.2755	-0.0162	0.2855	33.1318	183.4312	-5.8302
3	0.3503	-0.0824	-0.3368	0.6622	-0.3805	1.9718	-0.1074	-0.1178	-0.1224	0.1382	0.0067	0.0136	0.3199	0.1107	0.1111	0.3306	0.0479	0.0069	0.2337	0.0182	0.2992	10.3933	139.4591	18.8253
4	0.7237	-0.3058	-0.9287	0.7598	0.1857	2.6935	-0.1147	-0.0733	-0.1282	-0.1395	-0.0112	-0.1238	0.2767	0.5042	0.1189	0.2679	0.0497	0.015	0.2724	0.0119	0.285	26.2357	144.8675	-7.859
5	0.5104	-0.0004	-0.492	1.0688	0.3821	2.1923	0.0994	-0.1518	0.1182	0.1924	-0.019	0.0178	-0.3529	0.0998	-0.0787	0.2541	-0.0168	-0.0032	0.2314	-0.0097	0.2847	0.0667	201.06	15.9692

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	peptide and chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	peptide and chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	peptide and chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	peptide and chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	peptide and chain E

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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